NOVOPlasty 是一个perl脚本，没有依赖任何其他软件，下载好以后直接可以使用。
下载链接：https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty

其基本使用方法是

perl NOVOPlasty3.7.2.pl -c config.txt

config.txt文件是需要我们自己准备的，软件包里提供了这个文件，我们需要对应着改里面的内容，文件的内容如下：

Project name: 给自己的项目起一个名字，自己可以随便起
Type: 如果是组装叶绿体需要将这一项改为 chloro
Genome Range:叶绿体基因组序列长度通常为150kb左右，这一项可以改为130,000-170,000
K-mer：一般直接用默认的39即可
Max memory：Extended log：这两项不用管
Save assembled reads：这一项如果改为yes的话会将用于组装的数据以fasta的格式保留下来。
Seed Input：种子序列的路径，软件包里提供了一个Seed_RUBP_cp.fasta文件，直接使用这个文件就可以
Reference sequence：参考序列的路径，这个参考序列是可选的，如果没有参考序列，等号后面的内容需要删除
Variance detection：这个不用管，直接空着就可以
Chloroplast sequence：组装叶绿体的时候需要把等号后面的内容删掉
Read Length Insert size Platform：这些可以在测序报告中找到，需要改为自己的
Single/Paired:好像只支持双端测序数据
Combined reads：这个可以不用管
Forward reads：第一个fastq文件的路径
Reverse reads：第二个fastq文件的路径

剩下的都可以不用管了
这个config.txt文件准备好就可以直接运行

软件运行很快，不一会就可以拿到自己的结果了！

转自https://www.jianshu.com/p/88e660e46b28