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科研资讯 | 瑞金医院孙晶团队 | 有效预测结直肠癌患者预后和临床特征的铁死亡相关基因预后模型

已有 3961 次阅读 2021-8-18 17:40 |个人分类:科研资讯|系统分类:论文交流

来源:瑞金医院图书馆

科研资讯 - Frontiers in Oncology

2021年6月,孙晶副主任医师在 Frontiers in Oncology 期刊在线发表题名为 An Original Ferroptosis-Related Gene Signature Effectively Predicts the Prognosis and Clinical Status for Colorectal Cancer Patients.「一种有效预测结直肠癌患者预后和临床特征的铁死亡相关基因预后模型」的研究论文。

普外科孙晶副主任医师、张森医师为论文的通讯作者,邵岩飞硕士研究生、贾宏涛硕士研究生、黄灵博士研究生为论文的共同第一作者。

Front. Oncol. | https://doi.org/10.3389/fonc.2021.711776

结直肠癌「CRC」是世界上最常见的恶性肿瘤之一,缺乏可靠和准确的生物标志物仍然是 CRC 的诊断、预后和治疗选择的挑战。因此挖掘更好的方法和关键分子标志物以准确预测 CRC 患者预后及监测个体的治疗反应性具有重大意义。

铁死亡与肿瘤的发生发展密切相关,靶向铁死亡可能可以作为未来抗癌疗法的替代治疗方法,然而其与 CRC 预后的关系尚不明确。

本研究中,课题组首先利用各大公共数据库在结直肠癌患者筛选出与铁死亡相关的预后差异基因,并基于此构建出一个新型的 10 基因结直肠癌预后模型。不同于一般的基因预后模型,该模型除能够有效预测 CRC 患者的 OS 长短,在肿瘤突变、肿瘤耐药、肿瘤免疫细胞浸润、肿瘤生物学机制等方面也有一定的预测价值。

本研究首次在 CRC 患者中建立了基于 10 个铁死亡相关基因的预后模型并通过多数据库及课题团队相关样本明确其预测效能及与临床相关特征的关系,该模型有望为临床医生评估 CRC 患者预后及制定相关治疗方案提供一定的帮助和价值。


【中文摘要】

背景:结直肠癌「CRC」是全球最常见的恶性肿瘤之一。铁死亡是一种新定义的细胞死亡形式,具有不同的形态、生物学和遗传学特征,并参与 CRC 的进展和治疗。本研究旨在建立预测模型,阐明铁死亡与 CRC 患者预后的关系,探索铁死亡在 CRC 治疗中的潜在价值;

方法:铁死亡相关基因来自 GeneCards 和 FerDb 网站。R 包用于从美国癌症基因组图谱「TCGA」数据集中筛选CRC差异铁死亡相关差异基因「DEG」。LASSO 和多变量 Cox 回归用于建立 10 基因预后模型, 使用 ROC 曲线来评估特征的预测效果。此外,还分析了独立预后因素、下游功能富集、药物敏感性、体细胞突变状态和免疫相关特征。同时所有的结论都通过使用国际癌症基因组联盟「ICGC」 和基因表达数据库「GEO」 中的多个数据集进行了验证。

结果:通过 Lasso Cox 分析方法建立了铁死亡相关基因「TFAP2C、SLC39A8、NOS2、HAMP、GDF15、FDFT1、CDKN2A、ALOX12、AKR1C1、ATP6V1G2」预后模型通过 ROC 和 Kaplan-Meier(K-M) 分析来预测该模型对 CRC 患者预后的预测能力。高危组和低危组的 CRC 患者中存在明显的免疫细胞浸润差异,包括巨噬细胞和 CD8+ T细胞等。此外,药物敏感性和体细胞突变状态「如 TP53」也与风险评分密切相关。

结论:在本研究中,我们建立了一种新的铁死亡相关的 10 基因预后模型,它可以有效预测 CRC 患者的预后和 OS,并为靶向治疗或免疫治疗提供参考价值。靶向铁死亡可能是 CRC 患者的一个很好的治疗选择。

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