一.小麦转录组的复杂性

  说起小麦这个东东，对于研究基因组的人来说，就是噩梦！

  庞大的基因组（17G），大量的重复序列（约80%），复杂的基因组构成（异源六倍体），这给破解小麦基因组带来了前所未有的难题，IWGSP只能另辟蹊径，把染色体分开，一条一条的测，最近终于发表了草图（见Science)。  

  那么在这么复杂的基因组上演绎的转录组又是什么情况呢，下面请我详细道来。

  按一般的道理，最底层的相对简单，在此基础上演绎，变化的就能更复杂一些，这个道理，其实在小麦上也是一样的，小麦转录组的复杂性远远超出了我们对转录组的认识。

  首先，由于组成小麦基因组的A,B,D亚组之间的同源性就非常高，必然导致大量的旁系同源基因和直系同源基因的存在，且这些基因在进化成小麦后，在长期的自然和人类选择中，又发生了大量的变化，导致基因之间关系纵横交错，及其复杂。

  其次，大量的非编码RNA的存在，大量可变剪切的存在，给你准确拼接，鉴定出转录组带来了极大的困难。

  最后，转录本之间表达量差异极大，也给拼接带来了极大的困难。

  由以上几点导致要完整准确的拼接出转录组是极其困难的，可以毫不夸张的说是不可能的，除非测序技术有更大的进步，一次能搞定一条MRNA。

 待续...........................................