今天，为大家带来一个在线网站datamonkey，可以同时检测支系、基因、位点的选择压力。

datamonkey网址：http://www.datamonkey.org/

网站长这样：

image

该网站接受三种输入模式，分别为NEXUS、PHYLIP、FASTA。

另外要注意的是：输入文件不接受包含终止密码子的序列文件、不接受不被3整除的序列文件。

因此分析之前需要先处理好文件，满足网站的要求，不然后续分析，很糟心。

下面一一解释怎么进行各项检测。

1 支系的选择压力检测

支系的选择压力包括两方面，一个是支系的正向选择压力检测，一个是支系的选择压力变化趋势。分别对应着网站的“episodic”和“relaxed”。

image

支系的正向选择压力检测“episodic”用到的方法是aBSREL (adaptive Branch-Site Random Effects Likelihood)，采用的是“支系-位点”模型，用大白话说就是用这个方法检测某个支系是否受到正向选择。

支系的选择压力变化趋势检测“relaxed”，可以检测某个支系的选择压力变化，是得到放松或者增强。

与“episodic”的区别在于，“relaxed”是用来检测支系的选择压力变化趋势，而“episodic”是用来检测支系是否受到正向选择。

如果想检测支系是否受到正向选择，就得采用该网站的“episodic”选项。

2 基因的选择压力检测

基因的选择压力检测用到的方法是BUSTED (Branch-site Unrestricted Statistical Test for Episodic Diversification)

image

这个方法可以检测选定的支系在基因水平上是否经历了正向选择。

3 位点的选择压力检测

位点的选择压力检测有几个方法，分别是MEME (Mixed EffectsModel of Evolution)、FEL (Fixed EffectsLikelihood) uses a maximum-likelihood (ML) 、FUBAR (Fast, UnconstrainedBayesian AppRoximation)、SLAC (Single-Likelihood Ancestor Counting) 。

image

每种方法有其各自的优点和局限性。因此进行位点的选择压力检测的时候，需要结合多种方法进行考量。

这几个方法中，MEME方法检测出正向选择的位点数量是最多的，SLAC检测出的数量是最少的。

4 各个方法的详细介绍

各个方法的详细介绍参见链接：http://www.datamonkey.org/analyses

作者：橙子牛奶糖
链接：https://www.jianshu.com/p/2fe70224cb27
来源：简书
著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。