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简单搜索了一下,网上还没有中文的相关文档,或者一些文档对R语言有一定的要求。于是,写了一段代码,让会用Excel、 知道R(http://www.r-project.org/)尚没有学习写R代码的同学可以做出相同的图片。把代码贴出来,让需要的同学少走些弯路。
0. For advanced R User:
Reference to Vennerable package
https://r-forge.r-project.org/projects/vennerable/
1. For R Beginner:
A. 工具安装
1)安装R环境(选最新版本下载,双击,一直按确定即可)。运行R,打开命令窗口。
2)安装Vennerable包
输入:
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")
选择服务器,确定
或者:先下载ZIP(Windows)文件,然后Packages -- Install from Zip files
地址:https://r-forge.r-project.org/projects/vennerable/
3)导入Vennerable包
library(Vennerable)
这时R可能通知还需要其它软件包,记下需要的软件,选最新版本下载ZIP文件,并安装,或者在命令窗口输入 install.packages("XYZ"),选择服务器,确定。报错?那就先下载再安装。
B. 开始工作
1)准备数据
建立一个Excel表格,包含元素和组别的关系,“是”则大于0,“否”则为0。
Name |
Shanghai |
Beijing |
Guangzhou |
XiaoWu |
0 |
0 |
1 |
XiaoMing |
0 |
1 |
0 |
XiaoHan |
0 |
1 |
1 |
XiaoGao |
1 |
0 |
0 |
XiaoFu |
1 |
0 |
1 |
XiaoDai |
1 |
1 |
0 |
XiaoChen |
1 |
1 |
1 |
XiaoXue |
1 |
0 |
1 |
这是各位同学去过的不同城市。另存为Tab 分隔的 txt 文件,取个名字比如 travel.txt。
注意,演示数据中,最好各种情况都有,数据较少并且分布奇怪,Vennerable可能会不接受。
2)开始作图(依次把命令拷贝到命令窗口)
folder<-"D:\data\tongxue"
file<-"travel.txt"
# 告诉R, 文件在哪里,叫什么名字,注意是 “\”
setwd(folder)
read.table(file,header=TRUE,sep="t",row.names=1)->venndata;
library(Vennerable)
#数据整理
probe<-rownames(venndata)
sample<-colnames(venndata)
data<-as.list(venndata)
names(data)<-sample
for (num in 1:length(sample)){
hit<-venndata[[num]]
out<-probe[hit>0]
data[[num]]<-out
}
#数据统计
Vstem <- Venn(data)
Vstem
#数据统计好了
#根据实际,选择作图命令
# 2或3 分组
plot(Vstem)
# 4 个分组
plot(Vstem,type="ellipses",doWeights =FALSE)
# 5个及以上分组
请参照Vennerable package说明文档
# 1个分组
打开Windows PowerPoint,插入圈图即可。
当然可以把命令先拷到记事本中,编辑好后,一次拷入命令窗口。
恩,是不是你想要的。接下来,右键拷贝出即可。
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这里有不调整集合尺寸的作图方法:
R语言
http://www.ats.ucla.edu/stat/r/faq/venn.htm
非R语言
http://research.stowers-institute.org/mcm/venn.html
如果做四组分类建议用这个(因为Vennerable也不调整尺寸)
http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
其它问题参照Google。
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