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在线绘制带颜色标注的大脑脑区图

已有 520 次阅读 2024-11-7 13:25 |系统分类:科研笔记

导读:大脑是人体最为复杂的器官之一,由多个功能特化的脑区构成。每个脑区承担着特定的生理和认知功能。通过应用定量数据映射技术,将数值以色彩编码的形式呈现于各个脑区,可以显著增强对不同脑区定量信息的视觉识别和理解。

 fig1.png 

bioRxiv》文章“Multifaceted impact of specialized neuropeptide-intensive neurons on the selective vulnerability in Alzheimer’s disease”fig 3A的大脑脑区切面图(medical sagittal view)展示了随着年龄的增长,阿尔茨海默病相关神经肽(Alzheimer’s disease-associated neuropeptides,ADNPs)在4个脑区中表达降低。AMY:杏仁核(amygdala),CNG:前扣带脑皮质(anterior cingulate cortex),HIP:海马体(hippocampus),BA9:前额叶皮层9(Frontal cortex 9)。

 主要的大脑脑区及其功能

  1. 前额叶(Frontal Lobes):

    • 负责高级认知功能,如决策、规划、注意力、个性和社交行为

    • 运动和语言功能也部分位于此区域

  2. 顶叶(Parietal Lobes):

    • 处理触觉和本体感觉(身体各部分的位置和运动)

    • 参与空间感知和视觉信息的处理

  3. 颞叶(Temporal Lobes):

    • 与听觉处理、语言理解和记忆形成有关

    • 颞叶的海马体是长期记忆形成的关键区域

  4. 枕叶(Occipital Lobes):

    • 主要负责视觉信息的处理

  5. 岛叶(Insula):

    • 与内脏感觉和情绪处理有关

  6. 扣带回(Cingulate Cortex):

    • 参与情绪、注意力和疼痛感知

  7. 基底神经节(Basal Ganglia):

    • 控制运动和协调

  8. 小脑(Cerebellum):

    • 协调运动和维持身体平衡

  9. 下丘脑(Hypothalamus):

    • 调节体温、食欲、睡眠和内分泌系统

  10. 脑干(Brainstem):

    • 连接大脑和脊髓,控制呼吸、心跳等基本生命功能

这些脑区通过复杂的神经网络相互连接,共同协作,使大脑能够执行其复杂的功能。每个脑区都包含大量的神经元,它们通过电信号和化学信号相互沟通。

1,打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_cerebro_colormap_115

fig2.png

2,示例数据

点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。

fig3.png

示例数据包括2列:

第1列是脑区缩写。必需来自示例excel第二个sheet第一列所给的30个脑区名。

第2列是各个脑区的数值。若输入多列数值,则会展示多个图。

3,输入检查

示例数据:点击输入框下面的“示例”按钮,将载入示例数据。

真实数据:数据放在excel中,调整好后,Ctrl+A选中数据,Ctrl+C拷贝,Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

fig4.png

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过,请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤,直到检查通过(如下图所示),然后可以继续选择参数。

fig5.png

注:输入检查是新加功能,它会根据不同模块的输入要求,逐行逐列检查输入数据,并给出提示,确保数据符合模块输入要求。

4,选择参数

fig6.png

颜色:设置了低中高三种颜色。低的数值以绿色表示,高的数值的红色表示,中间的值以黄色表示。渐变颜色 

是否绘制legend color:是否绘制代表数值的颜色条 

是否绘制样品名:仅一列数值时,可以选择不绘制。多列数值时,选择绘制 

是否标注各个脑区名字:是否以箭头的形式标注感兴趣脑区的名字缩写。

字体:设置了期刊杂志中最常用的两种字体:Times New Roman和Arial。如需使用其他字体,可以下载pdf或者svg图片,然后使用acrobat illustrator进行替换或者添加文字

5,提交出图

检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约3s后,会在页面上显示彩色的脑区图。我们提供了pdf、svg两种矢量图,600 dpi的png标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图,进行组图,调整文字位置,添加说明等操作,以满足个性化需求。

 

fig7.png

 

结果说明:图为数据映射到exterior(大脑表面)的视图,同时提供了数据映射到sagittal(切面)的视图(见最后一张图)。

如果选择标注名字并且有多列样品的数值,则会同时以两种视图方式绘制多张图片,colorbar范围根据所有列数值范围设定。

fig8.png

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