最近一段时间抽空学习python编程语言，前段时间还有博客纪录心得（参考《一定要不懂装懂才能成功》）。上个周末，在湖边休假，用了两天时间完成了下面的程序：

It worked!!

这个简单的程序做了如下的工作：

（1）产生一个任意大小的随机序列；

（2）从一个文件中读入一连串引物序列（高多聚酶亲和指数的引物）；

（3）查出所有引物在靶序列中的结合位点（包括正向和反向）；

（4）算出扩增产物的平均片段长度（设定一定条件）；

（5）测算出靶序列有百分之多少被扩增子覆盖了；

（6）测算出被覆盖部分平均被几个扩增子覆盖了。

我写这个程序的目的是为了研发一个新产品：一组可以用来随机扩增基因组的高效引物。这些引物的组合可以根据所用的酶和靶基因序列的不同而不同。

为什么要做这个产品？因为现有的随机扩增大都用随机六聚体核酸引物。可是，我们的研究显示多聚酶在扩增DNA的时候是有很强的偏好的，有些引物多聚酶很喜欢，而绝大多数引物多聚酶是不喜欢的。所以，与其加入4096个随机引物，还不如就用那些有用的引物（几十个），这样扩增效率会提高很多。因为随机引物有4096个排列组合，每一轮扩增反应，每个引物都要对号入座找到他们特异性的靶序列，效率就很低。如果淘汰掉那些本来就没用的引物，效率和覆盖率就会提高。

python教科书看了不到三分之一就忍不住动手写程序了，这看来是“不踏实”的表现，不过实际是一个非常好的尝试。我得到了很多心得：

（1）带着问题学，比枯燥的书本好玩多了。就是觉得书本离应用差得太远，变得越来越没有耐心，才动手写“有用的”软件的。

（2）许多“语句”和功能都是抄来的，只要会Google，编程就会了一半了。开始还觉得很内疚，以为这不是真的“掌握”了编程。其实不然，这和学习所有语言一样，能实际用上的，才是真正掌握了的。能应付考试的，不一定就是你掌握了的知识。

（3）我想学习编程很久了，买了不少C语言的书，后来没有坚持下来。现在开始学很吃力，有人质疑“怎么还亲自操刀学习编程？雇一个程序员就行啦！” 我的回答是：“我二十年前就想学。我不想过二十年后还说：我四十年前就想学！”。学新东西，总有开始的一天，为什么今天不是那一天？

但愿我能一直学下去，用下去。有了这个好开端，我大概不会轻易放弃了。我已经尝到了编程的乐趣，而且也找到了一些窍门。更何况，我有太多太多的实际应用等着我去做，所以，这个“程序猿”，我是要做下去了。是进化还是返祖？