随着16s rRNA的研究越来越受到科研工作者的关注，Mothur和QIIME作为这个领域内应用较为广泛的工具，引用率也越来越高。之前在服务器上（Linux）系统安装好了mothur，具体安装过程可参考 http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-882982.html

   此文主要用于介绍自己在服务器安装QIIME所遇到的各种问题（说起来全是泪，安装过程中各种bug，各种google，好多解决方案不知道如何判断。以上记录的是自己服务器上安装的整个过程，测试成功完成）；

   按照QIIME安装说明文档：http://qiime.org/install/install.html

   1）要求2.7或3的python版本，于是用以下命令查看了一下

   发现版本为2.7.10，于是进行下一步。

    2）由于QIIME有比较多的包，安装建议用pip：

   （1）在python中import pip试了一下发现没有，于是安装pip开始，在https://pypi.python.org/pypi/pip下载好pip-7.1.2.tar.gz，解压后python setup.py install进行安装，出现报错信息：

   File "/tmp/tmpru8qrk/pip.zip/pip/__init__.py", line 10, in <module>

   File "/tmp/tmpru8qrk/pip.zip/pip/util.py", line 18, in <module>

   File "/tmp/tmpru8qrk/pip.zip/pip/_vendor/distlib/version.py", line 14, in <module>

   File "/tmp/tmpru8qrk/pip.zip/pip/_vendor/distlib/compat.py", line 66, in <module>

   ImportError: cannot import name HTTPSHandler

   google找到解决方案http://jingyan.baidu.com/article/e52e3615aba39640c60c51c3.html yum install openssl -y和yum install openssl-devel -y ，然后重新安装pip。如此pip的安装就成功了。

   （2）运行pip install numpy

   发现python中有安装好的numpy。于是运行pip install qiime，这时提示numpy有错。然后import numpy，发现报错（没有记录好报错信息），Google了一下没找到解决方案，于是重装。重装过程以为删掉python和包的目录就可以，最后发现是需要/usr/local/lib/python2.7/site-packages此目录中删除numpy的目录。

   安装好pip好，用pip install numpy，这下搞定。

   （3）运行pip install qiime

   这个运行了一段时间，最后出现报错信息

   Hash of the package https://pypi.python.org/packages/source/q/qiime/qiime-1.9.1.tar.gz#md5=    32d4db2b2c888dbbfc6aa33f02725526 (from https://pypi.python.org/simple/qiime/) (c1147f0d3be7128bdf35c3f2e54d1e40) doesn't match the expected hash 32d4db2b2c888dbbfc6aa33f02725526!

   Bad md5 hash for package https://pypi.python.org/packages/source/q/qiime/qiime-1.9.1.tar.gz#    md5=32d4db2b2c888dbbfc6aa33f02725526 (from https://pypi.python.org/simple/qiime/)

   goolge查找各种解决方案，提示这个下载的文件不完整导致。于是重新运行pip install qiime，发现没有其他的信息输出，直接报上述的错，并提示Using cached qiime-1.9.1.tar.gz，这是用了上一次操作过后的缓存文件。于是修改pip install qiime，为pip --no-cache-dir install qiime，重新正常下载和安装，这个过程需要保持网速稳定。

（4）pip --no-cache-dir install qiime可以运行

   不过在安装scipy这个包时，出现了以下报错信息：

   lapack_opt_info:

   openblas_lapack_info:

       libraries openblas not found in ['/usr/local/lib64', '/usr/local/lib', '/usr/lib64', '/usr/lib']

   NOT AVAILABLE

   lapack_mkl_info:

       mkl_info:

   libraries mkl,vml,guide not found in ['/usr/local/lib64', '/usr/local/lib', '/usr/lib64', '/usr/lib']

       NOT AVAILABLE

   Google找解决方案，是lapack和atlas的包没有在系统环境安装导致。于是下载lapack（ http://www.netlib.org/lapack/）和atlas的包（http://sourceforge.net/projects/math-atlas/）。安装策略参考

   在这步操作中，最早下载atlas3.10.2.tar.bz2安装时，出现以下报错信息：

ERROR: enum fam=3, chip=2, model=62, mach=0
make[3]: [atlas_run] Error 44
make[2]: [IRunArchInfo_x86] Error 2

   最终google没有找到解决方案，看到资料有人提示不同版本要求会不一致，为此下载atlas3.11.38.tar.bz2进行安装，安装过程中报错信息为：unrecognized command line option "-mavx2"，针对此问题google找到解决方案http://ask.xmodulo.com/upgrade-gcc-centos.html提示进行安装，最终搞定atlas。

   （5）重新pip --no-cache-dir install qiime，顺利安装

   （6）用print_qiime_config.py -t测试时，发现出现报错信息“ImportError: /usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/spatial/qhull.so: undefined symbol: _gfortran_transfer_integer_write“，google后发现有人提出

   接着这个提示，开始卸载ATLAS，安装OpenBLAS，在安装OpenBLAS的过程中，出现报错提示gcc的版本不够，于是利用（4）步中升级好的gcc进行操作。

   （7）重新运行pip --no-cache-dir install qiime，顺利安装成功后测试print_qiime_config.py -t，显示信息：

   在这步中，在pip --no-cache-dir install qiime中刚开始还遇到“Command "/usr/local/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-buildNJHPFa/scipy/setup.py';exec(compile(getattr (tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('rn', 'n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-cK8VSa-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-NJHPFa/scipy”报错信息 ，调整把gcc环境调到（4）步所设计好的，重新pip --no-cache-dir install qiime，成功安装。然后测试成功。

   这个软件的安装过程是做生物信息这几年来，遇到问题最多的一个工具包。问题不断，然后google不断，不过现在信息太多，找个每个问题的解决方案各家有不同之说，于是不断尝试，直至找到成功的。