netcdf4以上（印象中应该是4.1.3以上）的版本将c和Fortran分开，也就是要先装netcdf-c才能装netcdf-fortran.

电脑出现故障，近期将zlib,hdf5,curl,netcdf,mpich2,mct全部重装了，以构建ROMS环境.

但是安装过程中出现了诸多问题，由于之前安装没留下笔记，且安装时间在很久之前，所以一时想不起来，幸得网友帮助。表示感谢！也将此方法贴出来，一方面留给有需要的朋友，另一方面也留作笔记备用.

注：netcdf-c用的是4.4.1，netcdf-fortran用的是4.4.4，这样是允许的.

另外：几个程序都安装在同一个文件夹下，这样有一个好处，就是在编辑环境变量的时候可以有效避免漏掉一下库和链接.以前自己编译的时候没注意到，这次方便很多。

具体方法如下：

（1）Build zlib
$ sudo ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4
$ make
$ make check
$ sudo make install
（2）Build HDF5
Then you build HDF5, specifying the location of the zlib library:
$sudo ./configure --with-zlib=/usr/local/netcdf4 --prefix=/usr/local/netcdf4
$sudo make            
$sudo make check
$sudo make install
(3)build curl
$sudo  ./configure --with-zlib=/usr/local/netcdf4 --prefix=/usr/local/netcdf4
$ make
$ make check
$ sudo make install
（4）Build netcdf4.4.1.1
After HDF5 is done, build netcdf-c, specifying the location of the HDF5, zlib, and (if built into HDF5) the curl header files and libraries in the CPPFLAGS and LDFLAGS environment variables.
$ CPPFLAGS=-I/usr/local/netcdf4/include LDFLAGS=-L/usr/local/netcdf4/lib ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4
$sudo apt-get install m4 (如果提示没有m4的话，否则可以不执行）
$  make
$  make check
$  sudo make install
（5）Build netcdf4-fortran-4.4.4
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/netcdf4/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
$sudo CPPFLAGS=-I/usr/local/netcdf4/include LDFLAGS=-L/usr/local/netcdf4/lib ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4 CC=gcc FC=gfortran     #可用gfortran或ifort,要与pycnal安装一致
$  sudo make
$ sudo make check
$  sudo make install
---------------------------------------------------------------------------
添加环境变量：
$ sudo gedit ~/.bashrc
export NETCDF=/usr/local/netcdf4
export PATH=$NETCDF/bin:$PATH
export CPPFLAGS=-I/usr/local/netcdf4/include
export LDFLAGS=-L/usr/local/netcdf4/lib
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/netcdf4/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
$source ~/.bashrc

测试：ncdump