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人类基因组hg19及其注释
卢锐 2022-2-25 09:04
从人类基因计划提出二十年来,人类基因组序列越来越完善,特别是近几年,随着三代测序技术的发展,人类基因组版本不断更新,例如 biorxiv 上最新发布的一篇文章 The complete sequence of a human genome ,是 Telomere-to-Telomere (T2T) 联盟将人类基因组中 22 条常染色体和 X 染色体做到了零 gap (ga ...
个人分类: Genome|1332 次阅读|没有评论
BUSCO 运行步骤
卢锐 2021-9-5 11:56
Genome assembly assessment first identifies candidate regions to be assessed with tBLASTn searches using BUSCO consensus sequences. Gene structures are then predicted using Augustus with BUSCO block profiles. These predicted genes, or all genes from an annotated gene set or transcriptome, are then ...
个人分类: Genome|1937 次阅读|没有评论
Cytoscape3.8的安装
卢锐 2021-7-21 10:20
目前最新版为 Cytoscape_3_8_2 ,安装如下: 按照要求 Cytoscape_3_8_2_windows_64bit.exe 必须安装 java8 。先从 java 官网下载到最新的 jre-8u291-windows-x64.exe 。安装完 java 后,再直接运行 Cytoscape 安装时会报错如下: 虽然用 Locate 将其定位到 java 安装目录 但是依然 ...
个人分类: BioIT|2558 次阅读|没有评论
通过vcf格式的SNP位点信息找到其对应的rs号
卢锐 2021-1-6 18:42
例如通过 GATK 检测到某个样本 chr23:31649149 这个位点 SNP 信息如下。注:其中 chr23 即 chrX ,这里是为了分析流程方便用 chr23 代替 chrX 打开 NCBI 的 dbSNP 检索页面 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ ,注意一定要在这个页面下搜索,不能在 NCBI 主页面搜索! ...
个人分类: BioIT|3059 次阅读|没有评论
使用Biopython解析Blast结果(二)
卢锐 2020-3-19 16:55
之前整理了一份采用 biopython 来解析 blast format 5 结果文件的博文: 使用 Biopython 解析 Blast 结果 ,但是有朋友联系我说写得不够直观,今天再次用到 biopython 来解析 blast format 5 这种 xml 格式的文件。重新整理了一下,如下图: 用代码展示 blast 结果 format 6 ...
个人分类: BioIT|2822 次阅读|没有评论
FitHiC V1算法解析(二)
卢锐 2020-3-14 14:55
FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作 本文接着上一篇博文《 FitHiC V1 算法解析 ( 一 ) 》继续探讨 FitHiC V1 的算法过程。该博文中介绍了 FitHiC 的整体思路,但是这种基于假设检验来检测显著互作的方法,早在 2010 年就已经提出来了 ,该文章与 FitHiC 引文的通迅作者都是大神 William St ...
个人分类: Hi-C|2160 次阅读|没有评论
FitHiC V1算法解析(一)
卢锐 2020-3-14 14:06
FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作 处理 Hi-C 数据,最自然的分辨率划分方法是基于限制性内切酶切出来的酶切片段,即一个酶切片段为一个最小单位。但是,因为测序深度和基因组上感兴起的 size 不同,例如有的研究关注 TAD 结构,有的研究关注 Loops 结构,所以目前要么按固定大小对基因组划分 bin ...
个人分类: Hi-C|3024 次阅读|没有评论
遗传算法(genetic algorithm)简介
卢锐 2020-2-19 01:05
遗传算法 (GA, Genetic Algorithm) 是 进化算法 (EA, Evolutionary Algorithm) 的一种。进化算法还包括进化编程 (Evolutionary programming) 、 进化策略 (Evolution Strategy) 、以及遗传编程 (Genetic programming) 等 。一般认为遗传算法是由 John H. Holland 于 1975 正式提出的 ,之 ...
个人分类: Algorithm|10978 次阅读|没有评论
Django配置MySQL数据库
卢锐 2020-2-12 02:11
1. 安装 Python 和 Django 包 建议采用 Anaconda 安装 Python ,因为 Anaconda 相当于为 Python 环境构建的一艘航母,它自带了很多包,为后续其它框架的学习提供了独立环境。 打开 Anaconda Prompt 来安装 django ,在输入界面中输入 pip install django 注意:正常情况 ...
个人分类: BioIT|1691 次阅读|没有评论

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