欢迎报考硕士、博士研究生：军事医学科学院放射与辐射医学研究所张成岗研究员实验室生物信息学领域主要感兴趣的方向包括：<br>（1）表观遗传调控及非编码基因组功能解析，包括研究各类DNA调控元件的表观遗传修饰特征，利用统计学习和深度学习方法对DNA元件的预测和功能分类，全基因组测序数据解读，非编码SNP位点功能解读等；<br>（2）癌症相关的基因突变检测及功能解读，我们通过收集和整理国内外大量的临床肿瘤样本的基因表达和高通量DNA测序数据，并结合文本挖掘的方法构建独特的癌症相关基因表达和突变的解读数据库，为癌症患者在治疗前、中、后各个时期进行风险预测、化疗方案评估和预后评估等，我们和301医院、307医院等单位的临床科室在妇科肿瘤和消化道肿瘤方面开展合作研究，通过对患者DNA序列检测，提出最优的化疗方案，并取得了良好的效果；<br>（3）基于宏基因组学的人体肠道微生态研究，宏基因组学是一种可以同时检测上千种微生物的高通量检测技术。我们对实验室其他团队收集到的慢性病患者或模式动物的粪便样品进行菌群检测，分析其中的特异细菌的丰度变化以及菌群微生态的改变。前期我们已经完成了实验室的300余份样本的数据分析工作，我们还将会建立起中国人慢性病相关的肠道微生态数据库，结合机器学习方法为慢性病人提供健康预警和干预。

CZ @ 2016.10.27 13:17:14

军事医学科学院放射与辐射医学研究所十一室

张成岗实验室生物信息学团队简介

团队简介

本团队在张成岗研究员的带领下，长期从事生物信息学相关研究。张成岗研究员现任二所十一室主任，蛋白质组学国家重点实验室副主任，总后勤部科技新星，曾获国家自然科学二等奖、国家创新团队奖等多项奖励，是国内较早从事生物信息学研究的专家，出版的专著《生物信息学方法与实践》（科学出版社，2002）是国内最早的生物信息学教材之一，在生物信息学领域享有很高的声誉。

本实验室隶属于军事医学科学院放射与辐射医学研究所和蛋白质组学国家重点实验室，生物信息学研究的软硬件条件都非常完善。同时，本实验室也有完善的分子生物学和模式动物实验平台以及与大量医院开展慢病防控的有利条件，是典型的干湿结合实验室。在硬件设备上，本实验室所在单位拥有一台超级刀片分布式内存体系结构的高性能计算机(本实验室可自由使用)，目前共配置了132个计算节点，1个登录节点和输入/输出(I/O)节点。每个节点都拥有2个2.8GHz的P4 Xeon CPU，2GB内存，36GB本地硬盘。在软件方面，项目组成员均熟练使用R、Python、Ruby、Java、C++等常用的编程语言，以及高通量测序数据相关的全套分析软件，包括Bowtie、TopHat、Cufflinks、Samtools等。

研究方向及兴趣：

本团队主要感兴趣的方向包括：（1）表观遗传调控及非编码基因组功能解析，包括研究各类DNA调控元件的表观遗传修饰特征，利用统计学习和深度学习方法对DNA元件的预测和功能分类，全基因组测序数据解读，非编码SNP位点功能解读等；（2）癌症相关的基因突变检测及功能解读，我们通过收集和整理国内外大量的临床肿瘤样本的基因表达和高通量DNA测序数据，并结合文本挖掘的方法构建独特的癌症相关基因表达和突变的解读数据库，为癌症患者在治疗前、中、后各个时期进行风险预测、化疗方案评估和预后评估等，我们和301医院、307医院等单位的临床科室在妇科肿瘤和消化道肿瘤方面开展合作研究，通过对患者DNA序列检测，提出最优的化疗方案，并取得了良好的效果；（3）基于宏基因组学的人体肠道微生态研究，宏基因组学是一种可以同时检测上千种微生物的高通量检测技术。我们对实验室其他团队收集到的慢性病患者或模式动物的粪便样品进行菌群检测，分析其中的特异细菌的丰度变化以及菌群微生态的改变。前期我们已经完成了实验室的300余份样本的数据分析工作，我们还将会建立起中国人慢性病相关的肠道微生态数据库，结合机器学习方法为慢性病人提供健康预警和干预。

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团队基本成员简介：

张成岗：PI，军事医学科学院，放射与辐射医学研究所，研究员，博士生导师，蛋白质组学国家重点实验室副主任。先后在复旦大学、第四军医大学、第三军医大学获得学士、硕士、博士学位；在军事医学科学院放射医学研究所完成博士后研究。2005年提前晋升研究员。长期从事生物信息学、慢病防控与健康管理、心理认知、神经生物学、分子生物学、生物电磁学等多学科交叉、生物医学实验研究和生物信息数据分析相结合方面的研究工作，在亚健康人群(便秘、肥胖、肠胃炎、睡眠障碍、三高等)的健康干预、电磁辐射和高原低氧等环境因素对脑损伤与脑保护领域以及心境障碍和精神抑郁研究等方面取得系列学术成绩，近年来发现人体本质上是一个由人体和人体共生微生物菌群组成的二元系统、菌群赋予人体饥饿感并通过人体摄食来满足人体和菌群两个系统的运行；通过科学手段消除菌群向人体传递饥饿信号之后，人体和菌群就可以进入到各自能够自洽健康运行的状态，并能够显著促进人体多种慢病的症状改善，从而提出"新医学"理论、"菌心说"学说、"云医院"实践，有望从人菌平衡角度阐释慢病防控与健康管理的理论、方法与实践新模式，有可能为医学科学研究带来新的推动作用。共发表学术论文260篇，其中SCI期刊论文80篇，出版专著《生物信息学方法与实践》一部，发行11500册；获国际PCT发明专利2项，获中国发明专利12项、受理中中国发明专利17项；获中国计算机软件版权11项。培养博士后和研究生40余人。近年来承担并完成国家973、863计划、国家新药创制重大科技专项、国家自然科学基金等科研项目30余项。获国家自然科学二等奖、北京市科学技术一等奖等6项科研成果奖励。2004、2006年获军队优秀人才二类岗位津贴；2005年被评为北京市科技新星；2006年被评为总后勤部科技新星；2011年度享受政府特殊津贴。担任第九届全军激光医学专业委员会副主任委员、中国神经科学学会神经损伤与修复分会常务委员、中国中西医结合学会第二届灾害医学委员会委员、中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事、中国生物医学工程学会生物电磁学专业委员会委员、中国神经科学学会发育与再生分会常务委员、北京神经科学学会副理事长、北京食品科学学会理事等学术兼职。兼任国家自然科学基金委项目同行评审专家、北京市自然科学基金委会审专家，是Circ Res、Stroke、Proteomics等30余份学术期刊审稿人。是中科院城市环境研究所名誉教授、安徽医科大学兼职教授、西北农林科技大学客座教授、安徽医科大学硕士生导师、广西医科大学硕士生导师。

卢一鸣：军事医学科学院，放射与辐射医学研究所，助理研究员。本科毕业于北京大学物理学院，后报送至军事医学科学院读研，博士毕业后留所工作。目前的研究方向主要将生物组学大数据分析和机器学习、深度学习算法相结合，进行表观遗传调控和精准医学研究。擅长各类组学数据分析及二代测序数据处理软件，特别擅长利用高级统计模型进行通量数据中分子间调控关系的挖掘。精通Python、C++、Matlab和R语言及基于R语言的各类统计建模。承担多项科研项目，包括：负责和实际负责国家自然科学基金青年项目一项、面上项目一项、蛋白质组学国家重点实验室优秀青年项目一项、国家人口与健康大数据共享平台专项课题两项等。以第一作者和通讯作者在Nucleic AcidsResearch、ScientificReports、Bioinformatics、PLoS ONE、Amino Acids和IET Systems Biology杂志发表SCI论文8篇，单篇最高影响因子为9.2，单篇最高引用率为65次。学习工作期间曾被评为军事医学科学院首届优博培育对象，军事医学科学院优秀博士论文获得者，获放射与辐射医学研究所“青苗工程”项目资助。

屈武斌：军事医学科学院，放射与辐射医学研究所，助理研究员。主要从事寡核苷酸分子特性的计算机仿真与计算，具体包括：1）寡核苷酸探针与DNA分子结合特征的分析与预测；2）PCR引物特异性与敏感性的分析与预测；3）多重PCR体系的计算机模拟等。以第一作者在Nucleic AcidsResearch、Bioinformatics、BMC Genomics等国际期刊发表SCI论文5篇，单篇最高影响因子8.026分，单篇最高引用率为60次。

其他毕业人员：本团队曾毕业过大量优秀毕业生，目前在各院校或公司都有很好的发展。毕业生中曾有多人获全军和军事医学科学院奖励，其中包括全军硕士优秀论文、院优秀博士论文和院优秀硕士论文获得者等。

发表论文：

本团队在生物信息学，特别是基因调控领域、多重PCR引物设计及特异性评估等方向研究成果已经陆续在Nucleic Acids Research、ScientificReports, Bioinformatics、PLoSONE、BMCBioinformatics、BMCGenomics等多个国际学术刊物发表论文16篇（见以下清单）。

1.       Yiming Lu, Cheng Quan, Hebing Chen, Xiaochen Bo and ChenggangZhang. 3DSNP: a database for linking human noncoding SNPs to theirthree-dimensional interacting genes. NucleicAcids Research,Accepted (IF=9.2)

2.       Zhe Zhang, Ke Huang, Chenglei Gu, Luyang Zhao, Nan Wang, XiaoleiWang, Dongsheng Zhao, Chenggang Zhang*, Yiming Lu* and Yuanguang Meng*.Molecular Subtyping of Serous Ovarian Cancer Based on Multi-omics Data. Scientific Reports, (2016). 6,26001. https://doi.org/10.1038/srep26001 (IF=5.5)

3.       Yiming Lu, Guangyu Shan, Jiguo Xue, Changsheng Chen andChenggang Zhang. Defining the multivalent functions of CTCF from chromatinstate and three-dimensional chromatin interactions. Nucleic Acids Research, (2016). 44(13), 6200–6212.https://doi.org/10.1093/nar/gkw249.(IF=9.2)

4.       YanGao*, Yiming Lu*, Jianming Yi, Zhihui Li, Dawen Gao, Zhoulong Yu and ChenggangZhang. A Genome-Wide mRNA Expression Profile in Caenorhabditis elegans underProlonged Exposure to 1750MHz Radiofrequency Fields. Plos One, (2016) 11(1), e0147273.

5.       YimingLu,Wubin Qu, Guangyu ShanandChenggang Zhang. (2015). DELTA: A Distal EnhancerLocating Tool Based on AdaBoost Algorithm and Shape Features of ChromatinModifications. PLoS ONE,10(6), e0130622. doi:10.1371/journal.pone.0130622

6.     Wubin Qu, Chenggang Zhang.Selecting Specific PCR Primers with MFEprimer. Methods in Molecular Biology. Chhandak Basu (ed.). PCR PrimerDesign-Humana Press (2015), pp201-213.

7.       Yiming Lu,Wubin Qu, Bo Min, Zheyan Liu, Changsheng Chen, and Chenggang Zhang. Modelingepigenetic regulation of gene expression in twelve human cell types revealscombinatorial patterns of cell-type-specific genes. IET Systems Biology, (October 2013), 1–12.doi:10.1049/iet-syb.2013.0042

8.       Yiming Lu,Yanchun Zhang, Xingyi Hang, Wubin Qu, Gert Lubec, Changsheng Chen, andChenggang Zhang. Genome-wide computational identification of bicistronic mRNAin humans. Amino acids,44(2):597–606, February 2013

9.       Yiming Lu,Yang Zhou, Wubin Qu, Minghua Deng, and Chenggang Zhang. A Lasso regressionmodel for the construction of microRNA-target regulatory networks. Bioinformatics (Oxford, England),27(17):2406–2413, July 2011

10.   Wubin Qu,Yang Zhou, Yanchun Zhang, Yiming Lu, Xiaolei Wang, Dongsheng Zhao, YiYang, and Chenggang Zhang. MFEprimer-2.0: a fast thermodynamics-based programfor checking PCR primer specificity. NucleicAcids Research, 40(Web Server issue):W205–8, July 2012

11.   Wubin Qu,Zhiyong Shen, Dongsheng Zhao, Yi Yang, and Chenggang Zhang*. MFEprimer:multiple factor evaluation of the specificity of PCR primers, Bioinformatics, 2009, 25(2):276-278

12.   Hang X#, LiP#, Li Z, Qu W, Yu Y, Li H, Shen Z, Zheng H, Gao Y, Wu Y, Deng M, Sun Z, ZhangC*. Transcription and splicing regulation in human umbilical vein endothelialcells under hypoxic stress conditions by exon array. BMC Genomics. 2009 Mar 25;10:126. (被评为highly accessed paper).

13.   Hao Zheng,Xingyi Hang, Ji Zhu, Minping Qian, Wubin Qu, Chenggang Zhang*, Minghua Deng*. REMAS:a new regression model to identify alternative splicing of exon array data. BMC Bioinformatics,2009, 10(Suppl1):S18

14.   Zhou Y#, QuW#, Lu Y, Zhang Y, Wang X, Zhao D, Yang Y, Zhang C*. VizPrimer: a web serverfor visualised PCR primer design based on known gene structure. Bioinformatics.201127(24):3432-3434.

15.   Qu W, Ren C,Li Y, Shi J, Zhang J, Wang X, Hang X,Lu Y, Zhao D, Zhang C*. Reliabilityanalysis of the Ahringer Caenorhabditiselegans RNAi feeding library: a guide for genome-wide screens. BMC Genomics. 2011 Mar 31;12(1):170

16.   Shen Z#, QuW#, Wang W, Lu Y, Wu Y, Li Z, Hang X, Wang X, Zhao D, Zhang C*. MPprimer: aprogram for reliable multiplex PCR primer design. BMC Bioinformatics. 2010 Mar 18;11:143. (被评为highly accessed paper)