1998年9月，位于马来西亚半岛的Perak州出现了一次突发的疫情。当地的养猪户中爆发了一种高死亡率的严重发热性脑炎。起初人们认为这些死亡是由日本脑炎引起的，这种疾病是马来西亚的地方病，偶尔可见；但是，这次疫情很少有病例患者是幼儿，而乙脑病毒是蚊子传播的，与特定职业无关，在幼儿中最常见。此后针对日本脑炎所采取的措施并未奏效，在控制与乙脑病毒相关的媒介和接种乙脑病毒疫苗方面浪费了大量的时间和精力。疫情开始蔓延，到1999年2月，马来西亚其他州的猪和人也发现了类似的疾病，森美兰州（Negeri Sembilan）尼帕村（Kampung Sungai Nipah）附近的一个大型养猪场也出现疫情；1999年3月，新加坡屠宰场工人处理来自马来西亚疫情爆发地区的猪时， 11名工人出现了呼吸道疾病和脑炎症状。

       1999年3月，一种新的副粘病毒首次从尼帕村一名患者的脑脊液中分离出来，被鉴定为导致马来西亚致命脑炎爆发的病原体，被命名为尼帕病毒（Nipah virus，NiV）。截至1999年12月，东南亚地区共确诊尼帕病毒性脑炎发病283例，109例死亡，病死率38.5％。这次疫情在受感染地区和周边地区扑杀了100多万头猪后，才得到控制。这场疫情的爆发给马来西亚的养猪业造成了毁灭性打击，旅游业等间接损失难以估计。

       随着疫情得到控制，迫切需要确定病毒的自然宿主，以更好地了解病毒引入牲畜的方式，并防止未来再次引入。在随后的疫情流行病学调查表明，人类的感染是因为与被感染的生猪密切接触，疫情的传播是由于被感染的猪的运输。在疫情的始发地，一个野生动物的饮水池被怀疑是病毒的来源。疫情期间对野生动物物种的监测显示，尼帕病毒的中和抗体主要存在于马来大狐蝠（Pteropus vampyrus）和小狐蝠（Pteropus hypomelanus）中。

       尼帕病毒的第一次爆发是通过中间宿主猪传播的。2001至2005年孟加拉国（Bangladesh）先后爆发5次疫情，其中2004年爆发的疫情被证实是人通过进食携带病毒的狐蝠所污染的生枣果肉汁（Raw date palm sap）后感染上的（）。一些专家推测了尼帕病毒第一次爆发的原因：养猪场周边种着许多果树，而蝙蝠以食果为生，啃食过的水果会掉在地上，被猪吃下；当地的狐蝠在觅食时，排除的尿液会污染枣椰等水果树，尿液中的尼帕病毒能留在水果上；蝙蝠也会经常进入猪舍，留下粪便和尿液，将病毒传播给猪；养猪的人，与猪密切接触，进而在中间宿主猪及人群中开始传播。

       在国际病毒分类委员会（ICTV）第七次报告中，在副粘病毒科新设第四个属亨尼帕病毒（Henipavirus），该属包括尼帕病毒和亨德拉病毒（Hendra Virus，HeV），此后，各地的科学家们又陆续发现了归属于这个属的雪松病毒（Cedar virus）、加纳病毒（Ghana virus）、墨江病毒（Mojiang Virus），其中墨江病毒来自于中国的云南墨江；此外还有琅琊病毒（Langya virus）等十多种病毒待进一步确定，这十多种病毒包括多种中国的毒株，其中琅琊病毒是2021年新分离的亨尼帕病毒，来自于中国的山东和河南。

       携带尼帕病毒的狐蝠并不仅仅是马来大狐蝠和小狐蝠，尼帕病毒的地理分布与狐蝠类的分布重叠，人们在澳大利亚、孟加拉国、柬埔寨、印度、印度尼西亚、马达加斯加、马来西亚、巴布亚新几内亚、泰国、东帝汶及中国的狐蝠中都发现有尼帕病毒。在孟加拉，尼帕病毒发现与印度狐蝠有关联，而在柬埔寨和泰国的莱氏狐蝠中也则分离到尼帕病毒。狐蝠之外，在泰国的中蹄蝠(Hipposideros larvatus)的尿液和唾液中也发现了病毒RNA，尼帕病毒的蝙蝠宿主范围还是很广泛的。