生物技术创新创业分享 http://blog.sciencenet.cn/u/SNPs 美国HudsonAlpha研究院的研究员。做分子鉴别诊断平台技术的开发和免疫组库基础科研。

博文

创新:争分夺秒 精选

已有 20631 次阅读 2016-12-28 02:06 |个人分类:iCubate2.0开放平台|系统分类:科研笔记| 生物技术, 创新创业

2016年11月,算是我们iCubate公司发展的一个里程碑:公司2009年成立,从阿拉巴马的天使投资人那里融资一千两百万美金,经过“八年抗战”终于完成了全自动分子鉴别诊断仪器的研发和临床验证,正式申报FDA:



申报文献七百多页,做了一千多例的临床标本,实验室验证(特异性,敏感性,稳定性)用掉两万多卡盒!

申报后,我们iCubate公司开了一个科学顾问委员会小会,这是公司的科学顾问:

顾问中没有诺奖获得者,没有大牌科学家(出了研究院院长是知名科学家以外),都是实战派的。Fran是我做第一个公司(Genaco)的时候就帮助我们做FDA报批,是微生物诊断FDA报批的专家;Paul也是我认识十多年的临床微生物诊断方面的权威。在顾问会上,Paul在赞扬了我们技术平台的一系列优点(使用方便,一两分钟上手时间,多重,全自动,鉴别诊断)后也指出了我们iCubate技术平台的一个缺陷:速度比较慢。竞争对手(Nanosphere, BioFire)从头到尾大概需要两个半小时,而我们则需要四个小时。

我们需要时间长些有几个原因:(1)我们在研发第一个FDA报批产品时(革兰氏阳性菌和耐药基因的鉴别诊断)市场上还没有类似产品,没有可比较的参照物,所以我们把注意力集中在多重检测上,没有在时间上下功夫;(2)革兰氏阳性菌有很厚的细胞壁,核酸提取比较困难,为了提高敏感性,我们增加了扩增周期;(3)我们的技术包括核酸提取,扩增,检测多个步骤,要通过杂交,清洗等步骤,花时间比较多;(4)我们产品是给住院病人用的,一般医生早上查房,开单做检测,下午开方,所以多两个小时实际上不影响临床常规;(5)为了产品FDA报批,整个实验设计和操作规程在两年前就“固定”下来了,即使有加速实验的技术也不能随便修改,不然整个实验室和临床实验都要从头做起。

接受Paul的批评,我们在研发上开始注重提速,目标是在一个半小时,甚至一个小时内完成核酸提取,扩增,检测三个步骤。如何加速?这让我想起2014年分子诊断三联会议上同台讲课的Carl Wittwer博士:

Carl和我类似,都是实业型科学家(或者叫技术匠)。我在多重PCR上倾入了二十年时间,他则几十年如一日专研如何把PCR做得更快,更好。所有做分子诊断的人都应该熟悉Carl的工作,他的“极端PCR”技术可以在一分钟内完成30个周期的扩增!他的产业化经历也很精彩,创业成立的两家公司都被大公司收购:第一家公司(Idaho Technologies) 卖给了罗氏,第二家公司(BioFire)卖给了生物莫里埃。

下面是Carl的几个重要发现:


这里,他们发现把PCR时间从四个小时缩短到15分钟不但没有影响PCR效果,反而增加了特异性!


原来,PCR不是想象中的呈阶梯形的进行,DNA变性,引物结合,产物延伸等酶反应阶段都不是等温度到了才进行的,而是在很宽的一个温度范围内都会发生!

基于Carl的发现,我们的科学家和工程师一起攻关,把整个反应提速。下面是工程师自制的仪器,可以实时观察卡盒内反应槽里的温度。通过实验,找到最佳的反应条件(温度,体积,浓度,缓冲液等)。

我们非常有信心,下一个产品(革兰氏阴性细菌及耐药基因的分子鉴别诊断)就会是90分钟内完成所有步骤的快速分子鉴别诊断了。

30年前,我刚来美国的时候,进实验室做的第一个实验就是Southern Blot做分子诊断:克隆探针到质粒里,切出来提纯后用Nick 多聚酶做同位素标记探针。同时,基因组DNA提取,限制性内切酶处理,电泳,DNA转移到尼龙膜上,杂交,清洗,曝光,整个过程快两个星期,每个步骤都是手工操作。现在,能把整个过程在一个小时内全自动地完成,经过了多少人的努力?能够目睹几十年内技术的变迁,参与其中许多关键技术的研发,也算是不负时代给我们的机遇了。

这个故事反映出在公司做科研和在学院做科研的一个很大的差别。在科学院校里做科研,为了写论文,一个实验方法,不管用几个小时,几天,甚至几周完成都没有关系。而且结果只要实验能在世界上几个顶尖实验室,被几个博士水平的科学家,在风水好的地点,某个吉日良辰,重复几次就可以了;而在公司做诊断产品,则需要分秒必争,而且结果还要在全球成千上万家医院的实验室里,每天都能被无数本科生,高中生重复出来才行。


相关博文:

有关多重PCR的博客文章

有关iCubate技术平台的文章




https://blog.sciencenet.cn/blog-290052-1023740.html

上一篇:用“整体健康”来补充“精准医疗”
下一篇:跟房地产经纪人学一招
收藏 IP: 216.186.252.*| 热度|

40 姬扬 武夷山 蔡小宁 岳东晓 刘晓军 赵大伟 黄永义 周洲 许培扬 侯沉 肖传国 雷宁 张春路 LetPub编辑 梁庆华 苏光松 吴炬 吉宗祥 周健 韩枫 张吉 刘安金 白龙亮 陈智文 朱豫才 吴志民 陈宏伟 李毅伟 黄仁勇 李万峰 lingling101 xlsd liuhaoa1234 Atrichum neilchau zhang3110 XY icgwang aliala dreamworld

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (15 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-12-23 06:24

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部