博文
- [转载]SCnorm -- 单细胞RNA-seq数据的鲁棒标准化
- RNA-seq数据的标准化对于准确的下游推论是必不可少的，但是大部分标准化方法所基于的假设都不能在单细胞条件下应用。因此，应用现有标准化方法到单细胞RNA-seq数据上引入了假象，这使得下游分析出现偏差。 为了解决这个问题，我们介绍了SCnorm以准确且高效地进行单细胞RNA-seq数据标准化。 6种标准化方法对倍数变 ...
- [转载]graph2tab -- 将实验流程图转换为表格格式
- graph2tab将实验流程图转换为电子表格表征。 考虑到越来越多地采用表格进行生物医学实验报告，这些表征正变得更加重要。 下载： http://github.com/ISA-tools/graph2tab 语言：Java 时间：20120503 参考： graph2tab, a library to convert experimental workflow graphs into tabular formats
- [转载]myVCF -- 一个高通量突变数据管理桌面应用
- 下一代测序技术已经成为发现与人类疾病相关的遗传变异的最强大工具。尽管花费的显著降低促进了在湿实验室和诊所的使用，但是产生的大量数据使得非专家研究者和临床医师非常难以管理它们。因此，有对旨在使得终端用户更加贴近测序数据，促进非生物信息学家访问，和加速遗传变异功能解释的新方法和工具的迫切需求。 myVC ...
- [转载]ASCIIGenome：一个命令行基因组浏览器
- 当前的基因组浏览器都是通过图形用户界面（graphical user interfaces，GUIs）工作，虽然直观，但是不适合在终端操作，并因此难以整合到脚本中。为了规避这些限制，ASCIIGenome仅通过命令行界面运行，以直接在终端窗口显示基因组数据。 ASCIIGenome容易地与命令行整合，包括数据的批处理，因此能够高效探索数据。 支 ...
- [转载]DAFGA -- 功能基因扩增子的多样性分析
- 功能标记基因的多样性分析提供了对执行生态学相关过程（例如氮固定基因）的微生物基团的生理学见解。然而，由于基因的进化速率不同和水平基因转移事件，将功能基因序列分组为有效分类单元是有挑战性的。 DAFGA以一种标准化方式，通过关联特定功能基因序列趋异和16S rRNA基因序列趋异评估特定功能基因的进化速率。 DAF ...
- [转载]featureCounts -- 一个分配测序片段到基因组特征的高效程序（数基因中的reads数）
- 下一代测序技术产生数百万的短测序片段，它们通常比对到参考基因组上。在许多应用中，下游分析需要的关键信息是比对到每个基因组特征，例如到每个外显子或每个基因上的片段数。计算片段的过程叫做片段汇总。片段汇总对于各种基因组分析都是需要的，但是目前为止在文献中获得了相对少的关注。 featureCounts是一个适合 ...
- AMAP -- 一个拟南芥全基因组突变检测流程
- 现在可以使用高通量测序在全基因组水平上检测突变。然而，由于假阳性，确定突变是一个耗时的过程。 AMAP（automated mutation analysis pipeline，自动突变分析流程）克服了这个问题。它整合了一套验证的程序进行比对（BWA），去潜在PCR重复（Picard），重比对（GATK）和突变检测（SAMtools、GATK、Pindel、BreakDancer ...
- [转载]中文文案排版指北 -- 中英混杂，标点符号规范！
- 空格 中英文之间需要增加空格 中文与数字之间需要增加空格 数字与单位之间无需增加空格 全角标点与其他字符之间不加空格 -ms-text-autospace to the rescue? 标点符号 不重复使用标点符号 全角和半角 使用全角中文标点 数字使用半角字符 遇到完整 ...
- Ensembl ID转gene name下载视频
- 自己录制的，可以另存下来！ 1，打开ensembl网站： http://www.ensembl.org 2，点击上面的biomart 3，选数据库，例如human，版本 4，选要获得的列（attributes），这里是gene stable ID，ENSxxxx和gene name（symbol） 5，点击results获得结果文件 6，少的话一个一个找，多的话用excel或者编程自己匹配下， ...
- [转载]chromedriver与chrome版本映射表
- 看到网上基本没有最新的chromedriver与chrome的对应关系表，便兴起整理了一份如下，希望对大家有用： chromedriver版本 支持的Chrome版本 v2.46 v71-73 v2.45 v70-72 v2.44 v69-71 v2.43 v69-71 v2.42 v68-70 v2.41 v67-69 v2.40 v66-68 v2.39 v66-68 v2.38 v65-67 v2.37 v64-66 v2. ...
