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Ubuntu系统GAMIT/GLOBK程序安装

已有 8970 次阅读 2014-4-24 11:11 |个人分类:GAMIT/GLOBK|系统分类:科研笔记| ubuntu, gamit

最近开始学习GAMIT,网上资料还是蛮多的,但是感觉都是东拼西凑的,一点都不系统,一点不适合初学者。安装教程也是乱七八糟的,下面把我的安装过程分享一下:(我也是参考的网上一个教程,很久以前下载的,地址忘了,对原作者表示深深感谢)

GAMIT/GLOBK程序安装

GAMIT/GLOBK安装方法

进入 Ubuntu 系统并确认已连接互联网后,按以下步骤操作。

1、安装依赖环境

首先打开终端(类似于Win 下的 cmd,快捷键是 Ctrl+Alt+T,输入

sudo -s

会提示你输入账户密码,输入正确之后就会获取系统的 root 权限了(类似于 Win 下的管理员账户权限)。接下来就要安装一些支持 GAMIT 的软件包,只需依次输入以下代码,根据网络环境耐心等待即可。

apt-get install gcc

apt-get install gfortran

apt-get install csh

apt-get install tcsh

apt-get install libx11-dev

2GAMIT 软件源的准备

现在以安装 GAMIT10.5为例,将软件源码放在/home/gamit10.5文件夹。现在需要将gamit10.5整个文件夹移动到/opt 目录下,在终端中输入以下命令:

mv ~/gamit10.5/opt

如果提示权限不够,那么还是按照之前的方法,输入sudo -s来获取权限再试一遍。然后用进入存放源码的文件夹:

cd /opt/gamit10.5

install_software文件修改权限为可执行

chmod +x install_software

3、配置shell

首先看下当前是什么类型的shell,一般情况下Ubuntu默认的都是bash,虽然gamit是用csh写的,但是经过测试,既可以在csh中安装,也可以在bash中安装。输入:

echo $SHELL

/bin/bash

上面结果可以看出,此时终端font默认bash,若想在csh中安装,则需要改变当前的shell;下面介绍一下临时改变shell的简单方法,若是由bash改变为csh,只需要在终端输入csh即可,同理变回来只需输入bash。临时的改变shell只对当前的终端是有效的,但这对于gamit的安装已经足够了。

如果想更改登入时的默认shell,操作如下:在终端输入chsh,按提示输入密码(如果是在root身份就不需要密码)。然后输入shell的路径,以下操作是从bash改变为csh

chsh

密码:

正在更改chaoshushell

请输入新值,或者直接敲回车键已使用默认值

        登录 shell [/bin/bash]/bin/csh

上面步骤完成以后,我们输入echo $SHELL,再查看一下,发现shell仍然是bash,注意了,这里是改变登录时的默认shell,因此若想让以上改变生效,只需要注销下,重新登录下就可以啦。



4、开始安装 GAMIT/GLOBK

终端在/opt/gamit10.5目录下执行下面命令:

./install_software

GAMIT 的安装就会自动开始了。在遇到第一次询问时,直接输入Y到下一步。遇到第二次询问时,会向你确认X11的路径是否配置正确。这个时候,不要关闭终端,使用快捷键Ctrl+Alt+T开启另一个终端,进入libraries目录:

cd /opt/gamit10.5/libraries

sudo gedit Makefile.config

然后就会弹出一个该文件的编辑框,gamit10.5需要修改的地方主要有三个,gamit10.6可能需要需要修改四个地方;


第一,修改X11的路径所在,根据安装系统版本不同,各位显示的路径也不一定相同,下图是笔者文档中显示的内容。需要做的是将文档中 X11 的路径修改为:

如何查找路径?可以在终端内输入搜索本机路径:

cd /home #或者 cd ~

find / -name "libX11*"

结果如下:


find / -name "Xlib.h"

第二,修改gamit的内部参数,实际上就是写代码时声明的常量。分别是MAXSIT(最大测站数)MAXSAT(最大卫星颗数)MAXATM(最大的天顶延迟)MAXEPC(最大历元数); 在这里,将MAXATM改为25即可(默认为13),MAXEPC 改为 5760。其实,在这里不改也是可以的,以后我们用到的时候再改也不迟,这些常量的定义分别位于/gamit/include/dimpar.hmakex.h头文件中,稍微懂一点fortran语言的话,修改完了重新编译即可。


第三,修改 Linux 操作系统版本号。找到“forLinux from 0.0.1 to 3.0.0”,如下图所示位置:

修改下面的一行,OS_IDLinux 0001 3000,记住只修改最后的那四个数字为用户自己的计算机版本号就好了。操作如下:

Ctrl+Alt+T打开终端,输入uname-a 查看当前操作系统的版本号;

如上图所示:操作系统的版本号是:3.0.0-12;但是在gamit中,只记录下操作系统版本号前4位,因此在这种情况下的版本号应记为:3001

保存上面的所有修改。如果是gamit10.5版本,完成上面三个修改即可。不需要进行第四步修改。直接进入安装;如果是gamit10.6的版本,那么还需要检查第四个修改的地方。


第四,如果你的电脑是32位的,那么就要将该文件中的全部m64改为m32,另外/opt/gamit10.6/gamit/solve/Makefile.generic该文件中的所有m64也要改为m32


至此,配置文档里需要手动修改的地方全部修改完毕,保存退出即可。这时候,再回到之前停留在第二次询问的终端窗口中,遇到询问后一路输入 Y 继续安装。不出意外的话,最后就会提示 GLOBK 已经安装成功,并提醒使用者配置路径。


5、配置gamit环境变量

gamit路径的配置也是分为两种(bashcsh),如果是用csh安装gamit的,则配置路径如下:需要在主文件夹下新建一个空白文档,并重命名为.cshrc。注意这是一个隐藏文件,因此在这之前,应该按Ctrl+H ,显示所有的隐藏文件。然后双击打开新建的.cshrc文件,复制一下内容到该文件中:

set gg = ‘/opt/gamit10.5’

setenv PATH“$gg/com:$gg/gamit/bin:$gg/kf/bin:$PATH”

setenv HELP_DIR “$gg/help/”

setenv INSTITUTE ‘MIT’

然后保存下。回到终端(进入主目录下面),输入source ~/.cshrc,对该配置文件进行下加载。那么这个路径就生效了。若想验证下有没有配置成功,只需要在终端下输入 echo $PATH,看看有没有gamit的路径,若有的话就成功了。


以上为csh的路径配置,下面介绍下bash的路径配置,若采用默认的bash安装gamit 的,则只需要在终端输入sudo gedit ~/.bashrc,弹出一个文件编辑框,只需要在文件的最后添加以下代码即可:

gg=‘/opt/gamit10.5’
PATH=“$gg/com:$gg/gamit/bin:$gg/kf/bin:$PATH” && export PATH

HELP_DIR=“$gg/help/” && exportHELP_DIR

INSTITUTE=‘MIT’ && export INSTITUTE

保存退出回到终端(进入主目录下面),输入source ~/.cshrc,对该配置文件进行下加载。

检查是否安装成功:

图片

cd ~

gedit .cshrc

#在打开的文件中输入如下内容,注意引号需要英文模式下(命令之间都是有空格的)

set gg = ‘/opt/gamit10.5’

setenv PATH  “$gg/com:$gg/gamit/bin:$gg/kf/bin:$PATH”

setenv HELP_DIR “$gg/help/”

setenv INSTITUTE ‘MIT’

#保存文件以后

csh

source .cshrc

doy





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