在目前的文章中，基因组共线性分析dotplot图几乎全部是用MUMmer或者LAST做的。相比对LAST，MUMmer生成的图似乎更加美观，特别是当fasta id比较长时，last-plot会省略一些id，而mummerplot会全部写出来。但是老实，说我一直用的LAST做共线性，因为MUMmer真心不好安装，坑太多了。不过今天花了大半天时间终于安装成功，记录下来分享。

1. MUMmer4的安装

1.1 安装MUMmer4主程序前，需要先安装gnuplot：

从gnuplot的官网http://www.gnuplot.info/ 链接到其sourceforge下载页。

注意：最新版的gnuplot v5.2.6在后续运行时与MUMmer4可能不太兼容，会报如下错误：

"sample.gp" line 45: warning: this copy of gnuplot has no mouse support

set mouse format "%.0f"          ^

"sample.gp" line 45: unexpected or unrecognized token

WARNING: Unable to run '/path/to/gnuplot-5.2.6/bin/gnuplot sample.gp', Inappropriate ioctl for device

这里下载的稳定的老版本gnuplot v4.6.2，读者也可以尝试其它更高一些的老版本，欢迎将测试结果分享到讨论区。

mkdir gnuplot && cd gnuplot

wget https://sourceforge.net/projects/gnuplot/files/gnuplot/4.6.2/gnuplot-4.6.2.tar.gz

tar -zxvf gnuplot-4.6.2.tar.gz

./configure --prefix=$PWD

make

make install

注意：如果有报错，可以尝试升级gcc版本

完成后，需要将生成的bin目录加到环境变量中

export PATH=/path/to/gnuplot/gnuplot-4.6.2/bin:$PATH

1.2 再来安装mummer4:

mkdir MUMmer4.00b2 && cd MUMmer4.00b2

# MUMmer4.00b2是其安装目录

从MUMmer GitHub下载最新版mummer-4.0.0beta2,并安装：

wget https://github.com/mummer4/mummer/releases/download/v4.0.0beta2/mummer-4.0.0beta2.tar.gz

tar -zxvf mummer-4.0.0beta2.tar.gz

cd mummer-4.0.0beta2

如果gcc版本过底，运行如下代码，可能会出现下面的报错

./configure --prefix=$PWD

checking if std::thread::sleep_for is supported... no

configure: error: in `/path/to/MUMmer4.00b2/mummer-4.0.0beta2':

configure: error: Compiler does not support std::this_thread::sleep_for

查看我的gcc版本，是4.8.5版的

需要重新安装一个新版的gcc，gcc的安装可参见我的另一篇博文(http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1126523.html )。

我这边已经安装了一个7.2.0版本的，需先将路径加到环境变量中：

export PATH=/path/to/gcc-v7.2.0/bin:$PATH

再次运行

./configure --prefix=$PWD

make

make install

mummer套件中其它程序还好，如果最难搞的mummerplot安装完成，就明表明安装OK。可以通过以下结果来验证是否安装完整。

2. MUMmer的运行

建议将MUMmer的路径写到运行时的shell脚本中，当然也可以一次性写到$HOME/.bashrc中

export PATH=/path/to/MUMmer4.00b2/mummer-4.0.0beta2/bin:$PATH

# step1: run nucmer for alignment

nucmer --threads 32 --mum -D 5 -p <outpfix> <subject> <query>

# outpfix是输出文件前缀

# subject和query是想要比较的两个序列文件，fasta格式

# step2: filter alignment result

delta-filter -i 85 -l 8000 -o 85 <outpfix>.delta -1 > <outpfix>.best_delta

# 其中-i指定最小的alignment相似性阈值

# -l，注意，这里是字母小写的L，指定最小的alignment长度

# -o 和-r,-q相关，可以理解为alignment coverage

# -1注意，这里是数字1，指定是否进行一对一的比对，一个位置(subject或query上)只找一个最佳的比对。特别是对大的基因组一定要加这个选项，否则会异常慢

具体的参数可以通过delta-filter -h参看到

# step3: generate figure using mummerplot

mummerplot -p <outpfix> <outpfix>.best_delta -t postscript

# 采用上一步过滤后的结果<outpfix>.best_delta画图，这里生成的是ps格式的图，虽然-t可以指定png图，但是结果显示生成的png图分辨率太低。

# step4: convert ps format to png

/usr/bin/ps2pdf <outpfix>.ps <outpfix>.pdf

convert -density 300 <outpfix>.pdf <outpfix>.png

# ps2pdf可以将ps格式的文件转pdf

# convert是imagemagick包中的一个子程序，可以将pdf转为png图片，而且高清晰