如果想要查看reads在基因组上的情况，可选用以下两种方法(当然方法很多，在此仅列举以下两种)：

1.UCSC

2.IGV(Integrative Genomics Viewer)

以上两种方法均可以以多种格式的文件作为inFile，下面以BAM格式的inFile为例:

（一）UCSC(适用于查看文件不太大的inFile中reads在基因组上的分布情况)

首先从RSeQC中下载bam2wig.py(http://dldcc-web.brc.bcm.edu/lilab/liguow/CGI/rseqc/_build/html/index.html#bam2wig-py) 

本人所用的服务器上已经安装好了RSeQC的相关组件，且已设置了环境变量。下面直接从运行命令开讲：

1.对file.bam进行sort：

$ samtools sort file.bam file.sorted #得到文件file.sorted.bam；

2.对sort后的文件建立一个索引文件:

$ samtools index file.sorted.bam #将得到一个file.sorted.bam.bai索引文件；

3.bam2wig.py对sort后的文件进行处理:

$ bam2wig.py -i file.sorted.bam -s /leofs/noncode/xcl/references/human/hg19/hg19.fa.sizes -o ERR188040.bam.wig #注:这里的-s /leofs/noncode/xcl/references/human/hg19/hg19.fa.sizes是关于参考基因组染色体大小的参数文件，要注意版本问题，下载方法在前面的博文中有讲述。

但是，在运行一段时间后，报错:

/bin/sh: wigToBigWig: command not found

查找原因后，原来是由于环境变量所在目录下，缺少wigToBigWig文件。

解决办法:去UCSC下载。

UCSC---Download---FTP server---"转到高层目录"---admin---exe---linux.x86_64---wigToBigWig

问题来了：

Q1:用的是谷歌浏览器，进去之后，瞬间显示浏览器崩溃。---A1:换用IE浏览器。

Q2:下载不了，提示要填用户名、密码。---A2:wget+链接地址，在服务器上下载。

下载完成之后,在服务器中对文件进行格式调整:

$ chmod +x wigToBigWig #原因是不同界面下文件需要调整，以适合当前运行环境。就如同windows下的文件传到linux下，要习惯性的用$ dos2unix file 命令对文件格式进行调整一样。

下面，用$ which bam2wig.py查看其所在路径，然后把wigToBigWig文件置于该路径下，再运行bam2wig.py就不会出问题了。

4.将生成的wig文件上传到UCSC

UCSC---Tables---My Data---Custom Tracks

5.即可看到reads的分布图。。。。

(二)IGV（适用于查看文件较大的inFile中reads在基因组上的分布情况）

1.由于IGV需要在java环境下运行，所以需要先下载、配置Java运行环境

java runtime environment (jre) (http://www.java.com/en/download/manual.jsp)

2.下载并安装IGV(http://www.broadinstitute.org/software/igv/download)

3.由于文件较大，所以直接将BAM文件放在IGV中还不能运行，所以需要借助IGVtools将文件转换成*.tdf

文件转换成*.tdf后，就可以在IGV上运行了，选择参考基因组和你需要的区域，看看reads的分布情况。。。

（其实，无论文件大小都可以放在IGV上运行。如果本地未安装IGV，并且文件又不太大，图省事就用UCSC吧）