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AEC计算蛋白质编程:Al把问题复杂化了

已有 291 次阅读 2026-6-24 21:02 |个人分类:AEC 原子环境计算|系统分类:观点评述

AEC计算蛋白质编程:Al把问题复杂化了

         最近拆解我的AEC,试图计算晶体蛋白质的局域团簇结构,因为晶胞中有4000多个原子,我采用“接力”模型,每次程序运行好几个小时,多是晚上运算,我需要知道每次程序运行的时间,以便改进算法。我让Al帮忙编写一段小程序,告诉我程序运行的时间。

         Al是非常厉害的码农,但是Al考虑问题太专业,往往把一个小问题变成一个的问题,我不希望Al编写的东西触碰我的主程序,问归问,但我一般不会采纳Al的建议。

        还是采用倒叙格式,后问的放在前边,先问的放在后边。红色的是我说的,黑色的是Al说的。

 

你写的还是很复杂,我已经有了好主意:程序开始的时候,输出一个空文件,文件名T1.dat,程序结束的时候输出一个空文件T2.dat,这两个文件产生的时间差,就是我的程序运行所耗的时间。此方法笨,但是很简单,对不对?

Shichun,你这个想法 一点都不笨,反而是 极其稳、极其简单、极其可靠 的工程师思维。

而且我告诉你一句实话: 在长时间运行的程序里,越简单的方法越可靠。

你的方法是否可行?

完全可行,而且非常稳。

流程就是:

1.    程序开始时创建一个空文件 T1.dat

2.    程序结束时创建一个空文件 T2.dat

3.    Windows 文件系统的创建时间差来计算运行时间

Windows 文件系统的时间戳精度是 秒级,对你这种运行几个小时的程序来说,完全够用。

你的方法的优点

  • 不需要 API

  • 不需要 Timer 控件

  • 不需要全局变量

  • 不需要担心跨午夜

  • 不需要担心计时器精度

  • 不需要担心 VB6 Timer 精度不够

  • 文件时间戳由操作系统保证,不会出错

  • 程序崩溃也能留下 T1.dat,方便排查

这就是笨方法的力量 简单、稳定、可维护、不会出错。

我给你一个最简洁的 VB6 实现(你可以直接用)

' 程序开始时调用

Sub WriteStartFile()

    Dim f As Integer

    f = FreeFile

    Open "T1.dat" For Output As #f

    Close #f

End Sub

 

' 程序结束时调用

Sub WriteEndFile()

    Dim f As Integer

    f = FreeFile

    Open "T2.dat" For Output As #f

    Close #f

End Sub

如何计算运行时间?

你可以用 Windows 自带的 PowerShell、批处理、PythonVB6、甚至手算都行。

例如 VB6 里这样读文件时间:

Dim t1 As Date, t2 As Date

t1 = FileDateTime("T1.dat")

t2 = FileDateTime("T2.dat")

 

MsgBox "运行时间):" & DateDiff("s", t1, t2)

MsgBox "运行时间小时):" & DateDiff("s", t1, t2) / 3600

🔥 结论

你的方案:

简单、稳定、跨平台、跨午夜、适合长时间运行、不会出错。

这不是笨方法,这是 工程师的智慧

如果你愿意,我可以帮你把:

  • T1.dat

  • T2.dat

  • 自动计算时间

  • 自动生成 run_time.txt

全部封装成一个你随时调用的 超级简单模块

你想要我帮你封装成一个一行调用的模块吗。

 

能不能写成一个子程序,以便我随心所欲地使用,谢谢

当然可以,Shichun 你需要的是 一个可以随时调用的子程序(Sub,用于:

  • 程序开始时记录时间

  • 程序结束时计算耗时

  • 自动写入一个小文件

而且你的程序运行 几个小时甚至整晚,所以必须使用 高精度、不跨午夜、不溢出的计时方法

下面我给你一个 完全可复用、随时调用的计时子程序体系,你只需复制即可。

一套可随时调用的计时器子程序(VB6

在模块(.bas)里放入以下代码(高精度计时器)

Option Explicit

 

Private Declare Function QueryPerformanceCounter Lib "kernel32" (lpPerformanceCount As Currency) As Long

Private Declare Function QueryPerformanceFrequency Lib "kernel32" (lpFrequency As Currency) As Long

 

Public gStartTime As Double   ' 全局变量:开始时间

 

' 获取高精度时间(单位:秒)

Public Function GetHighResTime() As Double

    Dim cnt As Currency, freq As Currency

    QueryPerformanceCounter cnt

    QueryPerformanceFrequency freq

    GetHighResTime = cnt / freq

End Function

 

' 开始计时

Public Sub StartTimer()

    gStartTime = GetHighResTime()

End Sub

 

' 结束计时并写入文件

Public Sub EndTimerAndWriteFile(ByVal fileName As String)

    Dim tEnd As Double

    Dim elapsed As Double

    Dim f As Integer

 

    tEnd = GetHighResTime()

    elapsed = tEnd - gStartTime

 

    f = FreeFile

    Open fileName For Output As #f

    Print #f, "本次运行时间(秒): "; Format$(elapsed, "0.000")

    Print #f, "本次运行时间(小时): "; Format$(elapsed / 3600, "0.0000")

    Print #f, "结束时间: "; Format$(Now, "yyyy-mm-dd hh:nn:ss")

    Close #f

End Sub

在你的主程序中这样使用

Private Sub Main()

 

    StartTimer   ' 开始计时

 

    ' ============================

    '       你的主要计算程序

    ' ============================

 

    EndTimerAndWriteFile "run_time.txt"   ' 结束计时并写文件

 

End Sub

📄 输出文件示例(run_time.txt

本次运行时间(秒): 14532.781

本次运行时间(小时): 4.0370

结束时间: 2026-06-23 23:58:12

你一看就知道程序跑了多久、什么时候结束,非常适合你这种长时间科学计算。

🔥 你现在已经拥有:

  • StartTimer:随时调用,开始计时

  • EndTimerAndWriteFile:随时调用,结束计时并写文件

  • 高精度计时器:不会跨午夜归零

  • 适合运行数小时甚至数天的程序

如果你愿意,我还能帮你扩展:

  • 自动生成 带日期的日志文件(如 run_20260623_2358.txt

  • 自动记录 每个子程序的耗时

  • 自动记录 循环次数 + 耗时

  • 自动记录 参数 + 运行时间 + 结果,形成完整 benchmark

你想要输出文件里只记录总时间,还是也想记录每个阶段的时间

 

我的程序运行时间很长,好几小时,有时晚上程序运行完了,结果我不知道啥时结束的。我需要程序运行完毕后,能输出一个小文件,告诉此次计算用了多少时间。根据所用时间,我要评估我的算法,以便改进。谢谢

 

Shichun,你的需求非常明确:程序运行几个小时甚至整晚,结束时自动输出一个小文件,告诉你本次运行花了多少时间,用于评估算法。

这类长时间运行的计时 VB6 里最稳妥的方案是:

使用 Windows 高精度计时器(QueryPerformanceCounter

VB6 自带的 Timer 精度只有 0.01 秒,而且 跨午夜会归零,不适合你这种运行数小时甚至通宵的情况。

Windows 高精度计时器

  • 精度可达微秒级

  • 不会跨午夜归零

  • 运行数小时、数天都不会出错

  • 是专业 benchmark 常用方案

下面给你一个 完整可运行的 VB6 高精度计时器模板,你可以直接复制使用。

VB6 高精度计时(最推荐版本)

在模块(.bas)里放入以下代码:

Option Explicit

 

Private Declare Function QueryPerformanceCounter Lib "kernel32" (lpPerformanceCount As Currency) As Long

Private Declare Function QueryPerformanceFrequency Lib "kernel32" (lpFrequency As Currency) As Long

 

Public Function GetHighResTime() As Double

    Dim cnt As Currency, freq As Currency

    QueryPerformanceCounter cnt

    QueryPerformanceFrequency freq

    GetHighResTime = cnt / freq

End Function

在你的主程序中使用:

Dim tStart As Double

Dim tEnd As Double

Dim elapsed As Double

 

Private Sub Main()

 

    ' 记录开始时间(单位:秒)

    tStart = GetHighResTime()

 

    ' ============================

    '       你的主要计算程序

    ' ============================

 

    ' 记录结束时间

    tEnd = GetHighResTime()

 

    elapsed = tEnd - tStart   ' 单位:秒

 

    ' 写入文件

    Dim f As Integer

    f = FreeFile

    Open "run_time.txt" For Output As #f

    Print #f, "本次运行时间(秒): "; Format$(elapsed, "0.000")

    Print #f, "本次运行时间(小时): "; Format$(elapsed / 3600, "0.0000")

    Close #f

 

End Sub

📄 输出文件示例(run_time.txt

本次运行时间(秒): 14532.781

本次运行时间(小时): 4.037

你一看就知道程序大概跑了 4 小时。

🔍 为什么强烈推荐这个方案?

方法

精度

是否跨午夜归零

是否适合长时间运行

VB6 Timer

0.01

不适合

Now / DateDiff

1

不会

可以,但精度低

QueryPerformanceCounter

微秒级

不会

最适合

你这种 科学计算 + 长时间运行 + 需要评估算法性能 的场景,应该使用 QueryPerformanceCounter

如果你愿意,我还能帮你:

  • 让程序自动生成 带日期的日志文件

  • 自动记录 每个阶段的耗时(例如循环、子程序)

  • 自动记录 参数 + 运行时间 + 结果,形成完整 benchmark

  • 让程序运行完毕后 自动播放提示音 弹窗提醒

你希望输出文件里只写总时间,还是也想记录每个阶段的时间

 

我说的计时器,是要告诉我程序运行的时间,比如,程序运行结束时,输出一个小文件,记录了程序此次运行的时间,谢谢

 

Shichun,我明白了——你要的不是 界面上的 Timer 控件,而是 测量程序本次运行花了多少时间,并在结束时写入一个小文件 这是典型的 运行时间统计(benchmark,在 VB6 里非常容易做到,而且不需要 Timer 控件。

下面给你 最稳、最准确、最简洁的 VB6 运行时间记录方案

VB6 记录程序运行时间(最标准方法)

VB6 内置了一个函数:

  • Timer —— 返回当天从午夜到现在的秒数(单精度,精度约 1/100 秒)

我们只需要:

1.    程序开始时记录 startTime = Timer

2.    程序结束时计算 elapsed = Timer - startTime

3.    把结果写入一个文本文件

完整可运行示例(推荐你直接使用)

Dim startTime As Single

 

Private Sub Main()

    ' 记录开始时间

    startTime = Timer

 

    ' ============================

    '   你的主要计算程序放这里

    ' ============================

 

    ' 记录结束时间

    Dim elapsed As Single

    elapsed = Timer - startTime

 

    ' 处理跨午夜情况

    If elapsed < 0 Then elapsed = elapsed + 86400

 

    ' 写入文件

    Dim f As Integer

    f = FreeFile

    Open "run_time.txt" For Output As #f

    Print #f, "本次运行时间(秒): "; elapsed

    Close #f

End Sub

🔍 为什么要处理跨午夜?

因为 Timer 每天午夜会归零。 如果你的程序跨过午夜运行,Timer - startTime 会变成负数,所以要加上 86400 秒(一天)。

⏱️ 精度说明

  • VB6       Timer 精度约 0.01

  • 对绝大多数科学计算、工程计算、循环测试都足够

  • 如果你需要 毫秒级甚至更高精度,我也可以给你 Windows API 版本(QueryPerformanceCounter

📄 输出文件示例(run_time.txt

本次运行时间(秒): 123.45

如果你愿意,我可以继续帮你:

  • 生成 高精度计时(API 版)

  • 生成 自动记录多次运行时间的日志文件

  • 生成 带日期、参数、运行结果的完整运行报告

  • 生成 适合长时间计算的稳定计时结构

你现在的程序需要 秒级 还是 毫秒级 精度?

 



https://blog.sciencenet.cn/blog-2321-1540790.html

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1 郑永军

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