博文
- Paper：能否通过婴幼儿时期的肠道菌群预测未来食物过敏情况？
- 文章：Can we predict future allergies from our infant gut microbiota？ Sensitization to food allergens is common during early life, affecting up to 28% of preschool children（学龄前的儿童多会发生食物过敏的情况）. While 66 – 90% of infants outgrow their sensitization t ...
- 文章：Primer and platform effects on 16S rRNA tag sequencing
- Primer and platform effects on 16S rRNA tag sequencing （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26300854） 第一、微生物研究中主要的技术应用历程 第二、对于phix的比例在16s中一直未见到较为公认的数值，此文中描述 Varying PhiX spi ...
- Linux下QIIME的安装经历
- 随着16s rRNA的研究越来越受到科研工作者的关注，Mothur和QIIME作为这个领域内应用较为广泛的工具，引用率也越来越高。之前在服务器上（Linux）系统安装好了mothur，具体安装过程可参考 http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-882982.html 此文主要用于介绍自己在服务器安装QII ...
- 16s rRNA分析流程和工具的介绍
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- 16s rRNA早期的分析策略，如FISH（fluorescent in situ hybridization）、DDGE（denaturing gradient gel electrophoresis）、PCR cloning、T-RFLP（terminal restriction fragment length polymorphism）。随着NGS（next generation sequencing）测序技术的发展，在此主要讨论NGS技术在16s rRNA分析中的应 ...
- 基于PGM和Miseq对16s分析的区别
- 在2005年next generation sequencing的风起云涌之后，经过10年的发展，曾经的3巨头Illumina、ABI SOLID、454已然命数全不同，454和ABI SOLID目前在基因测序领域已渐渐式微。目前Illumina稳坐头把交椅，接着紧随的是Ion Torrent、Pacbio等。 Ion Torrent的PGM（ Personal Genome Machine ）机 ...
- 16s rRNA sequencing中chimera的检测
- 在16s rRNA的分析中，在数据处理过程中重要的一步操作是鉴定和去除嵌合体。 嵌合体（chimera）产生的原因主要是PCR过程中产生的错误： During this PCR amplification，chimeras might be created due to incomplete extension. 在扩增过程中，chimera的比例 ...
- Nature：Obese与gut microbiota的关系
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- 2006年发表在Nature上的一篇文章，打开了一扇认识肥胖与肠道菌群关系的窗。在肠道中最为关键的两个门是 Bacteroidetes （拟杆菌门）和 Firmicutes （厚壁菌门），此文研究发现obses人群中 Bacteroidetes 的含量显著低于lean人群，对obese人群加以饮食控制后，体重的下降同时 Bacteroidetes 含 ...
- 益生菌之乳杆菌属和双歧杆菌属
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- 目前在市场上出现了各式各样的益生菌饮料，例如益力多、养乐多、有益c等等。在这些饮料中，重要的一个组成部分是益生菌，其中乳杆菌属（ Lactobacillus ）、双歧杆菌属（ Bifidobacterium ）是最为常见和重要的两个菌属。 1）来源不一样 尽管 ...
- 益生元对菌群、IBS的影响
- 文章： Effect of administering a multi-species probiotic mixture on the changes in fecal microbiota and symptoms of irritable bowel syndrome: a randomized, double-blind, placebo-controlled trial 杂志： J Clin Biochem Nutr 年份：2015 1、 研究目的：探究添加益生菌的复合物对肠 ...
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