中世纪后期，西欧教育领域发生了一件重大事件，这就是中世纪大学的诞生。公元12世纪的欧洲，随着封建制度的确立与生产力的发展，封建王权稳固，社会趋于稳定，农业缓步上升，手工业和商业进一步发展。这就为大学的产生提供了物质基础。由逃亡农奴（自由民）重建的城市兴起了，经过战争，新兴的城市获得了自治权，一些富裕的市民成为最初的富有者——新兴资产阶级。这使大学的创办有了社会基础。东西方贸易的往来和十字军战役的促使，使西方重新出现了古代的文明，并传入了东方的文化和教育，这为大学充实了学习的内容。世俗政权与教皇之间的斗争，使大学在这种二元政治中有了立足之地。经院哲学内部蕴含着怀疑信仰而崇尚理性的新思潮。在这种种因素的影响之下，中世纪大学应运而生了。

中世纪大学首先出现在工商业和城市发展较快的意大利的一些城市。1088年，在意大利的北部创立了波隆纳大学。这里地处欧亚交通要冲，商旅不绝，商务纠纷、诉讼案件较多，需要研究民法，所以这所大学以研究法学为主。1137年，意大利南部创立了萨莱诺大学。这里因靠近地中海，风景宜人，是治病疗养的胜地，又因十字军东征得到古希腊医学家希波克拉特的医学著作，所以这里办起了医学院。巴黎大学的前身是索邦神学院，创建于1150-1160年（英国牛津大学就是1167年从巴黎大学回到英国的师生建立的），1170年，巴黎大学在圣母教堂学校的基础上成立。当时只是教授和学生的一种集合体，因为有教皇的支持，它成为了阿尔卑斯山北部的东正教神学的教学中心。

这些最早的中世纪大学，具有如下一些明显的特点：其一，大学是师生们，首先是学生倡议创办的。它实际上是来自各方的学者自由联合的研究中心，不是教会和市政当局设立的。其二，它保持有很大的自主权。初期的大学可自选校长，自定学习制度和生活制度，市政当局无权干涉。校内还设有自己的特别法庭，大学教授有裁判权，大学生与外人发生诉讼，外人一律败诉。其三，流动教学。遇到某城市当局干涉大学事务时，师生们在抗议之下，便搬迁到另一所城市或别的国家去，重新建立大学。其四，课程内容不确定，以实际需要为主。其五，重视理解能力的培养，开创了辩论的风气。教学方法比较灵活，一般教学过程为：①讲授主要思想；②叙述有关知识；③朗读原文；④学生复述；⑤释疑举例。回答问题采用辩论的方法，由两名学生对辩。

除了12世纪上半叶意大利创立的波隆纳大学（1088年）、萨莱诺大学（1137年）外，在英国、法国等地也先后建立起了大学。如英国于1168年设立牛津大学，1209年从牛津大学分出的部分师生又设立了剑桥大学。法国以巴黎大学开办最早，它始创于1108年，是所神学院。到13世纪末，欧洲的大学已增加到20多所。

自治性大学的产生和发展，威胁到教会对学校教育的独占权。因此，教会千方百计企图控制大学。它一方面给大学以经济援助，派僧侣进入大学；一方面自己设立大学，培养高级僧侣，以加强教会的影响。从此，教会势力逐渐渗入大学,大学的自治性也就逐渐消失。

教会势力深入大学，大学教育便侵润着为教会服务的经院哲学气氛。教学内容以研究、解释“圣经”为主，脱离生活实际，教学方法呆读死记，盛行体罚。宗教教条、形式主义、“繁琐哲学”，构成了中世纪后期大学的特征。

中世纪大学的组织，一般分为四个学院，即文学院、法学院、医学院和神学院。其中，神学院地位最高，文学院为预科性质，讲授“自由七艺”。修业年限一般为5—7年。

受教会控制的中世纪大学，尽管宗教气氛浓厚，繁琐哲学盛行，阻碍了学术思想的自由发展，但它对当时欧洲文化的普及，毕竟起了推进作用。恩格斯在《自然辩证法》中指出：中世纪“因为有了大学，所以一般教育，即使还很坏，却普及得多了”。中世纪大学促进了市民阶层对知识教育的重视，推动了国内外的文化交流，打破了封建闭塞愚昧的状态。在一定意义上说，它体现了新兴资产阶级同封建统治者的斗争，为文艺复兴运动准备了条件。

中世纪欧洲城市及城市学校的出现，中世纪大学的问世与发展，使“黑暗和愚昧”的西欧，显现出前进的曙光，酿成资本主义的因素在城市的摇篮里迅速成长，从而在市民阶层中形成新兴资产阶级。于是代表新的生产力发展和新兴资产阶级要求的文艺复兴运动便开始了。