今天微生态汇总了近期微生态领域重要期刊最值得看的农牧微生物方向的研究成果，包括npj biofilms and microbiomes、Geoderma、Frontiers in Microbiology、Applied and Environmental Microbiology、Microbiological Research、Plant and Soil等期刊。

    为了方便各位小伙伴研读，我们整理了这些文章对应的pdf文档，有需要的小伙伴可以免费领取文献包（限48h）。具体领取方式请参见文末。

npj Biofilms and Microbiomes

科研| npj biofilms and microbiomes：牦牛适应高纬度生活时饮食与肠道微生物群相互作用的季节动态研究

本文由艾奥里亚编译

   兰州大学（Lanzhou University）的Na Guo于2021年04月20日在npj biofilms and microbiomes发表题为《Seasonal dynamics of diet - gut microbiota interaction in adaptation of yaks to life at high altitude》的文章，兰州大学的尚占环，龙瑞军以及云南大学的张志刚共同担任通讯作者。该研究基于DNA代谢物分析和16S rRNA基因分析方法，对青藏高原东部不同季节的自由放牧牦牛进行了转人工放牧（TH）和开放连续放牧（OCG）的研究，探究了日粮消耗与肠道菌群之间的精细尺度关系。本研究结果表明，牦牛肠道菌群能够响应季节性的饮食变化，这使得牦牛能够更好地利用低蛋白质含量的饲料。该研究对饮食-肠道微生物群相互作用的研究提高了我们对牦牛是如何适应极端环境的变化的理解。

摘要：饮食的选择和摄入量影响哺乳动物在极端环境条件下的生存和健康。有人认为，食物组成是肠道微生物菌群变化的关键驱动因素；然而，在极端自然条件下，肠道微生物菌群对季节性饮食变化的响应仍然知之甚少。基于植物trnL(UAA)区序列测定和16S rRNA基因分析方法，本研究对青藏高原放牧牦牛的日粮组成和肠道微生物菌群进行了测定。通过研究发现，冬季食物组成比夏季多样化，而禾本科Gramineae和蔷薇科Rosaceae全年被摄取频率较高。季节性食物的周转和肠道微生物菌群组成的变化是一致的。牦牛根据冷暖季节之间的饮食变化而改变肠道类型，以最大限度地利用氮和能量，这一现象在严寒季节尤为明显。我们的发现为理解哺乳动物适应高海拔过程中饮食-微生物菌群联系的季节性变化提供了新的洞察力。

原名：Seasonal dynamics of diet- gut microbiota interaction in adaptation of yaks to life at high altitude

译名：牦牛适应高纬度生活时饮食与肠道微生物群相互作用的季节动态研究

期刊：npj biofilms and microbiomes

IF：7.067

发表时间：2021.04.20

通讯作者：龙瑞军，尚占环；张志刚

通讯作者单位：兰州大学（Lanzhou University）；云南大学（Yunnan University）

DOI号：10.1038/s41522-021-00207-6

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41522-021-00207-6

科研| npj Biofilms and Microbiomes：土壤微生物处理引发对青枯菌和尖孢镰刀菌的直接和可能的间接抑制

本文由咖啡里的茶编译 

  南京农业大学资源与环境科学学院李荣教授等人于2021年4月12日在npj Biofilms and Microbiomes发表题为《Soil microbiome manipulation triggers direct and possible indirect suppression against Ralstonia solanacearum and Fusarium oxysporum》的文章，本研究在一个番茄单作田中进行试验，在土壤中施用有机肥（鸡粪堆肥）或生物有机肥（用芽孢杆菌株改良的堆肥），并进行熏蒸或不熏蒸，产生了四种处理：不熏蒸+有机肥；非熏蒸+生物有机肥；熏蒸+有机肥；熏蒸+生物有机肥。考虑到植物很大程度上依赖于根际微生物群来吸收养分和抵御病原体，我们随后跟踪了处理前后根际和根际土壤中病原菌丰度和细菌和真菌群落的变化。结果证实了熏蒸结合有机物添加是一种防治番茄多病菌病害的有效策略。通过熏蒸直接降低真菌致病菌，通过改变细菌而非真菌群落间接抑制真菌和细菌致病菌。具体来说，有益微生物群是由熏蒸引起的剧烈扰动引起的，以间接方式刺激抑制。这些结果将加深我们对根际和土壤微生物组合如何响应两步扰动策略的理解，解开分别响应尖孢镰刀菌和青枯病菌的扰动策略的一般疾病抑制机制，验证扰动在多大程度上可以促进微生物群落处理以实现更好的生态系统功能。多病原体抑制机制仍是未来研究的主题，以阐明其在疾病结果中的作用，并允许设计更好的农业管理，并将其应用于可持续的植物健康战略。

摘要：土壤微生物处理可以通过提高土壤抵抗或病原体侵害的恢复能力来潜在的减少农药的使用，从而产生自然抑制作用。本研究通过模拟土壤熏蒸干扰，研究了生物有机和有机物添加的后续应用如何重塑土壤微生物的分类和功能潜力，以抑制番茄单一栽培中的致病菌青枯菌 (Ralstonia solanacearum) 和尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）。单独使用添加有机物对细菌和真菌群落组成的变化较小，且没有抑制作用。熏蒸直接降低了F. oxysporum的数量，引起土壤微生物的剧烈变化。由于有机物添加的应用，这从一种病害助长进一步转化为可抑制土壤微生物群，从而影响了细菌和真菌群落的重组方式。这些直接和可能的间接影响导致了高效的疾病控制率，为控制由多种致病菌引起的病害提供了有前景的策略。

原名：Soil microbiome manipulation triggers direct and possible indirect suppression against Ralstonia solanacearum and Fusarium oxysporum

译名：土壤微生物处理引发对青枯菌和尖孢镰刀菌的直接和可能的间接抑制

期刊：npj Biofilms and Microbiomes

IF：7.067

发表时间：2021.4.12

通讯作者：李荣

通讯作者单位：南京农业大学资源与环境科学学院

DOI号：10.1038/s41522-021-00204-9

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41522-021-00204-9

Geoderma

科研| Geoderma：长期地膜覆盖和氮肥施用对半干旱农田土壤微生物群落和网络的影响

本文由香芋粥编译

   中国科学院成都生物研究所山地生态恢复与生物资源利用重点实验室陈槐等人于2021年3月21日在Geoderma发表题为《Soil microbial community and network changes after long-term use of plastic mulch and nitrogen fertilization on semiarid farmland》的文章。本研究通过4个梯度施氮量与2种地膜覆盖方式结合的实验设计，结合高通量测序技术、生物信息学和统计学分析对黄土高原旱作玉米田这一特殊环境的微生物群落进行研究。了解长期地膜覆盖和氮肥施用条件对微生物多样性和群落结构的影响，将有助于制定合理的施肥和覆膜建议，促进旱地农业的发展。

摘要：土壤微生物是提高土壤质量和生产力的关键。地膜覆盖（FM）与施肥相结合，显著提高了广大旱地作物的产量。然而，这些措施对土壤微生物群落的影响，尤其是对微生物类群共发生模式的影响目前还不清楚。本研究以黄土高原旱作玉米田为研究对象，目的是明确10年长期地膜覆盖和4种氮肥施用量 [0（N0）、100（N100）、250（N250）和400（N400）kg·N·ha⁻¹] 对土壤细菌和真菌多样性、群落结构、组成及共生网络的影响。结果表明，FM与氮肥施用对土壤微生物碳量无明显影响，但这些措施改变了土壤细菌和真菌的群落结构。氮肥施用造成了土壤中氮含量升高和pH降低，这对细菌群落结构具有显著影响，包括群落多样性的降低以及部分富营养/寡营养类群相对丰度的改变，芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、酸杆菌门（Acidobacteria）、己科河菌门（Rokubacteria）和浮霉菌门（Planctomycetes）等。而FM则在调控真菌群落结构上发挥了更大作用，这主要是由于该措施能增加土壤含水率，并促进土壤有机质的分解。地膜覆盖降低了真菌丰富度，并改变了壶菌门（Chytridiomycota）、被孢霉门（Mortierellomycota）、球囊菌门（Glomeromycota）和毛霉亚门（Mucoromycota）的相对丰度。此外，FM通过降低土壤中氮含量来调节氮肥的作用，进而提高引起微生物结构变化的N阈值。网络分析表明FM引起的共发生网络结构不稳定，正负相关链较少，而氮肥施用增加了结构中的正负相关链，这表明微生物间的合作与竞争加强。这些结果表明，长期的地膜覆盖与高氮肥施用可能会对微生物群落结构和稳定性等土壤品质造成风险，建议制定新的管理战略是维持旱地生产力的必要条件。

关键词：细菌群落；真菌群落；共发生网络；地膜覆盖；土壤性质；旱地农业

原名：Soil microbial community and network changes after long-term use of plastic mulch and nitrogen fertilization on semiarid farmland

译名：长期地膜覆盖和氮肥施用对半干旱区农田土壤微生物群落和网络的影响

期刊：Geoderma

IF：4.848

发表时间：2021.3.21

通讯作者：陈槐

通讯作者单位：中国科学院成都生物研究所山地生态恢复与生物资源利用重点实验室

DOI号：10.1016/j.geoderma.2021.115086

原文链接：

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S001670612100166X

Frontiers in Microbiology

科研| Frontiers in Microbiology：果蝇肠道微生物有助于其耐热性，且对热应激高度敏感

本文由灵筠编译 

   智利大学医学院Angélica Jaramillo和Luis E. Castañeda于2021年3月26日在Frontiers in Microbiology发表题为《Gut microbiota of Drosophila subobscura contributes to its heat tolerance and is sensitive to transient thermal stress》的文章。本研究通过比较常规果蝇和无菌果蝇对不同温度的耐热性，以及不同性别果蝇肠道微生物对瞬时热胁迫的响应，发现果蝇肠道微生物有助于其耐热性，且对热应激非常敏感。研究结果有助于了解宿主与肠道微生物间的互作以及肠道微生物在变温动物生态进化过程中的功能角色。

摘要：全球变暖影响了动物的适合度，导致变温物种的灭绝风险增加。肠道微生物可以促进宿主的生理机能，从而增加宿主对非生物胁迫的抗性。例如，温度对变温动物有着深远的影响，肠道微生物对变温动物耐热性的作用是近期研究热点。然而，大部分的研究主要集中在单一静态温度上，而不是评估大范围温度胁迫下的耐热性。此外，有证据表明肠道菌群对环境温度敏感，温度会诱导其组成和多样性的变化。这些研究已评估了热驯化（>周）对肠道菌群的影响，但有关瞬时热应激对肠道菌群组成和多样性的影响还知之甚少。因此，为研究肠道微生物在果蝇耐热性中的功能角色，研究检测了常规果蝇和无菌果蝇在不同温度范围下（35、36、37和38oC）的耐热性，并估算两种微生物处理的热耐受性格局。研究发现暴露在温和高温条件下的常规果蝇比无菌果蝇表现出更高的热耐受性，但在更高的温度胁迫下，无菌果蝇和常规果蝇之间没有差异。同时也比较雌雄果蝇在非胁迫（暴露在21oC）和热胁迫（暴露在34oC）下，肠道菌群的群落丰度、多样性和群落结构的变化。发现非胁迫和热胁迫间果蝇的肠道菌的多样性指数、丰度、群落结构发生变化，且与宿主果蝇性别相关。总的来说，本研究发现肠道菌群影响宿主的耐热性，热胁迫会塑造肠道菌群的类别和结构。这些结果表明，肠道微生物有助于宿主的耐热性，对瞬时热应激高度敏感，其可能对宿主的适合度、种群灭绝风险以及变温动物面临当前和未来气候变化的弱点有着重要的影响。

关键词：细菌微生物群、气候变化、热应激、应激复原、耐热性

原名：Gut microbiota of Drosophila subobscura contributes to its heat tolerance and is sensitive to transient thermal stress

译名：果蝇肠道微生物有助于其耐热性，且对热应激高度敏感

期刊：Frontiers in Microbiology

IF：4.235

发表时间：2021.3.26

通讯作者：Luis E. Castañeda

通讯作者单位：智利大学医学院

DOI号：10.3389/fmicb.2021.654108

原文链接：

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.654108

科研| Frontiers in Microbiology：宏基因组学揭示饲喂不同瘤胃可降解淀粉水平的奶山羊后肠微生物及代谢产物差异

本文由图南编译 

   中国西北农林科技大学动物科技学院姚军虎等人于2021年4月20日在Frontiers in Microbiology发表题为《A metagenomic insight into the hindgut microbiota and their metabolites for dairy goats fed different rumen degradable starch》的文章，本研究利用宏基因组学技术，对饲喂三种瘤胃可降解淀粉水平的奶山羊后肠微生物及其代谢产物进行对比研究，为未来反刍动物淀粉利用和高效精准日粮设计提供依据。

摘要：日粮中的碳水化合物被认为是反刍动物及其消化道微生物的主要能量来源，但其中过高的淀粉含量却会增加高产奶牛瘤胃酸中毒的风险。瘤胃可降解淀粉（RDS）可作为衡量反刍动物消化健康的有效指标。先前研究表明，碳水化合物可以作为肠道微生物发酵的营养底物来调节其组成和和代谢。因此，研究不同RDS日粮对奶山羊肠道细菌功能的影响，有助于了解反刍动物胃肠道微生物与碳水化合物代谢的机制。

   研究选取18只体重接近的泌乳山羊（45.8±1.54 kg），随机分为3个不同RDS水平的日粮处理组，即低瘤胃可降解淀粉日粮组（LRDS = 20.52%）、中瘤胃可降解淀粉日粮组（MRDS = 22.15%）和高瘤胃可降解淀粉日粮组（HRDS = 24.88%），进行为期5周的饲喂试验。结果显示，与LRDS组和MRDS组相比，HRDS组后肠纤维素含量和醋酸盐比例升高；瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）和瘤胃球菌UCG-010（Ruminococcaceae UCG-010）的丰度显著增加。与HRDS组和MRDS组相比，LRDS组的丁酸比例和丁酸产生菌拟杆菌S24-7（Bacteroidale-S24_7）、毛螺菌科（Lachnospiraceae）和拟杆菌S24_7_（bacteroidale-S24_7_）组的丰度显著增加。与HRDS组相比，LRDS组显著提高菌群氧化应激耐受性，降低其潜在致病性。

   宏基因组学研究表明，日粮中的RDS通过增加HRDS组糖苷水解酶95（GH95）家族和纤维素酶（EC 3.2.1.4）及LRDS组糖苷水解酶13_20家族（GH13_20）和同工淀粉酶（EC 3.2.1.68）的基因丰度来影响微生物碳水化合物代谢。PROBIO数据库显示HRDS组的益生菌丰度明显降低；且其后肠黏膜中白介素-1β和分泌性免疫球蛋白A表达量升高，黏蛋白2（MUC2）表达量下降。

   日粮中的RDS水平改变了碳水化合物在奶山羊体内的降解位置，降低了盲肠纤维素酶基因的丰度。结果表明HRDS日粮可能对奶山羊肠道菌群形成负担，并损伤其肠道黏液层，造成炎症。

关键词：奶山羊、糖苷水解酶家族、黏蛋白2、瘤胃可降解淀粉、短链

原名：A metagenomic insight into the hindgut microbiota and their metabolites for dairy goats fed different rumen degradable starch

译名：宏基因组学揭示饲喂不同瘤胃可降解淀粉的奶山羊后肠微生物及代谢产物差异

期刊：Frontiers in Microbiology

IF：4.235

发表时间：2021.04.20

通讯作者：姚军虎

通讯作者单位：中国西北农林科技大学动物科技学院

DOI号：10.3389/fmicb.2021.651631

原文链接：

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.651631/abstract

AEM

科研| Applied and Environmental Microbiology：不使用抗生素饲养的育肥猪盲肠微生物组中抗菌药物和重金属耐药性的宏基因组学研究

本文由王萌编译 

   泰国曼谷朱拉隆功大学兽医学院生理学系生物化学组Paiboon Tunsagool等人于2021年3月26日在Applied and Environmental Microbiology发表题为《Metagenomics of Antimicrobial and Heavy Metal Resistance in the Cecal Microbiome of Fattening Pigs Raised without Antibiotics》的文章，本研究利用全基因组的宏基因组学，比较在生命周期中分别使用抗生素和不使用抗生素饲养的育肥猪的微生物群以及盲肠内容物中抗菌药物耐药性（AMR）基因和重金属抗性基因（MRGs）的丰度变化。了解与AMR和MRGs相关的微生物多样性，对促进猪的安全可持续生产和猪肉安全具有重要意义。

摘要：本研究旨在利用全基因组鸟枪测序法评估无抗生素饲养条件下育肥猪与普通规模化猪 (对照组，C) 的盲肠微生物、抗菌药物耐药性（AMR）和重金属抗性基因（MRGs）。无抗生素（ABF）饲养的猪，其盲肠微生物中普氏菌属（Prevotella）（33%）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）（13%）较丰富，而C组盲肠微生物中大肠杆菌属（Escherichia coli）（40%）、梭杆菌属（Fusobacterium）（40%）和拟杆菌属（Bacteroides）（4%）较丰富。ABF组猪和C组猪的盲肠微生物有不同的群落；但部分C组猪（C1）的微生物群与ABF组猪有相同的群落，但与其余C组猪（C2）完全不同。在AMR基因中，ABF组以tet（Q）（35.7%）和mef（A）（12.7%）最为丰富，C组以tet（Q）（26.2%）和tet（W）（10.4%）最为丰富。在ABF和C1的样本中，tet（Q）与普氏菌（Prevotella）呈正相关。C2组显著的tet（W）与梭杆菌属（Fusobacterium）和拟杆菌属（Bacteroides）呈正相关。这里研究的猪均从未使用过四环素，但怀孕母猪在分娩前每7天使用一次金霉素。两组均显示出染色体对铜和锌的抗性基因，而与铜和锌饲料添加剂无关。与ABF组（41%）相比，更高丰度的多金属抗性基因在C组（44％）被观察到。综上所述，C组部分猪的微生物群系与ABF组猪相似。在ABF组猪和C组猪中不仅发现了与主要细菌相关的四环素抗性基因，也观察到了MRGs。

重要性：对于农场的动物来讲，抗生素耐药性是一个日益严重的问题，并且在饲养农场动物时不使用抗生素是解决这个问题的一种方法。本试验研究表明，在ABF组和C组中，只有一些四环素和大环内酯抗性基因tet（Q）、tet（W）和mef（A）显著丰富。tet（Q）和tet（W）基因与每组不同优势细菌相关，表明主要细菌可能成为AMR基因的宿主。此外，在两组猪中也观察到染色体上的铜和锌的抗性基因，这与两个农场中使用铜和锌的添加剂无关。应进一步研究MRGs与AMR基因型和表型的关联，以及使细菌对抗生素重新敏感的方法，以揭示赋予高水平抗药性的基因的原因并解决这些问题。

关键词：抗菌素耐药性基因、微生物群、猪、无抗生素饲养、全基因组鸟枪法测序、猪

原文：Metagenomics of Antimicrobial and Heavy Metal Resistance in the Cecal Microbiome of Fattening Pigs Raised without Antibiotics

译名：不使用抗生素饲养的育肥猪盲肠微生物组中抗菌药物和重金属耐药性的宏基因组学研究

期刊：Applied and Environmental Microbiology

IF：4.016

发表时间：2021.03.26

通讯作者：Gunnaporn Suriyaphol

通讯作者单位：泰国曼谷朱拉隆功大学兽医学院生理学系生物化学组

DOI号：10.1128/AEM.02684-20

原文链接：

https://aem.asm.org/content/87/8/e02684-20

Microbiological Research

科研| Microbiological Research：不同农业管理方式下甘蔗细菌群落表现出不同的促生特性和协同效应

本文由挖提编译

    保利斯塔州立大学农业和兽医科学学院Daniel Guariz Pinheiro等人于2021年2月18日在Microbiological Research发表题为《Bacterial communities associated with sugarcane under different agricultural management exhibit a diversity of plant growth-promoting traits and evidence of synergistic effect》的文章，本研究通过两种农业管理方式分别获得了有机和常规甘蔗可栽培微生物群落，并使用一种新的定制培养基，从植物根、茎、叶和根际土壤中恢复了944个内生细菌群与附生细菌群，从而产生了38个候选群落，再对所选群落进行富集分析，发现它们主要来源于常规管理下甘蔗茎秆的附生菌群。对16s rRNA基因的V3-V4区进行测序后发现金黄杆菌属可能直接或间接地作为一个重要的分类单元在具有促进植物生长能力的群落中发挥作用。这些结果表明本文的方法对恢复甘蔗细菌群落很有效，并且证实了协同效应对植物是有利的，为甘蔗细菌群落促生特性和协同效应的研究提供了重要的参考价值。

摘要：植物相关微生物群一直是微生物前景研究的一个重要目标，微生物可能起到提高农业生产力的作用。多年来，从促生长功能性状的表征出发，通过对几种分离株进行试验，完成了有益微生物的寻找工作。然而，当植物相关评估完成后，预期中的好结果最终就可能无法实现了。本研究在两种农业管理方式下，分别获得了有机甘蔗可栽培微生物群落和常规甘蔗可栽培微生物群落。我们通过使用一种新的定制培养基，从植物根、茎、叶和根际土壤中恢复了944个内生细菌群与附生细菌群。并通过大规模的方法在原位（Cynodon dactylon）上进行最初的接种筛选过程来避免早期的不兼容性。考虑到是利用细菌群落进行接种的，因此它们可以协同进行。这一过程产生了38个候选群落，其中17个群落具有较高的吲哚-3-乙酸（IAA）含量和溶磷活性，并且被用于一个新的原位试验中，使用Brachiaria ruziziensis和功能性状的量化进行生长促进和生理试验。所选群落的富集分析表明，它们主要来源于常规管理下甘蔗茎秆的附生菌群。通过对16s rRNA基因的V3-V4区进行测序，发现有34个属和24个种分布于变形杆菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门之中。我们还在这些群落中观察到的一个属网络，其中金黄杆菌属具有更大程度的相互作用，这表明在具有促进植物生长能力的群落中，它可能直接或间接地作为一个重要的分类单元而发挥作用。从已取得的结果中，我们可以发现该方法在恢复一系列甘蔗细菌群落中很有效，有证据表明，协同效应对植物有利，并且他们可以与同一科（禾本科）的植物共存。因此，我们报道的这些有益细菌群落是具有作物生物菌剂开发潜力的合适候选菌群。

关键词：植物根际促生细菌；扩增子；文化组学；甘蔗属；共生关系

原名：Bacterial communities associated with sugarcane under different agricultural management exhibit a diversity of plant growth-promoting traits and evidence of synergistic effect

译名：不同农业管理方式下甘蔗细菌群落表现出不同的促生特性和协同效应

期刊：Microbiological Research

IF：3.970

发表时间：2021.02.18

通讯作者：Daniel Guariz Pinheiro

通讯作者单位：保利斯塔州立大学农业和兽医科学学院

DOI号：10.1016/j.micres.2021.126729

原文链接：

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0944501321000355

Plant and Soil

科研| Plant and Soil：土壤特性和微生物组的微尺度分析揭示对植物和果实的潜在效应：基于葡萄园的模型案例研究

本文由饺子编译

   意大利农业研究和农业经济分析委员会葡萄栽培和酿酒研究中心Luca Nerva等人于2021年02月21日在Plant and Soil发表题为《Microscale analysis of soil characteristics and microbiomes reveals potential impacts on plants and fruit: vineyard as a model case study》的文章，本研究通过对两块邻近葡萄园中的土壤地质特征、土壤物理化学指标和土壤微生物群落进行综合分析，强调了土壤特性会影响葡萄根系的发育以及不同土层土壤微生物的组成和构建，并最终影响葡萄酒的特性。

摘要：土壤微生物组在农业中的作用日益重要。这种重要性也反映在人们认识植物的方式上：植物是一个复杂生物体，由植物本身和栖息在植物组织中的微生物共同形成，这些微生物包括在植物器官表面以及附着或靠近根部的所有类群。另外，早期研究显示，与特定土壤相关的微生物群落能够预先决定农作物的健康状况。鉴于此，阐明农业土壤的微生物组成和驱动群落构建的因子对于实现农业和葡萄栽培的可持续发展至关重要。我们的目的是研究土壤地质特征如何影响在地理上密切相关的葡萄园中土壤微生物的组成。此外，我们分别研究了受人为影响的表层（深度15 cm）和深层（深度120 cm）土壤以及几乎未受扰动的土壤。尽管两个葡萄园的地理位置接近，但我们观察到的微生物群落略有不同，这被认为是土壤微生物组组成的主要决定因素之一。此外，我们发现两种土壤的地质特征既影响葡萄根系分布，也影响病原体和共生体相关微生物属的积累。来自两种不同土壤的格里洛（Grillo）葡萄酒的感官特征证实了土壤起源与葡萄酒特性之间的紧密联系。我们的研究结果显示，在地理位置相近的葡萄园中，土壤特性会影响土壤微生物群落的组成和构建，从而对葡萄酒的特性产生潜在影响。

关键词：葡萄、土壤微生物组、16S和ITS序列、全功能体、微生物风土

原名：Microscale analysis of soil characteristics and microbiomes reveals potential impacts on plants and fruit: vineyard as a model case study

译名：土壤特性和微生物组的微尺度分析揭示对植物和果实的潜在效应：基于葡萄园的模型案例研究

期刊：Plant and Soil

IF：3.299

发表时间：2021.02.21

通讯作者：Luca Nerva, Walter Chitarra

通讯作者单位：意大利农业研究和农业经济分析委员会葡萄栽培和酿酒研究中心

DOI号：10.1007/s11104-021-04884-2

原文链接：

https://link.springer.com/article/10.1007/s11104-021-04884-2

科研| Plant Soil：保护性农业中覆盖作物与土壤微生物的相互作用提高了磷的有效性

本文由小花编译 

   德国霍恩海姆大学土壤科学与土地管理研究所M. Hallama等人于2021年3月22日在Plant Soil发表题为《Interactions between cover crops and soil microorganisms increase phosphorus availability in conservation agriculture》的文章。本研究以大豆为主要实验对象，设置不同耕作方式，包括减耕、免耕、裸露（即不覆盖作物），通过对土壤微生物磷库总量进行定量以及中性脂肪酸和磷脂脂肪酸分析，探讨了酶活性与土壤微生物群落的关系。研究表明农业生产中，可以通过改变耕作方式来刺激有机磷循环，提高土壤微生物的丰度和活性，进而改变温带农业土壤中磷动员。土壤微生物的丰度和活性与有机磷库的变化有关，表明土壤微生物活动对养分循环的重要性。覆盖作物可以减少当前磷肥的施用，减轻农业对环境的影响，是实现农业目标的可持续集约化农业的一种富有前景的方案。这篇文章为酶活性与微生物群落关系、土壤微生物总磷库的量化、耕作方式改变对农业可持续的研究具有借鉴意义。

摘要：目标：改善磷（P）的内部循环是农业生产的一项基本任务。覆盖作物和减耕能增加土地可持续性，但目前还不清楚刺激土壤微生物群落能否增加土壤有机磷库的有效性。

方法：在德国西南部大田试验中，以大豆（soybean）为主要作物，研究了冬覆盖作物混合耕种（vs. 裸耕）和免耕（vs. 不倒耕）对微生物磷循环的影响。通过酶添加试验（EAA）（添加磷酸二酯酶phosphodi-esterase，非植酸磷酸单酯酶non-phytase-phosphomonoesterase和真菌植酸酶fungalphytase），首次把微生物生物量，磷脂脂肪酸(PLFAs)，磷循环酶，和碳底物利用能力与有机磷库的不稳定性联系在一起。

结果：覆盖作物下微生物磷、磷酸酶和脂肪酸含量增加，这表明有机磷循环的潜力增强。酶稳定型有机磷逐渐向酶不稳定型有机磷转移。但免耕的效果较弱，与覆盖作物协同作用不明显。

总结：这个实验证明，在非磷限制型的温带农业生态系统中，覆盖作物能够增加微生物介导的内部磷循环。

关键词：保护性农业；代谢多样性；有机磷形态；植物微生物互作；PLFA；磷动员

原名：Interactions between cover crops and soil microorganisms increase phosphorus availability in conservation agriculture

译名：保护性农业中覆盖作物与土壤微生物的相互作用提高了磷的有效性

期刊：Plant Soil

IF：3.299

发表时间：2021.3.22

通讯作者：M. Hallama

通讯作者单位：德国霍恩海姆大学土壤科学与土地管理研究所土壤生物系

DOI号：10.1007/s11104-021-04897-x

原文链接：

https://link.springer.com/article/10.1007/s11104-021-04897-x

综述| Plant and Soil：温室集约型蔬菜生产系统中微生物的退化与恢复

本文由静谧编译

    土壤微生物群落结构和多样性在维持生态系统稳定中起着关键作用，如有助于土壤形成和结构改善、支持养分循环、植物生长及生产、并提高植物的抗病虫害能力等。塑料大棚作为一种温室集约型蔬菜生产系统，其应用越来越普遍。但是随着蔬菜的连作、化肥和农药的应用等问题的出现，其土壤微生物的数量和多样性正在急剧下降，随之而来的土壤问题也越来越严重，正成为人们不可忽视的重要问题。南京工业大学生物与制药工程学院高南等人于2021年3月29日在Plant and Soil上发表题为《Microbial deterioration and restoration in greenhouse-based intensive vegetable production systems》的文章，本文综述了温室集约型的蔬菜生产系统健康状况，指出微生物群落结构和多样性的变化是造成蔬菜农业土壤问题的主要原因，并提出了有效的改善措施，对蔬菜土壤微生物生态系统的研究具有重要的借鉴意义。

摘要：背景：微生物群落和多样性（Microbial community and diversity）是维持土壤生态系统健康的关键。近年来，化肥的大量使用和温室集约型生产系统的持续单作，严重威胁着土壤生态系统的健康。结果表明，土壤的氮素利用效率显著下降，对土壤、水和大气都产生了不利影响。此外，土传的植物病害在温室集约型蔬菜系统中更为常见。微生物群落结构和多样性的变化是造成蔬菜农业土壤连作（Continuous cropping）问题的主要原因。

研究范围：本文综述了土壤微生物的退化（Microbial deterioration），包括微生物活性、碳源利用模式、硝化作用、微生物群落组成和丛枝菌根真菌。由于过度使用化肥造成了土壤次生盐渍化和酸化，相同或类似蔬菜品种的连作带来了污染物，这些原因导致了土壤微生物的退化。

结论：因此，必须采取措施来恢复土壤微生物群落，包括合理施肥、轮作或间作、种植填闲作物或覆盖作物、减少土壤杀虫等。合理施肥具有很重要的意义，比如：降低化肥氮素水平、有机肥替代化肥、生物肥和生物有机肥的使用等。本文综述了蔬菜农业土壤生态系统健康状况，并提出了改善其健康状况的有效措施。

关键词：连作障碍、生态系统服务、微生物多样性、土壤生态工程、土壤健康、土壤次生盐渍化与酸化

原名：Microbial deterioration and restoration in greenhouse-based intensive vegetable production systems

译名：温室集约型蔬菜生产系统中微生物的退化与恢复 

期刊：Plant and Soil

IF：3.299

发表时间：2021.03.29

通讯作者：高南

通讯作者单位：南京工业大学生物与制药工程学院

DOI号：10.1007/s11104-021-04933-w

原文链接：

https://link.springer.com/article/10.1007/s11104-021-04933-w

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