在多组富集分析中，我们通常需要兼顾两方面的信息：一是“哪些通路在各组中显著富集”，二是“这些通路分别归属于哪些更高层级的生物学功能类别”。若将分类关系与富集结果分开绘制，读者往往不得不在多张图表间反复对照，难以形成整体认知。          为此，可将“桑基图”与“气泡图”融合于同一可视化界面中：左侧以桑基图的流带形式，清晰展示功能类别与具体通路之间的层级归属关系；右侧以分组气泡图呈现每条通路在各组中的富集结果，其中气泡大小代表富集基因数目，颜色映射显著性强弱。该组合图表不仅保留了功能分类的层次结构，也便于横向比较不同组间的富集差异，尤其适用于多组GO、KEGG等富集结果的综合性展示。

📖 论文案例

《Biology》文章 "Proteome Analysis of Daily Urine Samples of Pregnant Rats Unveils Developmental Processes of Fetus as Well as Physiological Changes in Mother Rats" 中，作者在 Figure 4D 中将18个器官（系统）、相关生物过程及妊娠时间点整合展示：不同颜色对应不同器官（系统），右侧气泡反映各生物过程在不同妊娠日的富集情况。

这类图的价值在于把“功能分类”和“组间富集差异”放在同一视野中：读者既能沿着桑基带查看不同类别与具体条目的对应关系，也能从右侧气泡的位置、大小和颜色判断条目出现在哪些组、涉及多少基因以及显著性强弱。对于多时间点、多处理组或多条件的富集分析，这种组合图尤其直观。

▲ 论文 Figure 4D：妊娠期18个器官发育相关生物过程的动态变化

图中左侧桑基图展示18个器官（系统）与具体生物过程之间的对应关系，不同颜色代表不同器官（系统）；右侧气泡图以妊娠第1至18天为横轴，展示各生物过程在不同时间点的富集情况，气泡大小表示富集蛋白数，颜色表示 -log10(Pvalue)。通过这种组合图，可以同时观察功能归属、时间变化和富集强度，是“层级关系展示 + 多组富集比较”的典型应用。

🛠️ 作图地址

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_sankey_enrichment_bubble_combined_plot

▲ 图1：桑基气泡图绘图页面

📋 五步出图：从数据到矢量图

Step 1：准备数据

点击页面上方的「示例数据」可以下载参考格式，用 Excel 打开即可查看数据结构：

▲ 图2：示例数据

示例数据可以是5列，也可以是6列：

1）输入是5列：第一列是右侧气泡图结果的分组信息（对应气泡图的X轴），第二列是富集的term名称（对应气泡图的Y轴），第三列是基因数（对应气泡图的气泡大小），第四列是pvalue（对应气泡图的气泡颜色），第五列是term所属的类别（对应sankey图最左侧的小矩形）

2）输入是6列：第一列是右侧气泡图结果的分组信息（对应气泡图的X轴），第二列是富集的term名称（对应气泡图的Y轴），第三列是基因数（对应气泡图的气泡大小），第四列是pvalue（对应气泡图的气泡颜色），第五列是term所属的子类别（对应sankey图中间的小矩形），第六列是term所属的大类别（对应sankey图左侧的小矩形）

💡 准备你自己的数据时，在 Excel 中按同样格式排好后 Ctrl+A 全选 → Ctrl+C 复制，回到网页输入框 Ctrl+V 粘贴即可。

Step 2：输入检查（重要！）

将数据粘贴到输入框后，务必先点击「输入检查」按钮。该功能会逐行逐列校验数据格式是否符合模块要求，并给出明确提示，请根据提示修正数据。通过检查后，继续下一步。 

▲ 图3：粘贴数据到输入框

▲ 图4：输入检查

💡 输入检查是新增功能，能有效避免因格式问题导致的出图失败。强烈建议每次提交前先做输入检查。

Step 3：设置参数

检查通过后，进入参数设置环节。主要参数如下：

▲ 图5：绘图参数面板

【图片大小】设置了图片的宽度和高度，此图通常宽度大于高度，根据排版需求调整。

【右侧气泡颜色】提供了两种颜色的渐变

【桑基图小矩形颜色】提供了12种自定义的浅系颜色，超过12种使用系统默认颜色

【字体设置】可独立调整以下文字的字号：X 轴分组说明，Y轴term和类别；图例标题和图例文字。字体支持 Times New Roman 和 Arial 两种期刊常用字体。

【sankey列】提供了sankey图流带的透明度；sankey垂直缩放系数，1表示高度跟气泡图一样，0.5表示高度相当于气泡图的1/2；sankey图小矩形间的垂直间隔大小；sankey图列的相对位置。

Step 4：提交出图

所有参数设置完毕，点击「提交」，约 3秒后页面即渲染出图。

▲ 图6：预览图

Step 5：下载与后期编辑

我们提供了 PDF、SVG、PNG、TIFF 四种格式图片供下载。其中 PDF 和 SVG 为矢量图，推荐下载后使用 Adobe Illustrator 或 Inkscape 进行组图、调整文字位置、修改字体等精细化操作，以满足目标期刊的排版规范。

▲ 图7：三列sankey+气泡图

▲ 图8：两列sankey+气泡图（左右等高）

✍️ 小结

桑基气泡图将功能类别、富集条目和多组比较结果整合在一张图中：左侧桑基图展示层级或从属关系，右侧气泡图展示各组的富集情况。它特别适用于以下场景：

• 需要同时展示富集条目与功能类别之间的对应关系

• 直观比较多个组、时间点或处理条件下的富集差异

不需要写一行代码，不需要安装任何软件，从数据粘贴到导出矢量图，数秒即可完成。

📌 提示

如果后续需要使用其他字体，可以先下载 PDF 或 SVG 格式，再导入 Adobe Illustrator / Inkscape 进行字体替换和微调，无需在平台端纠结字体选择。矢量格式保留全部可编辑元素，灵活性非常高。

希望这篇教程对你的论文图表制作有所帮助！如有问题，欢迎在评论区留言交流。

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