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Hi-C Insulation score计算原理解析 2023-02-11
基于 insulation score 识别 TAD 边界的算法来自文献 : 1) 先将染色体分为 10kb 的 bin ,再计算每个 bin 里的平均互作数,因为每个 bin ...
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rpy2的安装 2023-01-24
1. 直接采用 python 和 R 安装 我这里 python 采用 python_v3.7.8 , R 采用 4.1.0 版的,注意:搜索了一下,发现 R 3.xx 版的没有 libR. ...
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HiC-Pro3.1.0安装问题及解决办法 2023-01-12
1. 出现的问题 HiC-Pro 目前最新版是 3.1.0 , github 官网上说这个版本仅支持 python3(>3.7) ,直接安装 HiC-Pro 在安装时不会报错,但 ...
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Compartment Saddle Plot分析细节 2022-12-08
cooltools saddle 命令: Usage: cooltools saddle COOL_PATH TRACK_PATH EXPECTED_PATH 具体运行如下: cooltools saddle --contact-type cis -- ...
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pybedtools filter bug 避坑 2022-12-05
bedtools 是使用率很高的生信工具,将其整合到 python 中 (pybedtools) ,可以方便的调用,这本来是一件很好的事,但是遗憾的是 pybedtools 还是很不成熟,存 ...
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人类基因组hg19及其注释 2022-02-25
从人类基因计划提出二十年来,人类基因组序列越来越完善,特别是近几年,随着三代测序技术的发展,人类基因组版本不断更新,例如 biorxiv 上最新发布的一篇 ...
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BUSCO 运行步骤 2021-09-05
Genome assembly assessment first identifies candidate regions to be assessed with tBLASTn searches using BUSCO consensus sequences. Gene structures ...
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Cytoscape3.8的安装 2021-07-21
目前最新版为 Cytoscape_3_8_2 ,安装如下: 按照要求 Cytoscape_3_8_2_windows_64bit.exe 必须安装 java8 。先从 java 官网下载到最新的 jre-8u2 ...
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