已经描述了许多工具从小RNA-Seq数据中进行microRNA基因座（miRNAs）的注释和定量。

ShortStack是一个单机应用程序，它分析与参考比对的小RNA-seq数据，并执行推断的小RNA基因的全面从头注释和定量。ShortStack的输出报告了与小RNA基因注释直接相关的多个参数，包括RNA大小分布、重复性、链方向性、发夹关联、MIRNA注释和定相。

ShortStack使用适度的计算资源高效地处理非常大的小RNA-Seq数据集，其性能优于以前描述的工具（NiBLS、segmentSeq、UEA sRNA Workbench）。


下载：https://github.com/MikeAxtell/ShortStack
语言：C
时间：20130312
参考：ShortStack: Comprehensive annotation and quantification of small RNA genes