trimmomatic使用方法 2024-06-25

1. 简介及安装 NGS raw reads 的两端通常会存在一些质量值较低的碱基，有时甚至整条 read 大半部分测序质量都很低。 fastq 格式如下，其质量值可参 ...

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R boxplot显著性绘图包ggpubr的使用注意点(一) 2024-04-15

测试数据如下： demo.xls 格式如下：   1. 不使用 stat_compare_means myargs <- commandArgs(TRUE)   if (!length( ...

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Hi-C Insulation score计算原理解析 2023-02-11

基于 insulation score 识别 TAD 边界的算法来自文献 ： 1) 先将染色体分为 10kb 的 bin ，再计算每个 bin 里的平均互作数，因为每个 bin ...

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rpy2的安装 2023-01-24

1. 直接采用 python 和 R 安装 我这里 python 采用 python_v3.7.8 ， R 采用 4.1.0 版的，注意：搜索了一下，发现 R 3.xx 版的没有 libR. ...

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HiC-Pro3.1.0安装问题及解决办法 2023-01-12

1. 出现的问题 HiC-Pro 目前最新版是 3.1.0 ， github 官网上说这个版本仅支持 python3(>3.7) ，直接安装 HiC-Pro 在安装时不会报错，但 ...

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Compartment Saddle Plot分析细节 2022-12-08

cooltools saddle 命令： Usage: cooltools saddle COOL_PATH TRACK_PATH EXPECTED_PATH 具体运行如下： cooltools saddle --contact-type cis -- ...

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pybedtools filter bug 避坑 2022-12-05

bedtools 是使用率很高的生信工具，将其整合到 python 中 (pybedtools) ，可以方便的调用，这本来是一件很好的事，但是遗憾的是 pybedtools 还是很不成熟，存 ...

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人类基因组hg19及其注释 2022-02-25

从人类基因计划提出二十年来，人类基因组序列越来越完善，特别是近几年，随着三代测序技术的发展，人类基因组版本不断更新，例如 biorxiv 上最新发布的一篇 ...

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