1. 出现的问题

HiC-Pro目前最新版是3.1.0，github官网上说这个版本仅支持python3(>3.7)，直接安装HiC-Pro在安装时不会报错，但是比对完运行到bowtie_pairing.sh中mergeSAM.py时，它会诡异地调用python3 bin目录下的python程序(不是python3程序！)。所以mergeSAM.log中会记录报错：

/path/to/hic-pro-3.1.0/HiC-Pro_3.1.0/scripts/hic.inc.sh: line 86: /path/to/Python-3.7.10/bin/python: No such file or directory

除了bowtie_pairing.sh外merge_stats.sh、merge_valid_interactions.sh和ice_norm.sh等都会有这个问题。解决办法是在python3 bin目录下将python3软链接为python。或者按照github上的，以conda方式安装，前者在将python3链接为python后，安装同HiC-Pro 2.x.x，可参见我之前的博文https://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html。值得一提的是即使到2022年还有文章采用HiC-Pro 2.x.x版，例如：

分析Hi-C

Yeqiao Zhou, Jelena Petrovic, Jingru Zhao, et al. EBF1 nuclear repositioning instructs chromatin refolding to promote therapy resistance in T leukemic cells. 2022. Molecular Cell

分析HiChIP

Xiaoyu Zhu, Chuangye Qi, Ruoyu Wang, et al. Acute depletion of human core nucleoporin reveals direct roles in transcription control but dispensability for 3D genome organization. 2022. Cell Reports

甚至micro-C

Tsung-Han S. Hsieh, Claudia Cattoglio, Elena Slobodyanyuk, Enhancer–promoter interactions and transcription are largely maintained upon acute loss of CTCF, cohesin, WAPL or YY1. 2022. Nature Genetics

2. 解决方案

安装HiC-Pro3.1.0前需要先构建运行环境，建议采用以下代码在conda环境中安装：

/path/to/miniconda/bin/conda env create --file HiC-Pro-3.1.0/environment.yml --name hicpro

经过查看，发现这个环境的bin目录下确实即有python3又有python，而且这两个软链的都是一个文件。

环境搭建好后，再安装HiC-Pro3

mkdir /path/to/miniconda/envs/hicpro/hicpro

cd /path/to/miniconda/envs/hicpro/hicpro

再在github官网下载HiC-Pro-3.1.0.tar.gz，后解压

tar -zxvf HiC-Pro-3.1.0.tar.gz

再修改HiC-Pro-3.1.0/config-install.txt文件。注意这些都是目录，不是执行程序的路径，如下：

CLUSTER_SYS是作业调度系统，仅支持TORQUE, SGE or SLURM系统。

再执行以下命令安装

make configure

make install

安装完后HiC-Pro运行程序在以下路径：

/path/to/miniconda/envs/hicpro/bin/HiC-Pro_3.1.0/bin/HiC-Pro