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Jumper离职DeepMind，AlphaFold时间线告一段落
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2026.6.20 凌晨刚过，2024年诺贝尔化学奖得主 John Jumper 在自己的X账号上宣布，结束在 DeepMind 近9年的工作，并将在休息一段时间后加入 Anthropic。
终于，AlphaFold 的时间线告一段落。
Jumper 和 Hassabis 在发表 Alphafold2 论文仅仅3年3个月后，就因此荣获诺贝尔化学奖，堪称现代科学史佳话，二人的团队合作业已成为科学史典范。
现在，我们详细地展现 AlphaFold 时间线，如下：
2017.1月初，Jumper 博士论文答辩
2017.9月底，Jumper 离校加入 DeepMind
2017年底，Jumper 被 Hassabis 任命领导 AlphaFold 团队
2018.11，AlphaFold 问世，采用“许锦波 & 王晟路线”，赢得CASP13冠军
2020.1，AlphaFold 的 Nature 论文上线，Andrew W Senior 为共一第一兼唯一通讯作者（Jumper 是共一第三作者，Hassabis 是最后作者）
2020.11，AlphaFold2 问世，采用全新的 Jumper & Hassabis 路线，赢得CASP14冠军
2021.7.15，AlphaFold2 论文上线、推理代码开源
2021.7.22，AlphaFold Database 公开人蛋白组预测结构，~2万
2021.10，AlphaFold-multimer 论文上线、推理代码开源
2021.10，AlphaFold Database 公开21种模式生物蛋白组预测结构，~35万
2021.11，DeepMind 拆分成立 Isomorphic Labs（Jumper 未参与）
2022.1，AlphaFold2 被 Nature 选为年度方法
2022.7，AlphaFold Database 公开全部已知蛋白组预测结构，~2.14亿
2023.4，Jumper & Hassabis 共享 Breakthrough Prizes in Life Sciences
2023.9，Jumper & Hassabis 共享 Lasker Award for Basic Medical Research
2023.9，AlphaMissense 公开人、灵长蛋白组错义突变预测集
2023.10，AlphaFold-latest 技术报告上线，加入配体预测
2024.1，Isomorphic Labs 与礼来、诺华达成药物研发合作协议，首付款分别为4500万美元、3750万美元
2024.5，AlphaFold3 论文上线，在线预测服务平台上线
2024.9，AlphaProteo 技术报告上线，DeepMind 涉足结合蛋白设计（Jumper 未参与）
2024.10，Jumper & Hassabis & Baker 共享诺贝尔化学奖（分别占1/4, 1/4, 1/2）
2024.11，AlphaFold3 推理模型开源，推理权重学术用户可申请获得
2026.2，Isomorphic Labs 上线新一代结构预测工具 IsoDDE，商用闭源
2026.3，AlphaFold Database 增加180万同源二聚体结构
2026.6，Jumper离职DeepMind
Jumper 在A家会做什么？
会做药吗？我不知道。
他从未加入 Isomorphic Labs，我会觉得做药对他而言可能太boring了。
关于AlphaFold1、2、3，我写过很多内容（参见”@小王随笔“的 AlphaFold 专栏）。特别地，AlphaFold2 不是因为对制药有用而获诺贝尔奖委员会青睐，而是因为 AlphaFold2 解决了一个巨大科学问题 —— “protein folding problem” —— 无论以当前的眼光看，AlphaFold2或3距离预测任意条件下的蛋白质折叠有多远，在一个限定范围内，AlphaFold2 解决了“蛋白质折叠问题”，并且 AlphaFold2 具有巨大的科学可及性，或者说科学民主，数百万人可用。
2021年初，Jumper 接受 Nature 采访说想做核孔复合体，2024年则披露在用PLM做更多东西。
无论如何，期待 John 的新工作！
本文完
2026.6.21于宝安机场候机中
John Jumper 与我有两位共同的博士导师，Karl Freed（1942 - 2026）和 Tobin Sosnick（1961 -）。关于 Karl，请参见《悼念我的导师Karl Freed》。
https://blog.sciencenet.cn/blog-3458695-1540317.html
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