对于基因或基因组的进化分析，特别是正选择的检测以及不同分支的选择约束，PAML是最常用的工具包，而CodeML是其中最核心的一个程序，但晦涩的参数设置，着实让不少初学者望而却步。

　　我们新开发的EasyCodeML让新手也可以进行CodeML分析，只需要输入比对好的序列文件和对应的树文件即可运行。

　　程序提供两种模式供用户选择：

　　（1）预置模式（Preset）：即目前开放测试的主界面，内置了4种模型，特别适合于新手使用，以成对模型运行；

　　（2）自定义模式（Custom）：类似于pamlX版，适合熟悉CodeML的老手手动配置参数，以单个模型运行。

　　程序主界面如下图所示：

简要操作图解：

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