博文
- [转载]ngsCAT -- 评估靶向富集测序效率
- 通过下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS）进行靶向富集测序是研究人类基因组特定基因座或外显子组的一种常见方法。需要评估富集过程中的效率和偏差缺乏以作为下游分析前的一个质控步骤。需要能够报告敏感性、特异性、一致性和其他富集特异性特征的工具。 NGS数据捕获评估工具（ngsCAT）是一个利用比对片段和 ...
- [转载]HISAT -- 一个具有低内存需求的快速剪接比对器
- HISAT（hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts，转录本剪接比对分级索引）是一个比对来自RNA-Seq reads的高效系统。 HISAT使用一个基于Burrows-Wheeler变换和Ferragina-Manzini（FM）索引的索引方案，利用了两类索引进行比对：一个全基因组FM索引以定位每个比对，和许多局部FM索引用于非常快地扩 ...
- [转载]3Dmol.js -- 用WebGL进行分子可视化
- 3Dmol.js是一个现代的、面向对象的JavaScript库，它使用最新网络技术提供交互式、硬件加速的分子数据三维表征，不需要安装浏览器插件或Java。 3Dmol.js为开发者提供了一个全功能API，以及一个简单的声明式接口，让用户在网站上容易地共享和嵌入分子数据。 A：3Dmol.js渲染的3D图；B：JavaScript代码；C：HTML中 ...
- [转载]ggseqlogo：一个通用序列logos绘制R包
- 序列logos已经成为研究基因组中基本序列模式的重要可视化方法。尽管如此，仍然缺乏提供这些可视化通常需要的多功能性软件包。 ggseqlogo是一个以ggplot2包为基础的R包，旨在解决这个问题。ggseqlogo以一种高度可定制的方式提供了出版质量DNA、RNA和蛋白质序列logos，具有包括多logo绘制，定性和定量配色方案，logos注 ...
- [转载]ShortStack -- 小RNA基因的全面注释和定量
- 已经描述了许多工具从小RNA-Seq数据中进行microRNA基因座（miRNAs）的注释和定量。 ShortStack是一个单机应用程序，它分析与参考比对的小RNA-seq数据，并执行推断的小RNA基因的全面从头注释和定量。ShortStack的输出报告了与小RNA基因注释直接相关的多个参数，包括RNA大小分布、重复性、链方向性、发夹关联、MIRNA注 ...
- [转载]SCnorm -- 单细胞RNA-seq数据的鲁棒标准化
- RNA-seq数据的标准化对于准确的下游推论是必不可少的，但是大部分标准化方法所基于的假设都不能在单细胞条件下应用。因此，应用现有标准化方法到单细胞RNA-seq数据上引入了假象，这使得下游分析出现偏差。 为了解决这个问题，我们介绍了SCnorm以准确且高效地进行单细胞RNA-seq数据标准化。 6种标准化方法对倍数变 ...
- [转载]graph2tab -- 将实验流程图转换为表格格式
- graph2tab将实验流程图转换为电子表格表征。 考虑到越来越多地采用表格进行生物医学实验报告，这些表征正变得更加重要。 下载： http://github.com/ISA-tools/graph2tab 语言：Java 时间：20120503 参考： graph2tab, a library to convert experimental workflow graphs into tabular formats
- [转载]myVCF -- 一个高通量突变数据管理桌面应用
- 下一代测序技术已经成为发现与人类疾病相关的遗传变异的最强大工具。尽管花费的显著降低促进了在湿实验室和诊所的使用，但是产生的大量数据使得非专家研究者和临床医师非常难以管理它们。因此，有对旨在使得终端用户更加贴近测序数据，促进非生物信息学家访问，和加速遗传变异功能解释的新方法和工具的迫切需求。 myVC ...
- [转载]ASCIIGenome：一个命令行基因组浏览器
- 当前的基因组浏览器都是通过图形用户界面（graphical user interfaces，GUIs）工作，虽然直观，但是不适合在终端操作，并因此难以整合到脚本中。为了规避这些限制，ASCIIGenome仅通过命令行界面运行，以直接在终端窗口显示基因组数据。 ASCIIGenome容易地与命令行整合，包括数据的批处理，因此能够高效探索数据。 支 ...
- [转载]DAFGA -- 功能基因扩增子的多样性分析
- 功能标记基因的多样性分析提供了对执行生态学相关过程（例如氮固定基因）的微生物基团的生理学见解。然而，由于基因的进化速率不同和水平基因转移事件，将功能基因序列分组为有效分类单元是有挑战性的。 DAFGA以一种标准化方式，通过关联特定功能基因序列趋异和16S rRNA基因序列趋异评估特定功能基因的进化速率。 DAF ...
