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免疫组库: 健康的竞争
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最近，GenomeWeb 报道西雅图一家公司 (Adaptive TCR Technologies)开始提供免疫组库测序服务，他们向天使投资人集了四百多万美金，几个月前开张了。他们大概和我们的 iRepertoire 公司同时起步，技术也很相似。这表明在免疫组库测序方面的竞争已经开始。
这是好事，一个领域如果只有一家公司做，那很难成气候。多家公司一起做，客户才有一个比较，相互也才有促进。
当然，我觉得我们的技术因为扩增覆盖面大（敏感性强）而且扩增是半定量的，不会因为扩增引起免疫组库测序偏向，而且还能避免B细胞的hypermutation引起的扩增失败，所以在技术上我们还是有很多优势的。关于我们技术的优点和这个领域的一些技术难题，我在公司的博客里面有比较详细的讨论，感兴趣的同行可以去看看，也欢迎评论。
虽然在集资方面我们可能落后了一些，但是我们在技术开发，技术保护方面还是领先的。Adaptive TCR 的技术和方法路线去年在Blood杂志上发表了。他们使用43个V引物 （在靠近CDR3区域）和13个J引物扩增T beta 受体，而且扩增的是基因组DNA (我们扩的是mRNA)，他们使用的是Solexa或Solid测序平台，读的片段比较短 (～50bp)。 我们用独特的arm-PCR半定量多重扩增技术，扩增片段几乎是TCR的全长（300bp)，扩的是mRNA，测序平台偏重454 （也可以用Solexa, 有另一套引物）。
他们的技术，如我在博客中讨论过的，最大的问题是扩增所引起的偏差。因为40多个正向引物和13个反向引物每个排列组合都有不同的扩增效率，所以扩增后的免疫组库和标本原来的免疫分子组成可能就有很大的偏差。这一点他们在论文中有讨论。他们“争辩”的方法是把一个组库扩增25个周期，拿出一部分做测序，然后在继续扩增15个周期，再做测序，发现后面一次测序找到的克隆，有97％在25个周期的时候也有。但是，没有很明显显示的是其中量上面的变化。
另外，是扩增基因组DNA还是扩增RNA也有争论。有人认为扩增基因组DNA比较好，每个细胞就有一份DNA, 但是可能表达很多RNA分子。所以，测DNA更能“定量”显示免疫细胞的功能分布。可是，我觉得RNA的表达水平才更接近功能状况。另外，从技术角度讲，扩增DNA也有一定的问题：因为在VDJ重组完成以后，那些没有参与重组的V, J 片段还存留在基因组中，还会和引物结合，产生扩增北京，消耗引物并增加扩增偏差。这些技术细节不得不考虑。
在我们的论文发表以前，还有Stanford 诺贝尔得奖者 Andrew Fire 他们组的论文在Translational Medicine 上面发表；加拿大一组科学家在Robert Holt 领导下也发表了免疫组库测序的文章；更早还有Quake组对Zebrafish 抗体做高通量测序的文章；最近也后一些文章发表。
虽然我们在论文发表方面落后了一步（因为不是搞免疫的，“闯”进那个圈子很吃力），但是在专利方面我们可能是领先的。这也是我和一些“学院派”科学家不同的地方：先申请专利，再去发表论文。
还有一个和他们不同的地方，就是非常强调方法的可使用性。比如上面提到的一些论文，实验方法非常繁复，不但引入很多变数，更难自动化，产品化。复杂的方法可以用来写论文和申请项目，但是市场所需要的是简单又实用的方法。
无论如何，有更多的有关免疫组库的论文发表出来，更多的公司成立起来，说明这个领域开始热起来了。这是好事，大大的好事。竞争的紧迫感，更让我们去想： “还有什么是我没有想到的？” “还有什么我们能做得更好？”
其它有关免疫组库的博文：
参与开创新学科：免疫组库
一些有关免疫学思考的博文
新技术能催生新假说
免疫组库技术诞生记
https://blog.sciencenet.cn/blog-290052-346498.html
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下一篇：高通量测序离临床应用还有多远？
这是好事，一个领域如果只有一家公司做，那很难成气候。多家公司一起做，客户才有一个比较，相互也才有促进。
当然，我觉得我们的技术因为扩增覆盖面大（敏感性强）而且扩增是半定量的，不会因为扩增引起免疫组库测序偏向，而且还能避免B细胞的hypermutation引起的扩增失败，所以在技术上我们还是有很多优势的。关于我们技术的优点和这个领域的一些技术难题，我在公司的博客里面有比较详细的讨论，感兴趣的同行可以去看看，也欢迎评论。
虽然在集资方面我们可能落后了一些，但是我们在技术开发，技术保护方面还是领先的。Adaptive TCR 的技术和方法路线去年在Blood杂志上发表了。他们使用43个V引物 （在靠近CDR3区域）和13个J引物扩增T beta 受体，而且扩增的是基因组DNA (我们扩的是mRNA)，他们使用的是Solexa或Solid测序平台，读的片段比较短 (～50bp)。 我们用独特的arm-PCR半定量多重扩增技术，扩增片段几乎是TCR的全长（300bp)，扩的是mRNA，测序平台偏重454 （也可以用Solexa, 有另一套引物）。
他们的技术，如我在博客中讨论过的，最大的问题是扩增所引起的偏差。因为40多个正向引物和13个反向引物每个排列组合都有不同的扩增效率，所以扩增后的免疫组库和标本原来的免疫分子组成可能就有很大的偏差。这一点他们在论文中有讨论。他们“争辩”的方法是把一个组库扩增25个周期，拿出一部分做测序，然后在继续扩增15个周期，再做测序，发现后面一次测序找到的克隆，有97％在25个周期的时候也有。但是，没有很明显显示的是其中量上面的变化。
另外，是扩增基因组DNA还是扩增RNA也有争论。有人认为扩增基因组DNA比较好，每个细胞就有一份DNA, 但是可能表达很多RNA分子。所以，测DNA更能“定量”显示免疫细胞的功能分布。可是，我觉得RNA的表达水平才更接近功能状况。另外，从技术角度讲，扩增DNA也有一定的问题：因为在VDJ重组完成以后，那些没有参与重组的V, J 片段还存留在基因组中，还会和引物结合，产生扩增北京，消耗引物并增加扩增偏差。这些技术细节不得不考虑。
在我们的论文发表以前，还有Stanford 诺贝尔得奖者 Andrew Fire 他们组的论文在Translational Medicine 上面发表；加拿大一组科学家在Robert Holt 领导下也发表了免疫组库测序的文章；更早还有Quake组对Zebrafish 抗体做高通量测序的文章；最近也后一些文章发表。
虽然我们在论文发表方面落后了一步（因为不是搞免疫的，“闯”进那个圈子很吃力），但是在专利方面我们可能是领先的。这也是我和一些“学院派”科学家不同的地方：先申请专利，再去发表论文。
还有一个和他们不同的地方，就是非常强调方法的可使用性。比如上面提到的一些论文，实验方法非常繁复，不但引入很多变数，更难自动化，产品化。复杂的方法可以用来写论文和申请项目，但是市场所需要的是简单又实用的方法。
无论如何，有更多的有关免疫组库的论文发表出来，更多的公司成立起来，说明这个领域开始热起来了。这是好事，大大的好事。竞争的紧迫感，更让我们去想： “还有什么是我没有想到的？” “还有什么我们能做得更好？”
其它有关免疫组库的博文：
参与开创新学科：免疫组库
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新技术能催生新假说
免疫组库技术诞生记
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