和DNA打交道的人, 一般都离不开跑琼脂糖凝胶电泳来区分DNA片段的大小。什么是琼脂糖凝胶? 就如同一块豆腐, 不过这豆腐是由琼脂糖做出来的,由于琼脂糖因浓度不同而交链形成的分子筛孔径大小也不同,浓度越高而孔径越小, 反之亦反, 所以两头通上电,不同大小的DNA分子就可以很好地分开了。科学原理似乎也就这么点东西, 但涉及到的技术可以相当复杂化。

用于分离DNA的琼脂糖怎么从琼脂加工制作出来的? 我以前的概念是国内依靠进口,还很贵。但不知道是否目前还是如此情形,如果不是,这里头绝对是一个商机。生命学科领域的人可以和工程领域的人合作,由国家经费立项解决,因为是常规生物化学试剂,使用面相当地广泛,不应该再有技术障碍,而且是完全值得的投资开发。

您看一下, 普通用于DNA分离的高溶点琼脂糖, 我这里500克需要428欧元, 而这种琼脂糖还只能用于制作最高浓度达到3%的DNA胶。

如果要达到4%,就必须采用低溶点琼脂糖, 其价格在我这里500克需要1794欧元,这还是2010年我的试验室购买的价格, 现在只高不低。

这里是品牌

这里是价格

常规上讲,采用低溶点琼脂糖胶浓度能达到4%或5%,但这对于从事分子遗传学试验研究的人而言,就分子标记的开发来说有很大的制约。尤其考滤到不同品种之间的DNA小段插入或删除的数量问题以及PCR引物的设计问题, 熟悉基因组测序的朋友对我这句话的内在含义应该体会更深一些。

也就是说应该提高制备更高浓度的低溶点琼脂糖胶的能力, 几年前我自己开发了这一实用技术, 在高通量基因组测序常规法以后, 对于依靠分子标记来找到目的基因,二者结合,无疑拥有相当的优势。

但实用技术并没有什么科学内涵,而我本人虽然追求技术,而对于申请这种类别的技术专利并没有任何兴趣,无非替别人省钱而已。我觉得从中已经得到了乐趣, 仅此而已就够了, 用我夫人的话说,俺是非常之另类。

大彬在分子标记的开发与筛选之SSR的评论中提到了文献上有人酶切后用1.8%的琼脂糖凝胶电泳分辨出相差23bp的差异片段, 但据大彬说, 他自己一般多采用2%的琼脂糖胶, 而并不操作4%的胶。

我认为大彬提到的这个文献中的说法可信度不大,可能是该文作者的天平有点问题。我把我的试验室内用于粗定位拟南芥的覆盖整个5条染色体的10个对应臂的分子标记的大小,以及其我们采用的实际跑胶浓度放在这里供大家参考。虽然标记是来自植物,但胶浓度区分DNA大小的方法对于所有试验遗传学的人来说是相通的。

另外大彬也提到分离 6bp 多态差异性分子标记问题, 你不要听其它的地方诸如文献中的记载,或者其它人的说法,4%的琼脂糖凝胶电泳绝对分不出这个差异, 这是科学的内涵所决定的。但技术上确实可以做到,如果不用PAGE,只是需要用到我开发的技术, 因为涉及具体技术, 我也不方便细说了。哈哈, 科学要公开, 技术要保密!如果确实有需要,我鼓励大家去尝试,反正我李某人能做到,您未必就不能做到,对吧?

PCR片段大小和琼脂糖凝胶的对应浓度