秦琼应该未参与玄武门之变：

（1）唐高祖李渊非常看重秦琼，封秦琼为翼国公足见其对秦琼的重视。秦琼忠义、重气节，因此即便在政治上可能会更倾向于李世民，但也不会背叛李渊而参与李世民与李建成之间的兄弟阋墙。

（2）秦琼自622年刘黑闼被灭后，就少有露面。可能早在“玄武门之变”之前秦琼就以伤病为由（秦琼于625年生子，表明此时秦琼不至于病到卧床不起，其中可能有罗士信之死导致的秦琼对李世民的不满和失望），淡出朝廷、隐退归家。

（3）李世民登基后大封功臣，名义上绝不是封赏“玄武门之变”的功臣，因此秦琼拜左武卫大将军并不意味着秦琼参与了“玄武门之变”，秦琼归唐后的功勋（秦琼虽无开唐之功，但确有定唐之功）足以担得起这个封赏。反而是“食实封七百户”，相对于李渊时的“食邑三千户”而言从“实”的虽然有可能没有下降，并从“名”的角度上实有贬低，这可能表达了李世民对秦琼在“玄武门之变”中的态度的不满。

（4）秦琼在当时在外系（非李唐本系）大臣和将领具有很高的威望，如果秦琼直接参与“玄武门之变”，史书相关记录上绝不会如此草草了之。

（5）《旧唐书·太宗本纪上》：“六月四日，太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。”所言实为荒谬，李世民难道不怕“房玄龄、杜如晦、宇文士及”等一帮文人误事，而且与《旧唐书·长孙无忌传》：“六月四日，无忌与尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九人，入玄武门讨建成、元吉，平之。”所记也相左。关于《旧唐书》中关于“玄武门之变”的记载实不可信，《新唐书》虽有所校正也要审慎对待。

（6）李世民对秦琼应该并不亲近（秦琼一直表现为李渊之臣、且年长21岁），很可能也有“玄武门之变”的原因。李世民对秦琼有敬重、也有恨，所以有特赐秦琼墓前立石人马的恩崇，但也有其胡国公爵位不能世袭的暗惩；虽然入秦琼于凌烟阁，但又特列在最后一位。