Primer and platform effects on 16S rRNA tag sequencing

   （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26300854）

   第一、微生物研究中主要的技术应用历程

   第二、对于phix的比例在16s中一直未见到较为公认的数值，此文中描述Varying PhiX spike-in concentrations from 15 to 80% had little effect on read 2 quality.

   第三、在建库策略上，本文作了一些小的完善，As an alternative method of increasing library diversity, we modified the V4 reverse primers by removing the linker and replacing it by 0, 1, 2, or 3 random nucleotides.如此是增加文库的多样性，减少phix的用量。

第四、不同区域的错误率情况

       miseq平台的insertions、deletions远低于454，substitutions较为接近

       不同区域的错误率情况相差较大。

  结论：Primer choice has a much greater impact on biological results than sequencing platform

   未来需要进一步明确的地方：

   1）文章只考察了v4、v6-v8、v7-v8区域，主要原因是因为Hiseq平台读长的问题。基于miseq的读长可以考虑多增加一些区域进行分析，v3-v4，v4-v5，v2-v6等不同，还有就是pacbio的全长。

   2）phix的量具体加多少？跟staggered的建库方式进行何种配合会使效果最好？