今天微生态汇总了近期Top期刊最新的微生物领域研究成果，包括Gastroenterology、Gut、Microbiome、ISME Journal、Gut Microbes等期刊。

    为了方便各位小伙伴研读，我们整理了这些文章对应的pdf文档，有需要的小伙伴可以免费领取文献包（限48h）。具体领取方式请参见文末。

Gastroenterology

科研| Gastroenterology：粪便菌群移植治疗难治性梭状芽胞杆菌反复感染的长期安全性评估

本文由弈轩编译 

   梅奥诊所胃肠病和肝病科的Sahil Khanna等人于2021年1月11日在Gastroenterology发表题为《Long-term Safety of Fecal Microbiota Transplantation for Recurrent Clostridioides difficile Infection》的文章，本研究通过对经过粪便菌群移植（FMT）治疗难治性梭状芽胞杆菌（Clostridioides difficile Infection, CDI）疾病的患者的长期跟踪调查，评估FMT治疗手段的安全性，结果显示FMT还是比较安全的，感染传播的风险也很低。而本研究发现的一些新的诊断，应在以后的研究中加以探讨。

摘要：背景：粪便菌群移植（FMT）是治疗复发性艰难梭菌感染（CDI）的有效方法，有关中长期安全性的最新数据正在统计。

方法：通过对接受FMT复发CDI的患者进行了一项基于前瞻性调查研究（2012年9月-2018年6月）。关于人口统计学和共病的数据是从医疗记录中提取的。分别于FMT后1周、1个月、6个月、1年（短期）和≥2年（长期）联系患者。在每个时间点记录症状和新的医学诊断。对数据进行加权以说明调查无反应偏倚。使用年龄（每10年递增）、性别、调查时间和合并症建立了不良事件的多变量logistic回归模型，且具有统计学意义（p<0.05）。

结果：总共有609例患者接受了FMT：中位年龄56岁（范围18-94岁），女性占64.8％，患有炎症性肠病（IBD）的占22.8％。在短期随访（n = 609）时，> 60％的患者出现腹泻，<33％的患者出现便秘。在1年时，有9.5％的人报告了其他CDI症状。多因素分析显示，IBD、透析依赖性肾病和多发FMTs患者腹泻风险较高，女性便秘风险较高，IBD患者便秘风险较低（均p<0.05）。长期随访（n=447）的中位随访时间为3.7年（范围2.0-6.8）。总体而言，报告了73例新诊断，其中13％为胃肠道，10％体重增加，11.8％新感染（均被认为与FMT无关）。FMT后感染的中位时间为29个月（范围0-73）。

结论：FMT看起来很安全，感染传播的风险也很低。报告中发现的一些新的诊断，应在以后的研究中加以探讨。

关键词：不良症状；腹泻；微生物组；腹痛；结果

原名：Long-term Safety of Fecal Microbiota Transplantation for Recurrent Clostridioides difficile Infection

译名：粪便菌群移植治疗难治性梭状芽胞杆菌反复感染的长期安全性评估

期刊：Gastroenterology

IF：17.373

发表时间：2021.1.11

通讯作者：Sahil Khanna

通讯作者单位：梅奥诊所胃肠病和肝病科

DOI号：10.1053/j.gastro.2021.01.010

原文链接：

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S001650852100069X

Gut

科研| GUT：通过磁控取样胶囊内窥镜无创获取肠道生物信息新方案

本文由木子编译 

   华中科技大学同济医学院协和医院消化内科Zhen Ding等人于2021年1月15日在GUT发表题为《Novel scheme for non-invasive gut bioinformation acquisition with a magnetically controlled sampling capsule endoscope》的文章，本研究通过新开发的磁控取样胶囊内窥镜技术获取肠道菌群及其代谢产物生物信息，能有效区别不同肠道区域和疾病模型，对人类疾病的进一步预防、诊断、预后和治疗有具有重要意义。

摘要：肠道菌群及其代谢物与多种系统性疾病有关。目前获取微生物菌群及其代谢物相关信息的方法有限。为方便、无创性、准确的获取消化道的生物信息，本文研发一种精确的磁控取样胶囊内窥镜技术 (MSCE) 用于疾病诊断和评估。研究设置对照组和抗生素诱导腹泻组，通过磁控取样胶囊内窥镜技术和外科手术采集空肠和回肠胃肠道内容物，用微生物组和代谢组学技术分析胃肠道内容物。与外科手术相比，磁控取样胶囊内窥镜技术能准确获取肠道菌群及其代谢产物信息，有效区别不同肠道区域和疾病模型。在抗生素诱导腹泻模型中，使用磁控取样胶囊内窥镜技术，我们发现拟杆菌门、Patescibacteria、放线菌门的数量和马尿酸水平急剧下降，大肠杆菌志贺菌数量和吡咯烷二酮水平增加。磁控取样胶囊内窥镜介导的取样技术揭秘了与代谢疾病、癌症和神经系统紊乱有关的特定肠道微生物群和代谢产物，包括肠球菌、毛螺旋菌科、乙酰左旋肉碱和琥珀酸。磁控取样胶囊内窥镜技术具有良好的封闭性能且取样后无污染。我们新开发的磁控取样胶囊内窥镜技术在磁控制下可直接可视化无创准确获取肠道生物信息，有助于疾病的进一步预防、诊断、预后和治疗。

关键词：胃肠道内镜、炎症性肠病、肠道细菌

原名：Novel scheme for non-invasive gut bioinformation acquisition with a magnetically controlled sampling capsule endoscope

译名：通过磁控取样胶囊内窥镜无创获取肠道生物信息新方案

期刊：GUT

IF：19.819

发表时间：2021.01.15

通讯作者：Rong Lin

通讯作者单位：华中科技大学同济医学院协和医院消化内科

DOI号：10.1136/gutjnl-2020-322465

原文链接：

https://gut.bmj.com/content/early/2021/01/15/gutjnl-2020-322465

科研| Gut：Synbindin在结肠炎中能够抑制促炎巨噬细胞对抗抗微生物和粘膜炎症的活化

本文由艾奥里亚编译 

  上海交通大学（Shanghai Jiao Tong University）的艾罗燕等人于2021年1月13日在Gut发表题为《Synbindin restrains proinflammatory macrophage activation against microbiota and mucosal inflammation during colitis》的文章，该校艾罗燕和徐安涛担任该研究通讯作者。该研究通过不同的基因敲除方式，探究了synbindin在结肠炎中的调节作用，基于基因敲除技术，信号转导，免疫荧光法和免疫共沉淀法等方法，笔者发现，Synbindin是TLR4信号转导的关键调节因子，在结肠炎过程中抑制促炎巨噬细胞对微生物菌群的激活。

文章摘要：目的：Synbindin作为一种典型的膜束缚因子，其在免疫应答中的作用日益广泛。本研究中，我们探究了synbindin在结肠炎中调节Toll样受体4 (TLR4)信号和巨噬细胞对微生物菌群响应中的作用。

实验设计：基于不同的synbindin杂合敲除方式，本研究构建了三种不同的小鼠模型（synbindin整体敲除，骨髓特异性synbindin敲除以及肠上皮细胞特异性synbindin敲除三种不同的小鼠），并应用于揭示synbindin在葡聚糖硫酸钠 (DSS) 结肠炎中的作用。本研究探究了synbindin对响应细菌脂多糖 (LPS) 或Fusobacterium Ucleata的TLR4信号转导和巨噬细胞活化的影响；基于免疫荧光法和免疫共沉淀法评估了synbindin和Rab7b的共定位以及两者之间的相互作用。同时测定了IBD患者循环单核细胞和肠粘膜巨噬细胞中synbindin的表达。

结果：整体synbindin单倍体缺乏显著加剧了DSS诱导的肠道炎症。肠道微生物菌群枯竭消除了对DSS敏感性的增加，这一现象在骨髓细胞(非肠上皮细胞)中特异性敲出synbindin使也同样被观察到。此外，在synbindin干扰时，我们在巨噬细胞中观察到其在响应细菌LPS或Fusobacterium Ucleata时所表现出严重异常的促炎基因特征和过表达的TLR4信号。无论是在DSS结肠炎小鼠，还是急性IBD患者的肠粘膜巨噬细胞和循环单核细胞中，synbindin都显著增加。白细胞介素23和粒细胞巨噬细胞集落刺激因子可诱导synbindin的表达。在机理的研究中我们发现，synbindin与Rab7b能够直接相互作用，从而协调TLR4的内体降解途径以终止信号。

结论：Synbindin是TLR4信号转导的关键调节因子，在结肠炎过程中抑制促炎巨噬细胞对微生物菌群的激活。

原名：Synbindin restrains proinflammatory macrophage activation against microbiota and mucosal inflammation during colitis

译名：Synbindin在结肠炎中能够抑制促炎巨噬细胞对抗抗微生物和粘膜炎症的活化

期刊：Gut

IF：19.819

发表时间：2021.1.20

通讯作者：艾罗燕，徐安涛

通讯作者单位：上海交通大学（Shanghai Jiao Tong University）

DOI号：10.1136/gutjnl-2020-321094

原文链接：

https://gut.bmj.com/content/early/2021/01/13/gutjnl-2020-321094

Microbiome 

科研| Microbiome：利用代谢模型了解宿主-微生物之间的相互作用

本文由艾奥里亚编译 

   格罗宁根大学（University of Groningen）的Jack Jansma等人于2021年1月20日在Microbiome发表题为《Understanding the host-microbe interactions using metabolic modeling》的文章，该校Sahar El Aidy担任该研究通讯作者。复杂微生物群落内的相互作用以及微生物群落和宿主之间的相互作用很难阐明，但了解这些相互作用对于成功干预微生物群落至关重要。该综述表明，基于流平衡分析（flux balance analysis）的计算方法的使用提供了对微生物相互作用的新的理解，有助于形成新的可检验的假说，并使以个性化的方式研究益生菌给药的有效性成为可能。

文章摘要：人体肠道中蕴藏着大量对人体健康其关键作用的共生微生物。然而，复杂的微生物群落内部微生物与微生物之间的相互作用，以及微生物群落与其宿主之间的相互作用很难阐明，这限制了与微生物群落失调相关的各种疾病的治疗研究。而利用流平衡分析我们可以更好地研究这些相互作用。流平衡分析使用带注释的基因组规模的新陈代谢网络，来确定代表细菌在特定代谢环境(如肠道)中的完整新陈代谢的代谢通量的分布。在共享的代谢环境中模拟一系列细菌物种可以研究许多扰动所产生的影响，例如以个性化的方式改变饮食或添加益生菌物种。本文旨在向实验生物学家介绍流平衡分析在宿主-微生物菌群相互作用领域的可能应用，并讨论其在改善人类健康方面的潜在用途。

原名：Understanding the host-microbe interactions using metabolic modeling

译名：利用代谢模型了解宿主-微生物之间的相互作用

期刊：Microbiome

IF：11.607

发表时间：2021.1.20

通讯作者：Sahar El Aidy

通讯作者单位：格罗宁根大学（University of Groningen）

DOI号：10.1186/s40168-020-00955-1

原文链接：

https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00955-1

科研| Microbiome：粪便移植治疗期间，在实验性结肠炎模型中，抗生素处理引起的相关失调将影响肠道微生物调控肠道炎症的能力

本文由艾奥里亚编译

  欧洲癌症中心（IEO European Institute of Oncology IRCCS）的Francesco Strati等人于2021年2月在Microbiome发表题为《Antibiotic-associated dysbiosis affects the ability of the gut microbiota to control intestinal inflammation upon fecal microbiota transplantation in experimental colitis models》的文章，该校Francesco Strati和Federica Facciotti共同担任通讯作者。人体肠道微生物菌群在维持胃肠道的完整性、免疫系统的动态平衡和宿主能量代谢方面起着至关重要的作用。抗生素的应用使得医学领域在治疗易感染性疾病方面发生了革命性的变化；然而，它们在有效杀死病原菌的同时，还不加区别地影响有益肠道微生物的生长。本研究中，我们探究了抗生素在影响肠道微生物菌群调控炎症中的作用。基于对肠道微生物菌群、代谢物和粘膜免疫系统之间相互作用的分析，以确定恢复健康的肠道微环境和重新引导免疫系统走向动态平衡的关键要素。

文章摘要：背景：肠道微生物菌群在维持宿主生理健康中起着十分重要的作用，同时其在一些病发机制中也起着核心作用。抗生素能够破坏肠道微生物菌群的组成和功能，这对宿主会产生长期的有害影响。最近的研究表明，不同临床治疗的疗效也与肠道微生物菌群之间息息相关。本研究中，在粪便微生物菌群移植（FMT）治疗时，在实验性结肠炎模型以及人体肠道活检的体外实验中，我们探究了不同的抗生素处理对肠道微生物菌群调控肠道炎症能力的影响。

结果：小鼠粪便供体首先采用不同的抗生素（万古霉素、链霉素和甲硝唑）进行预处理，随后用于结肠炎小鼠的FMT治疗。通过对肠道菌群、粪便代谢组学和结肠固有层免疫细胞的免疫表型进行分析表明，抗生素预处理显著影响了微生物菌群调控肠道炎症的能力。链霉素和万古霉素处理的微生物菌群未能调控肠道炎症，其特征是与IBD相关的病原菌的大量繁殖，以及与氧化应激和单糖代谢相关的代谢物的存在。相反，甲硝唑处理的微生物群保留了其调控炎症的能力，这与Lactobacillus的富集和涉及iNKT细胞的先天免疫响应的共存相关。此外，用万古霉素预处理的无菌粪水，对IBD患者的肠固有层单核细胞和iNKT细胞进行共培养，可以发现，CD₄⁺T细胞群中Th1/Th17发生倾斜；另一方面，甲硝唑则诱导iNKT细胞极化为产生IL10。

结论：不同的抗生素治疗下，能够通过改变微生物群落结构和微生物菌群衍生的代谢物来影响肠道微生物菌群调控实验性结肠炎的能力。

原名：Antibiotic-associated dysbiosis affects the ability of the gut microbiota to control intestinal inflammation upon fecal microbiota transplantation in experimental colitis models

译名：粪便移植治疗期间，在实验性结肠炎模型中，抗生素处理引起的相关失调将影响肠道微生物调控肠道炎症的能力

期刊：Microbiome

IF：11.607

发表时间：2021.2

通讯作者：Francesco Strati，Federica Facciotti

通讯作者单位：欧洲癌症中心（IEO European Institute of Oncology IRCCS）

DOI号：10.1186/s40168-020-00991-x

原文链接：

https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00991-x

ISME Jounal

科研| The ISME Journal：磷缺乏引起外生菌根对胞外酶的最优分配

本文由Sun编译

   英属哥伦比亚大学生物系J. Marty Kranabetter等人于2021年01月08日在The ISME Journal发表题为《Phosphorus deficiencies invoke optimal allocation of exoenzymes by ectomycorrhizas》的文章，本研究通过在保持宿主树种和树龄不变的情况下，采用EM真菌P是否沿着该土壤P梯度变化的采集策略沿海杉木林 (pseudosuga menzesii var. menzesii) 分析EM根尖表面一系列胞外酶的活性，并将外切酶浓度与土壤P关联，包括无机P以及³¹P揭示的有机组分NMR进行取样试验，结合土壤P的利用率与N的综合指数关系反映EM真菌的分配策略。进而探究磷酸酶活性的最高水平是否与限制在灰化层低P土壤中的EM真菌物种相关。为微生态研究中揭示单一树木寄主EM真菌群落对土壤P有效性下降的响应方式和程度提供依据。

文章摘要：外生菌根 (EM) 真菌可以通过胞外水解酶 (exoenzymes) 获取P，但目前尚不清楚原生EM真菌群落对土壤P有效性下降的响应方式和程度。在不列颠哥伦比亚省沿海灰化梯度上，研究了pseudosuga menzesii  EM根中6种胞外酶的活性 (木糖苷酶, n -乙酰氨基葡萄糖苷酶, β-葡萄糖苷酶, 酸性磷酸单酯酶, 酸性磷酸二酯酶 [APD], 漆酶)。我们发现，APD活性与无机P下降呈曲线关系并增加了四倍。胞外酶的活性与有机P的含量无关，但是在使用³¹P-NMR进行更精细的分离时，APD活性与表面有机层 (森林地面) 中磷酸二酯及正磷酸盐的比例之间存在很强的正相关关系。大多数胞外酶的大量增加 (2到5倍) 与P. menzesii叶片P浓度的下降一致，但在统计上与叶片氮（N）: 磷（P）比率的关系更好。持续高产关键胞外酶的EM真菌物种是专属于灰化土地块。与N限制相关的P缺乏可能是胞外酶投入的最佳预测指标，反映了EM真菌的最佳分配策略。 资源约束有助于物种更替和不同的、适应性良好的EM真菌群落的组装。

原名：Phosphorus deficiencies invoke optimal allocation of exoenzymes

by ectomycorrhizas 

译名：磷缺乏引起外生菌根对胞外酶的最优分配

期刊：The ISME Journal

IF：9.18

发表时间：2021.01

通讯作者：J. Marty Kranabetter

通讯作者单位：英属哥伦比亚大学生物系

DOI号：10.1038/s41396-020-00864-z

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41396-020-00864-z

科研| The ISME Journal：野火扰动的土壤热解有机质所引起的生境异质性调控细菌群落组装过程

本文由张福韬编译 

   浙江大学环境与资源学院土水资源与环境研究所/浙江省农业资源与环境重点实验室，徐建明等人于2021年1月29日在The ISME Journal发表题为《Habitat heterogeneity induced by pyrogenic organic matter in wildfire-perturbed soils mediates bacterial community assembly processes》的文章，本研究选取两个独立的野火扰动后森林位点，结合16 S rRNA、生境专性群落分析及火烧土壤细菌群落重建来研究热解有机质对土壤细菌群落的影响。研究结果强调了热解有机质，通过环境选择和异质微生境中具有不同pH生态位偏好的专性微生物分散作用，强有力地控制野火扰动后土壤细菌群落组装过程。

摘要：虽然野火产生的热解有机质（PyOM）对火后生态系统恢复具有关键作用，但是野火扰动后，热解有机质控制土壤微生物群落装配的特定机制在很大程度上还不清楚。本研究中，我们研究了热解有机质对两个独立且被野火扰动的森林土壤细菌群落的影响。我们观察到，野火扰动的土壤细菌群落的α-多样性最高，且细菌群落以无火烧土壤--火烧土壤--热解有机质的顺序逐渐变化。从无火烧土壤和热解有机质中重建的微生物群落与野火扰动土壤的真实细菌群落的α-多样性和群落结构相似。热解有机质和土壤中的专性细菌聚集在系统发育一致的谱系上，这些谱系具有谱系内pH-生态位保守性和谱系间pH-生态位多样性。我们的研究结果表明，野火扰动的土壤热解有机质通过环境选择和系统发育一致的专性微生物扩散作用相结合调控野火扰动的土壤细菌群落组装，这些专性微生物在含有不同热解有机质的火烧土壤的异质微生境中具有生境偏好。

原名：Habitat heterogeneity induced by pyrogenic organic matter in wildfire-perturbed soils mediates bacterial community assembly processes

译名：野火扰动的土壤热解有机质所引起的生境异质性调控细菌群落组装过程

期刊：The ISME Journal

IF：9.18

发表时间：2021.01.29

通讯作者：徐建明

通讯作者单位：浙江大学环境与资源学院土水资源与环境研究所

DOI号：10.1038/s41396-021-00896-z

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41396-021-00896-z

科研| ISME：水平基因转移对于大型藻类上微生物生物膜功能方面的作用

本文由小白同学编译

    澳大利亚新南威尔士大学生物、地球与环境科学学院Torsten Thomas等人于2021年02月08日在The ISME Journal发表题为《Contribution of horizontal gene transfer to the functionality of microbial biofilm on a macroalgae》的文章，本研究通过分析大型海藻上生物膜群落的功能基因，并与环境海水中生物的基因进行比较，对基因水平转移在生物膜群落形成中的作用进行了探讨。结果发现，海洋大型藻类表面生物膜可以从周围海水环境中获取生长所需的相关功能基因，且微生物基因组的多样性也会受到垂直传播机制的影响。本文中有关海洋藻类上微生物功能基因的分析和讨论有助于进一步阐明由水平基因转移驱动的微生物进化和生态适应性，对于深入理解环境微生物的基因多样性也具有重要意义。

摘要：水平基因转移（HGT）被认为是微生物进化和适应生态位的重要驱动力，常见于生物膜微生物群落中。然而，在复杂的自然生物膜体系中，发生水平转移的具体基因和功能以及HGT的相关作用机制仍不清楚。针对这个问题，本研究对大型海藻上生物膜群落的功能基因进行了富集分析，并与周围海水中的微生物群落进行了比较。研究发现，生物膜中的水平基因转移多发生于同一纲或目的细菌之间，且通常涉及养分运输、糖和褐藻多酚降解及应激反应等功能，都是利于细菌在该生态环境中生存的基因。水平基因转移并非由可移动遗传元件所驱动，而可能是一种非特异性的DNA摄取。与浮游生物群落相比，参与转移的基因功能与生物膜群落中富集的基因功能之间重合的不多。这表明，细菌在生物膜中生存所需的很多功能基因可能来自于环境中的共生体或垂直传递。本研究有助于深入理解进化和生态过程在促使生物膜群落形成和其基因组多样性方面的相关作用。

原名：Contribution of horizontal gene transfer to the functionality of microbial biofilm on a macroalgae

译名：水平基因转移对于大型藻类上微生物生物膜功能方面的作用

期刊：The ISME Journal

IF：9.18

发表时间：2021.02.08

通讯作者：Torsten Thomas

通讯作者单位：澳大利亚新南威尔士大学

DOI号：10.1038/s41396-020-00815-8

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41396-020-00815-8

Gut Microbes

科研| Gut Microbes：基于独特肠道微生物单核苷酸变异标记物的新型结直肠癌预测模型的建立

本文由艾奥里亚编译 

   海南大学（Hainan University）的Ma Chenchen等人于2021年1月在Gut Microbes发表题为《Establishing a novel colorectal cancer predictive model based on unique gut microbial single nucleotide variant markers》的文章，海南大学张家超教授以及江南大学翟齐啸教授共同担任该研究通讯作者。该研究首次从三个发现队列（n=249）中鉴定结直肠癌（CRC）患者肠道微生物单核苷酸突变（SNVs），从SNVs水平上探究了结直肠癌和肠道微生物菌群之间的关系。此外，该研究通过招募一个验证队列，并对发现队列进行了二次采样，以评估CRC预测模型的准确性。最后，基于四个疾病队列，该研究确定了CRC SNV标志物的特异性。该团队通过建立一种基于肠道微生物菌群SNV特征的高精度预测模型，开发了一种可行的无创CRC诊断方法。

文章摘要：由于目前不同微生物菌株的基因含量可能不同，即使是属于同一物种的微生物菌株也可能存在5-30%不等的基因差异，这导致了目前基于宏基因组所鉴定的结直肠癌（CRC）微生物标志物可能会对诊断造成干扰。本研究中，我们在来自3个CRC队列（n=249）的25个物种中注释到7549个非冗余单核苷酸变体（SNV）。随后，利用随机森林算法，我们识别出22个有助于区分结直肠癌患者和健康受试者的微生物SNV标记物，以此构建了一个新的结直肠癌预测模型。通过检验，我们的预测模型在训练（AUC=75.35%）和验证队列（AUC=73.08%~88.02%）中都表现出很高的准确率。我们基于对4个代谢性疾病队列进行Meta分析，在更广泛的背景下进一步探究了这些SNV标记物的特异性。在这些SNVs标记物中，有3个在大肠癌患者中富集的SNVs位于Eubacterium rectale和Faecalibacterium prausnitzii基因组中，具有结直肠癌特异性（AUC=72.51%~94.07%）。

原名：Establishing a novel colorectal cancer predictive model based on unique gut microbial single nucleotide variant markers

译名：基于独特肠道微生物单核苷酸变异标记物的新型结直肠癌预测模型的建立

期刊：Gut Microbes

IF：7.74

发表时间：2021.1

通讯作者：翟齐啸；张家超

通讯作者单位：江南大学（Jiangnan University）；海南大学（Hainan University）

DOI号：10.1080/19490976.2020.1869505

原文链接：

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19490976.2020.1869505

科研| Gut Microbes：英夫利昔单抗治疗儿童克罗恩病结局相关的微生物和代谢特征

本文由如风编译

  同济大学附属上海市第十人民医院联合上海交通大学医学院附属儿童医院的刘占举、张婷等人于2021年01月11日在Gut Microbes在线发表题为 《Microbial and metabolic features associated with outcome of infliximab therapy in pediatric Crohn's disease》的文章，本研究通过收集健康儿童和新诊断克罗恩病（CD）儿童的粪便，结合基因测序和代谢组学技术对微生物组和代谢组学数据进行研究，为儿童CD患者的治疗及预后研究提供了新的思路。

摘要：肠道微生物失调和代谢组学改变与克罗恩病（CD）的发病机理有关。我们研究的目的是描述在英夫利昔单抗（IFX）治疗后具有不同临床结局的儿童CD患者的肠道微生物组结构和代谢活性。从20名健康儿童和29名新诊断的儿童CD患者中收集粪便样本。采用16S rRNA/ ITS2基因测序和靶向代谢组学技术分析肠道细菌微生物组、真菌微生物组和代谢组学数据。儿童CD患者的短链脂肪酸（SCFAs）产生细菌的相对丰度较低，包括粪链球菌（Faecalibacterium）、集群梭状芽孢杆菌（Clostridium clusters）IV和XIVb、罗斯氏菌（Roseburia）和瘤胃球菌（Ruminococcus）与粪内短链脂肪酸（SCFAs）水平降低相关。非共轭胆汁酸（BAs）池的减少和非共轭胆汁酸/共轭胆汁酸比值的降低与含有胆盐水解酶（BSH）基因的双歧杆菌（Bifidobacterium）、集群梭状芽孢杆菌（Clostridium clusters）IV和XIVb的相对丰度降低有关。IFX处理富集了CD受试者中BSH产生菌，这可能解释了共轭胆汁酸水平降低、非共轭胆汁酸水平升高以及非共轭/共轭胆汁酸比例升高的原因。此外，IFX治疗的持续应答（SR）与较高的甲基杆菌（Methylobacterium）、鞘氨醇单胞菌（Sphingomonas）、葡萄球菌（Staphylococcus）和链球菌（Streptococcus）丰度以及较高的粪便氨基酸浓度（包括L-天冬氨酸、亚油酸和L-乳酸）相关。我们的研究表明，IFX的作用可能是通过富集产生SCFA和BSH的细菌类群来部分介导的，从而抑制炎症并恢复BA代谢。一些粪便菌群和代谢产物可能预示了儿童CD患者IFX治疗后的效果。

关键词：儿童；克罗恩病；肠道微生物组；英夫利昔单抗；代谢组

原名：Microbial and metabolic features associated with outcome of infliximab therapy in pediatric Crohn's disease

译名：英夫利昔单抗治疗儿童克罗恩病结局相关的微生物和代谢特征

期刊：Gut Microbes

IF：7.74

发表时间：2021.01.11

通讯作者：刘占举，张婷

通讯作者单位：同济大学附属上海市第十人民医院，上海交通大学医学院附属儿童医院

DOI号：10.1080/19490976.2020.1865708

原文链接：

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19490976.2020.1865708

免费领取方法

关注《微生态》公众号，扫码联系微生态老师18（微信号M18018711790），备注《Top期刊专栏-微生物最新研究进展文献包（20210310）》，即可获得文献包。

你可能还喜欢

1. 2020年微生态最值得看的环境类微文回顾
   

2. 2020年度回顾 | 微生态人体微生物类微文大合辑
   

3. 2020年度回顾 | 技术贴合辑

微生太公司视频号上线啦，快来关注一波吧！

了解更多菌群知识，请关注“微生态”。

阅读原文

微信扫一扫
关注该公众号