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BioIT| Metagenomics| RNA-seq| Reseq| pacbio| Nanopore| Hi-C| Genome| Algorithm|

trimmomatic使用方法: 卢锐 2024-6-25 16:42; 1. 简介及安装 NGS raw reads 的两端通常会存在一些质量值较低的碱基，有时甚至整条 read 大半部分测序质量都很低。 fastq 格式如下，其质量值可参考 https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format https://www.drive5.com/usearch/manual/fastq_files.html 因此，通常会去掉这些 reads ...; 个人分类: BioIT|1242 次阅读|没有评论

R boxplot显著性绘图包ggpubr的使用注意点(一): 卢锐 2024-4-15 16:57; 测试数据如下： demo.xls 格式如下： 1. 不使用 stat_compare_means myargs - commandArgs(TRUE) if (!length(myargs)){ print( Rscript cptmt_switch.r demo_table) q() } library(ggplot2) library(ggp ...; 个人分类: BioIT|1248 次阅读|没有评论

Hi-C Insulation score计算原理解析: 卢锐 2023-2-11 19:53; 基于 insulation score 识别 TAD 边界的算法来自文献： 1) 先将染色体分为 10kb 的 bin ，再计算每个 bin 里的平均互作数，因为每个 bin 的长度都相等，这里说的平均互作数强调的是 ICE 校正之后每个 bin 的互作数。那么后面的分析最小单位就是这里 10kb 的 bin ，即分辨率为 10kb ， ...; 个人分类: Hi-C|3436 次阅读|没有评论

rpy2的安装: 卢锐 2023-1-24 20:40; 1. 直接采用 python 和 R 安装我这里 python 采用 python_v3.7.8 ， R 采用 4.1.0 版的，注意：搜索了一下，发现 R 3.xx 版的没有 libR.so 文件，所以不要用 R 3.xx 版。先安装 rpy2 版本为 3.4.5 ，如下： pip3 install rpy2==3.4.5 这时候导入 rpy2 的库会报错，例 ...; 个人分类: BioIT|2358 次阅读|没有评论

HiC-Pro3.1.0安装问题及解决办法: 卢锐 2023-1-12 17:04; 1. 出现的问题 HiC-Pro 目前最新版是 3.1.0 ， github 官网上说这个版本仅支持 python3(3.7) ，直接安装 HiC-Pro 在安装时不会报错，但是比对完运行到 bowtie_pairing.sh 中 mergeSAM.py 时，它会诡异地调用 python3 bin 目录下的 python 程序 ( 不是 python3 程序！ ) 。所以 merge ...; 个人分类: Hi-C|3033 次阅读|没有评论

Compartment Saddle Plot分析细节: 卢锐 2022-12-8 21:28; cooltools saddle 命令： Usage: cooltools saddle COOL_PATH TRACK_PATH EXPECTED_PATH 具体运行如下： cooltools saddle --contact-type cis --strength --out-prefix sample --qrange 0.02 0.98 --fig pdf sample_100000.cool sample_100000.eigs.cis.vecs.tsv sample_100000.exp.tsv 注意：这里cool必 ...; 个人分类: Hi-C|3206 次阅读|没有评论

pybedtools filter bug 避坑: 卢锐 2022-12-5 17:56; bedtools 是使用率很高的生信工具，将其整合到 python 中 (pybedtools) ，可以方便的调用，这本来是一件很好的事，但是遗憾的是 pybedtools 还是很不成熟，存在一些 bug ，我遇到的一个 filter bug 如下： from pybedtools import BedTool sampleA = BedTool(sampleA_raw.bed ...; 个人分类: BioIT|1925 次阅读|1 个评论

人类基因组hg19及其注释: 卢锐 2022-2-25 09:04; 从人类基因计划提出二十年来，人类基因组序列越来越完善，特别是近几年，随着三代测序技术的发展，人类基因组版本不断更新，例如 biorxiv 上最新发布的一篇文章 The complete sequence of a human genome ，是 Telomere-to-Telomere (T2T) 联盟将人类基因组中 22 条常染色体和 X 染色体做到了零 gap (ga ...; 个人分类: Genome|13717 次阅读|1 个评论

BUSCO 运行步骤: 卢锐 2021-9-5 11:56; Genome assembly assessment first identifies candidate regions to be assessed with tBLASTn searches using BUSCO consensus sequences. Gene structures are then predicted using Augustus with BUSCO block profiles. These predicted genes, or all genes from an annotated gene set or transcriptome, are then ...; 个人分类: Genome|6287 次阅读|没有评论

Cytoscape3.8的安装: 卢锐 2021-7-21 10:20; 目前最新版为 Cytoscape_3_8_2 ，安装如下：按照要求 Cytoscape_3_8_2_windows_64bit.exe 必须安装 java8 。先从 java 官网下载到最新的 jre-8u291-windows-x64.exe 。安装完 java 后，再直接运行 Cytoscape 安装时会报错如下：虽然用 Locate 将其定位到 java 安装目录但是依然 ...; 个人分类: BioIT|6326 次阅读|没有评论

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