在2005年next generation sequencing的风起云涌之后，经过10年的发展，曾经的3巨头Illumina、ABI SOLID、454已然命数全不同，454和ABI SOLID目前在基因测序领域已渐渐式微。目前Illumina稳坐头把交椅，接着紧随的是Ion Torrent、Pacbio等。

   Ion Torrent的PGM（Personal Genome Machine）机器和Illumina的Miseq机器属于小型的机型，适合实验室等场所使用。在此特意整理PGM和Miseq在16s rRNA分析中的区别：

   所用方案：用20-organism mock bacterial community，测取16s 的v1／v2区域。

   结果1，reads的长度分布，PGM产出数据的长度分布范围较宽

   结果2，reads的错误率，PGM产出数据的错误率多于Miseq平台。

   结果3，分类结果，图中虚线表示期望值。无论是PGM还是Miseq，经过16s的数据分析结果与真实之间存在一定程度差异！（建立一套评估建库方法、测序方法或者数据分析策略的bateriaal community很为关键）

参考文献：

   Salipante SJ, Kawashima T, Rosenthal C et al. Performance Comparison of Illumina and Ion Torrent Next-Generation Sequencing Platforms for 16S rRNA-Based Bacterial Community Profiling. 2014, 80(24):7583-91. doi: 10.1128/AEM.02206-14. Epub 2014 Sep 26