AW pipeline 包含很多用的tools，比如利用VCF mask reference，比如split fasta文件，trimm fastq以及生产包含所有样本的qc文件等等吧，流程非常简洁，只有一下几个命令，根据自己的具体情况，修改相应的参数就可以。

scripts/GSmask.pl -i genome/ -v variants/chr19.exon.snps.vcf #mask ref
scripts/QC.sh -d reads #pre qc-test
scripts/Trim.pl -d reads -p -P "HEADCROP:5 LEADING:30 TRAILING:30 MINLEN:90" #trimm
scripts/QC.sh -d TRIM/Results #post qc-test
scripts/Align.pl -g GSMASK/Results -r TRIM/Results -p -a annotation/chr19.gtf -t 10 #aln
scripts/snpASE.pl -i TOPHAT/Results -v variants/chr19.exon.snps.vcf #snpASE

这一步可以用GATK完成

java -jar GenomeAnalysisTK.jar

 -R reference.fasta

 -T ASEReadCounter

 -o file_name.csv

 -I input.bam

 -sites sites.vcf

 -U ALLOW_N_CIGAR_READS

 [-minDepth 10]

 [--minMappingQuality 10]

 [--minBaseQuality 2]

     [-drf DuplicateRead]

scripts/transASE.pl -r transcripts/ntRef.fa -a transcripts/ntAlt.fa -p -i TRIM/Results #