PubMLST官网

https://pubmlst.org/

多位点序列分型 (Multilocus sequence typing,MLST) 是近年来针对细菌分型发展很快的一种分子生物学分析方法，具有很高的分辨力，既适用于分子流行病学研究，也可用于分子进化学的研究。该方法被广泛应用于病原菌、环境菌和真核生物中。

MLST主要是基于测定核苷酸序列的一种细菌分型方法，通过PCR扩增6~10个管家基因内部400~600bp的核苷酸序列，每个位点的序列根据其发现的时间顺序赋予一个等位基因编号，每一株菌的等位基因编号按照指定的顺序排列就是它的等位基因谱，也即是这株菌的序列型(sequence type,ST)，每个ST均代表一组单独的核苷酸序列信息。通过比较ST可以发现菌株的相关性,即密切相关菌株具有相同的ST或仅有极个别基因位点不同的ST，而不相关菌株的ST至少有3个或3个以上基因位点不同。

对于数据库中已有的菌株，直接通过网站获取相应管家基因和引物设计。

通过PCR扩增目标菌株的各管家基因序列。

测序，并整理序列为FASTA格式，提交网站进行序列比对，获得每个管家基因的等位基因编号。

整理相关数据，获得目标菌株的ST型，就可以进行下一步的分析，如BLAST比对和MEGA构建系统发育树分析。