DnaSP(基因多态性分析软件)是一款专业的DNA比对分析软件，多用于分析核苷酸多态性。属于生物、医学领域。DnaSP可通过合并估计，分析置信区间,输入比对后的DNA序列文件，进行基因多态性分析,其结果通过表格和图形的形式显示。下面我们就来介绍一下DnaSP分析序列的使用方法。

操作步骤

打开DnaSP

打开一个序列

显示出了这段序列的一些特征

点击显示数据

数据显示出来了

点击data，再点击format

调整参数，选择是DNA还是RNA,还有在染色体的位置，以及倍型。

选择使用的密码子

选择一种密码子表

可以设定编码的区域

设定群体数据

可以选择进行计算的序列

可以选择具体要计算的序列

点击分析多样性

设置参数，OK

可以看到核苷酸多样性（Pi）与单倍型多样性（Hd）

单倍型数量

核苷酸多样性（每个位点）（p Nucleotide diversity per site）

平均核苷酸差异数（k Average number of nucleotide differences）

点击分析多态位点

得到多态位点的信息

不变的位点（单型位点）Invariable (monomorphic) sites:

变化的位点（多态性位点S Number of polymorphic sites）总突变位点

变化位点与简约信息位点数（Npi Number of parsimony-informative characters）

点击分析，taijima’s test,进行中性检验。

正值时说明序列进化方式为平衡选择，且有一些单倍型分化；负值时为负向选择或群体扩张。如果差异显著，认为目标序列的进化不遵循中性模型，如果差异不显著，则认为目标序列在进化上遵循中性模型。为0时为中性选择。如果不显著，则不能排除中性选择。

选择Synonymous and NonSynomymous Substitutions，点击这项进行Ka，Ks（即dN，dS）分析。

得到ka与ks

还有一个文本的总结表

分析插入删除多态性

选择模型

得到结果，看有没有插入删除事件

分析群体的分歧

得到结果

分析保守区域

得到保守区域的结果

分析密码选择偏好

分析基因保守性

分析基因流与遗传分化

修改参数

得到结果

分析功能区域的多态性与分歧

分析连锁不平衡

得到连锁不平衡结果

总体计算

分析群体分歧

选择要分析的群体

得到结果

可以将各种分析具体结果保存

p Nucleotide diversity per site 核苷酸平均位点多样性指数La Aligned length 长度Nsc Number of sites consideredS Number of polymorphic sites 多态位点k Average number of nucleotide differences 平均核苷酸差异数Npi Number of parsimony-informative characters 简约信息位点数

转自https://zhuanlan.zhihu.com/p/384611800