其基本流程图如下图：

1、主要软件及其版本

Tophat v2.0.8b、bowtie2、cufflinks v2.1.1、samtools 0.1.7、python 2.6.5、R 3.0

2、分析过程文件说明

1）tophat分析：将每组样本的reads与参考基因组进行比对

分析结果文件：accepted_hits.bam、deletions.bed、insertions.bed、junctions.bed、prep_reads.info、unmapped.bam

2）cufflinks分析：将每个样本的比对结果进行组装成转录本(transcripts)。

每一个样本的分析结果：genes.expr，transcripts.expr，transcripts.gtf

3）cuffmerge分析：按照试验设计分组，将每组样本的transcripts.gtf文件合并在一起，便于基因或转录本的差异分析；

每组样本的分析结果：merged.gtf

4）cuffdiff分析：比较每组样本的基因表达差异，利用R语言拓展包cummeRbund进行作图分析。

注：在安装cummeRbund包过程中，可能会提示要依赖其他的R拓展包，按照安装过程中的报错提示一一安装即可。

通过cummeRbund作图，即可做出很多专业漂亮的图，基本满足发表文章的需求，具体可参考其使用说明手册（http://compbio.mit.edu/cummeRbund/manual.html）。