微生信分享 http://blog.sciencenet.cn/u/chinapubmed 0代码在线绘制160+科研图

博文

ChIP-Seq,MeRIP-seq峰(peak),eccDNA等基因组位置染色体分布可视化

已有 428 次阅读 2022-9-17 23:03 |系统分类:科研笔记

人类基因组由1-22、X、Y等染色体构成,染色体经过细胞学处理后会呈现出深浅不同的染色带。染色带的数目、部位、宽窄和着色深浅均相对稳定性,所以每一条染色体都有固定的分带模式,即称带型。染色体带型是鉴别染色体的重要依据。

fig1.png 

1. 人类染色体

通常我们可以将ChIP-seq、MeRIP-seq、eccDNA等高通量测序的分析结果简化为染色体上的一些区域,即chr:start-end。将获得的结果在染色体上进行可视化不仅能够看出感兴趣区域的染色体分布和密度,而且能够展示多个条件下差异情况,非常形象。常见的展示方式有条形和圆形(circos)。今天我们来看下条形展示方式。

1, 打开染色体分布绘图页面

首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开染色体分布绘图页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在主页搜索框中搜索chromosome,找到绘图页面。

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_up_down_gene_chromsome_distribution_plot_095

fig2.png

                        2.染色体分布绘图页面

   2,示例数据

点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。

fig3.png 

3. 输入数据示例

示例数据(仅供参考)包括两组,即最多绘制染色体上面和下面两组数据:

1列是染色体号,去掉了chr

2列是基因组坐标,对于小片段来说,起始坐标,终止坐标及中点坐标在染色体尺度上基本没有区别,因此,这里可以直接使用获得的peak的中点坐标。 

   3,粘贴示例数据

直接复制示例数据中的up两列数据,和down两列数据(可选),分别粘贴到输入框。

注意:不是拷贝excel文件,是拷贝excel文件里边的数据。另外粘贴到输入框后,格式乱了没关系,只要在excel中是整齐的就行。并且数据矩阵中不能有空的单元格,中文字符等。

fig4.png 

4.输入

   4,修改参数,并提交

我们设置了图片尺寸,颜色,物种,字体等参数。

fig5.png 

5.可调参数

   5,提交出图

粘贴好输入数据,调整好参数(或者全部默认)后,点击提交按钮,约5秒后,会在页面右侧出现预览图片。我们提供了4种图片格式供下载使用,两种矢量图(pdf,svg)和两种标量图(600 dpi tiff和300 dpi png)。

封面.pngfig6.png 

6.预览与下载

图中红色为数据1,例如上调peak;蓝色为数据2,例如下调peak。

没有预览就是没有出图,这时请参考示例数据,检查自己输入数据的格式。

遇到文字截断,需要修改字体、调整字体大小等,使用inkscape软件进行操作

微生信助力发文章,谷歌引用630+,知网引用470+





https://blog.sciencenet.cn/blog-707141-1355779.html

上一篇:不知道miRNA测序数据接头就没法继续分析了吗?教你利用clustalw和blat解决接头问题
下一篇:在线绘制“美貌与智慧并重”的圆形相关系数弦图,给文章加分!
收藏 IP: 117.135.93.*| 热度|

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2022-12-7 01:42

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部