昨天在汕头大学医学院讲课，顾江院长提出一个很好的问题：如果把免疫组和蛋白组比，是否是蛋白组更直接？

组学，始于基因组（genomic), 后来有了蛋白组，代谢组，表型组等，我们又做了免疫组。所有这些所谓的组学都有一个共同的特点，就是用高通量的方法产生大数据。另外，所有这些组学的目的也都是在寻找更好的诊断和治疗的方法。

那么，蛋白组是否比免疫组更直接？

假设我们是在研究一个肿瘤，与这个肿瘤相关的有那么几个特异性的抗原（内源性的，或者外源性的高分子，或者蛋白），按理说，直接研究蛋白质是了解这些抗原的最佳手段，也是最直接的方法。问题是，现在的蛋白组学方法是否特异性足够强？敏感性足够好？观察得足够全面？可重复性很好？临床标本很好取？信噪比很明显？实验方法很简单？速度很快？价格很便宜？

内源性的肿瘤相关抗原很可能是正常组织的一部分，只是表达的量，时间，空间有所不同。如果是那样，对蛋白组学的分辨率就要求很高。

免疫组学所要寻找的生物标记物不是蛋白本身，而是肌体免疫系统对在错误的时间，错误的地点，出现的错误的抗原所产生的特异性反应。免疫系统的功能，就是及时发现体内的各种异常，并通过免疫学机制控制异常。免疫系统就是一个高度敏感的“疾病感应器”，通过特异性的T细胞受体感应疾病特异性的抗原。

所以，虽然免疫组学没有蛋白组学那么直接，但是它可能更敏感，特异性也更强。另外，蛋白组学将来的临床应用也很受限，因为所需要的疾病特异性标本可以是人体各个部位的不同组织，标本处理方式和手段都不同。而免疫组学就是取外周血，试验手段和方法单一。

严格地说，免疫组学也是蛋白组学的一种，因为我们感兴趣的就是免疫蛋白（T细胞受体，和抗体）。不过我们的手段不是通过质谱仪分析氨基酸，而是通过高通量测序来间接地得到氨基酸序列。

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