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TopOmics：所有组学的主题建模: 张俊鹏 2026-6-13 19:48; TopOmics ：所有组学的主题建模生物复杂性源于多种分子因素在不同时空尺度上的相互作用。测序技术的重大进步使得能够直接测量许多这样的分子参与者，以及以单细胞或近单细胞分辨率的单细胞或近单细胞空间变异性定量。随着测序成本的降低，这些进步导致了大量复杂、高维数据集的激增，这些数据集对不同组织 ...; 个人分类: 科普|283 次阅读|没有评论

MNDGNN：有向图神经网络用于癌症驱动基因识别: 张俊鹏 2026-6-13 19:46; MNDGNN ：有向图神经网络用于癌症驱动基因识别癌症是一类以体细胞不受控制增殖为特征的疾病。它源于人类基因组中的驱动突变，这些突变赋予受影响细胞选择性生长优势，从而促进肿瘤发生。携带此类突变的基因称为癌症驱动基因（ CDG ）。由于癌症驱动基因处于正向选择状态，并干扰关键细胞功能，识别这些 ...; 个人分类: 科普|260 次阅读|没有评论

GDDN：疾病富集和药物优先排序分析平台: 张俊鹏 2026-6-13 19:44; GDDN ：疾病富集和药物优先排序分析平台组学和下一代测序平台改变了我们对生物学的理解。基因组学、转录组学、表观基因组学和蛋白质组学即使在单细胞分辨率下，也提供了关于基因组、基因表达、调控和蛋白质动态的关键信息。这彻底改变了遗传研究和临床应用。全基因组或靶向测序在癌症诊断中常被执行，以指 ...; 个人分类: 科普|208 次阅读|没有评论

miND：小RNA分析流程和miRNA生物标志物识别: 热度 1 张俊鹏 2026-6-13 19:42; miND ：小 RNA 分析流程和 miRNA 生物标志物识别小 RNA 测序已成为一种成熟的工具，用于在各种生物体液中定量短 RNA 分子，如 microRNA （ miRNA ）。这些短 RNA 分子（ 17 至 25nt ）通过与靶向信使 RNA （ mRNA ）中的特定互补位点相互作用，在基因表达的细胞调控 ...; 个人分类: 科普|273 次阅读|1 个评论热度 1

在基因调控网络中探测转录因子子集: 张俊鹏 2026-6-7 11:20; 在基因调控网络中探测转录因子子集转录因子（ TF ）是调节蛋白，通过序列特异性方式与 DNA 结合来影响基因表达。 TF 特异性结合染色质的可及区域，这些区域也被称为调控元件（ RE ）。由于它们在众多生物过程中的核心作用以及与疾病的关系， TF 是持续研究的对象。为了了解 TF 的功能，了解 ...; 个人分类: 科普|468 次阅读|没有评论

CEDR：集成降维实现鲁棒的共识癌症亚型分类: 张俊鹏 2026-6-7 11:18; CEDR ：集成降维实现鲁棒的共识癌症亚型分类癌症是一种高度异质性疾病，源自同一组织且具有相同组织学等级和病理阶段的肿瘤，在不同患者中可能表现出不同的分子机制。通过共享特征定义分子亚型，并揭示与临床结果相关的亚型特异性改变，对于靶向治疗、改善预后和个性化治疗策略至关重要。随着 ...; 个人分类: 科普|456 次阅读|没有评论

scMarkerGene：细胞类型特异性标记基因识别: 张俊鹏 2026-6-7 11:17; scMarkerGene ：细胞类型特异性标记基因识别单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）的快速发展使得能够在单细胞分辨率下进行转录组分析，揭示了批量分析中隐藏的细胞异质性、稀有亚群和谱系轨迹。随着 scRNA-seq 研究的规模扩大，可靠标记基因的识别已成为分析的核心，能够对几乎所有组织和物种中的细 ...; 个人分类: 科普|423 次阅读|没有评论

PlantCellChat：预测植物细胞通讯: 热度 1 张俊鹏 2026-6-7 11:15; PlantCellChat ：预测植物细胞通讯细胞通讯（ CCC ）对于多细胞生物细胞活动的协调至关重要。在植物中， CCC 由多种信号分子介导，包括激素、肽和细胞外蛋白，这些分子与特定受体相互作用，触发细胞内信号级联反应。单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）和空间基因表达谱的最新进展，使得基因表达能 ...; 个人分类: 科普|500 次阅读|2 个评论热度 1

StabCell：单细胞数据聚类和标记物检测: 张俊鹏 2026-5-30 14:58; StabCell ：单细胞数据聚类和标记物检测单细胞 RNA 测序技术为研究人员提供了关于生物组织及其细胞机制的深入见解，被广泛用于各种研究领域。该技术的主要应用目标是确定所研究组织的细胞类型构成。随着数据量的不断增加，手动标注细胞已变得不可行，因此需要采用可扩展的计算方法来处理这些数据。通 ...; 个人分类: 科普|591 次阅读|没有评论

RegRegSEA：表观基因组数据调控区域集富集分析网页服务器: 张俊鹏 2026-5-30 14:56; RegRegSEA ：表观基因组数据调控区域集富集分析网页服务器高通量表观基因组分析技术，包括全基因组亚硫酸氢盐测序（ WGBS ）和转座酶可及染色质测序（ ATAC-seq ），已成为在全基因组范围内绘制 DNA 甲基化和染色质可及性的标准方法。将这些方法应用于临床或实验队列，可以生成包含数十万个可测试 ...; 个人分类: 科普|605 次阅读|没有评论

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