微生信分享 http://blog.sciencenet.cn/u/chinapubmed 0代码在线绘制160+科研图

博文

[转载]ASCIIGenome:一个命令行基因组浏览器

已有 1608 次阅读 2019-5-30 08:59 |个人分类:软件|系统分类:科研笔记| 基因组浏览器, 命令行 |文章来源:转载

当前的基因组浏览器都是通过图形用户界面(graphical user interfaces,GUIs)工作,虽然直观,但是不适合在终端操作,并因此难以整合到脚本中。为了规避这些限制,ASCIIGenome仅通过命令行界面运行,以直接在终端窗口显示基因组数据。
ASCIIGenome容易地与命令行整合,包括数据的批处理,因此能够高效探索数据。

支持一些常见基因组数据类型,并且也可以访问远程ftp服务器上的数据。速度和内存占用与常见基因组浏览器可比或更好。

28119307.jpg
左边是2个ChIP-Seq峰。右边是比对结果

下载:https://github.com/dariober/ASCIIGenome
语言:Java
时间:20170113
参考:ASCIIGenome: a command line genome browser for console terminals



https://blog.sciencenet.cn/blog-707141-1181976.html

上一篇:[转载]DAFGA -- 功能基因扩增子的多样性分析
下一篇:[转载]myVCF -- 一个高通量突变数据管理桌面应用
收藏 IP: 116.238.88.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-11-28 21:35

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部