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miRNA测序概述及实验分析流程

已有 17325 次阅读 2012-9-13 13:47 |系统分类:教学心得| 测序, miRNA, 数据分析

一、 microRNA测序概述

MicroRNAs(miRNAs)是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA,其大小长约20~25个核苷酸。成熟的miRNAs是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的,随后组装进RNA诱导的沉默复合体,通过碱基互补配对的方式识别靶mRNA,并根据互补程度的不同指导沉默复合体降解靶mRNA或者阻遏靶mRNA的翻译。最近的研究表miRNA参与各种各样的调节途径,包括发育、病毒防御、造血过程、器官形成、细胞增殖和凋亡、脂肪代谢等等。

microRNA(miRNA)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70—90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(双链)但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或抑制mRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(最新发现microRNA也能在转录水平调控基因表达)。microRNA在物种进化中相当保守,在动物、植物和真菌等中发现的microRNA表达均有严格的组织特异性和时序性。microRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。

目前研究microRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技术以及第二代测序技术。基于第二代测序技术的microRNA测序,可以一次获得数百万条microRNA序列,能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的micoRNA及其表达差异,为研究microRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。



二、 microRNA测序技术特点
1.高灵敏度:理论上可以检测单个细胞中一个拷贝的microRNA;
2.高精度:可以检测microRNA单个碱基的差异;
3.不受先验信息的干扰,既能鉴定已知microRNA,又有能力发现新的microRNA;
4.保留定向信息,用于链特异的表达分析;
5.利用Barcode在单次运行中经济地分析多个样品。

三、 miRNA测序实验技术路线
四、 microRNA测序数据分析技术路线
五、 microRNA测序数据可研究的方面
  • 差异表达的microRNA基因,
  • 可做分型的microRNA基因,用于诊断疾病
  • 新的microRNA发现
  • (欢迎补充。。。)


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