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MUMmer4的安装与使用
2019-4-22 19:49
在目前的文章中,基因组共线性分析dotplot图几乎全部是用MUMmer或者LAST做的。相比对LAST,MUMmer生成的图似乎更加美观,特别是当fasta id比较长时,last-plot会省略一些id,而mummerplot会全部写出来。但是老实,说我一直用的LAST做共线性,因为MUMmer真心不好安装,坑太多了。不过今天花了大半天时间终于安装成功,记录 ...
个人分类: Genome|20523 次阅读|2 个评论
HiCUP的使用以及结果解读
2019-1-30 14:30
1. HiCUP 安装 HiCUP 需依赖 Perl , Bowtie/Bowtie2 , R 以及 Samtools 在官网 http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/hicup/ 下载最新版的 HiCUP ,例如目前的最新版是 v0.6.1 wget http://www.bioinformatics.babraham. ...
个人分类: Hi-C|10483 次阅读|没有评论
采用Stacks2分析RADseq数据[无参]
2018-7-29 17:24
Stacks2 的安装: Stacks 目前最新版是 2.1 版。在安装前需用以下命令确认一下电脑上的 gcc 版本,因为 Stacks2.1 需要 gcc 4.9.0 及以上编译器。 gcc --version 如果 gcc 版本过低时可用以下方式升级: 参见 http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/ ,可以找到想要下载的 gcc 压缩包,以 g ...
个人分类: Reseq|12291 次阅读|没有评论
使用Biopython解析Blast结果
2018-7-19 15:57
同一个比对结果: format 0: format 6: format 5: 第 1 种格式适合人看,机器识别起来较困难,第 6 种(或第 7 种)格式使用也较多,但是遗憾的是信息不全。第 5 种格式是标准的 XML 格式,人看起来不方便,但机器似乎很喜欢识别这种格式,这篇博文重点使用 Bio.Blast.NCBIXML ...
个人分类: Metagenomics|8955 次阅读|没有评论
Nanopore basecalling之Albacore
2018-7-17 13:19
使用 Nanopore MinION 测序,当电脑跟不上时(如果采用笔记本来测,建议价格在1w以上的),测序会断掉。这时如果保留有 fast5 文件,还可以救——手动 basecalling 。 目前,做 basecalling 的软件有 ONT 官方提供的 Albacore,Nanonet,Guppy 和 Scrappie ,以及非官方的 N ...
个人分类: Nanopore|10956 次阅读|没有评论
比对算法的原理及代码实现
2018-5-4 15:28
这篇博文以简化的 Needleman-Wunsch 比对算法为例详解比对算法的原理及代码实现。 Needleman-Wunsch 算法是最著名的全局比对算法,在此基础上形成的 Smith-Waterman 算法是最著名的局部比对算法,虽然两者都非常巧妙,但基本原理和代码相差不大,这里仅讲解 Needleman-Wunsch 算法 。 ...
个人分类: Algorithm|12140 次阅读|没有评论
Pacbio Sequel两种bam文件解析
2017-11-21 11:16
pacbio 目前有两种主流的测序平台, RSII 和 Sequel ,后者是前者的升级版。 pacbio sequel 下机是 bam 格式的 reads 文件,它和 reads 比对到参考基因组上生成的 bam 文件,内容有差异,但格式一致。 1. pacbio sequel 下机的 bam 格式 reads 文件 header 部分如下: @HD   ...
个人分类: pacbio|13363 次阅读|没有评论
Speedseq的安装和使用
热度 1 2017-10-30 22:01
题外音: speedseq 是一套流程,套用了大量三方软件,但是居然也能发到 Nature Methods 上!惊讶之余查看了一下代码,非常佩服,简直是教科书一样的模式,太赞了! 1. speedseq 的安装 1.1 安装前先需安装好 python (建议升级到 2.7 最新版 2.7.13 ),而且需要安装 pysam 库 ( 需 ...
个人分类: Reseq|13504 次阅读|2 个评论 热度 1
Alpha多样性指数之Chao1指数
热度 2 2017-9-8 19:44
1. 准备 在认识 Chao1 指数前有两个概念需要理清: singletons ,即仅含有一条 read 的 OTU , doubletons ,即仅含有两条 reads 的 OTU 。 可以这样理解:在一个放了各种各样玩具模型的水池中(例如下图。水池很大,其中玩具有相同的,有不同的,且各种类型及数目不限),随机来捞 ...
个人分类: Metagenomics|73758 次阅读|2 个评论 热度 2
BioConda --生信工作者的福音
2017-9-5 20:09
如果你还在学生信,如果你还在手动编译生信软件,如果你曾经或者现在为安装各种生信软件痛不欲生,那么这是你的福音书 !哈哈,可能有点夸大其词了,如果 是那样,就将我安静的拉入标题党吧 ^0^ 。 好啦,闲言少述,这里给大家推荐的 BioConda 是 Conda 的一个 channel , Conda 是一个开源的软件 ...
个人分类: BioIT|22659 次阅读|1 个评论

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