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遗传力计算 | 1,随机区组RCBD计算广义遗传力
邓飞 2022-3-8 19:29
遗传力计算 | 1,随机区组RCBD计算广义遗传力 之前写过几篇博客,介绍植物育种数据中,如何计算广义遗传力,本次博客计划系统的介绍一下。所谓系统,就是包括:数据,代码,结果解读和重演。确保看到即学到,学到能用到。 「系列内容:」 1,随机区组RCBD计算广义遗传力 2,一年多点随机区组计算广义遗传 ...
个人分类: 农学统计|5436 次阅读|没有评论
计算群体GWAS分析所需要的最少SNP个数
邓飞 2022-2-8 20:54
GWAS和GS分析中,都有一个假定: 「假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL(基因)处于连锁不平衡状态(LD)」 ,那怎么满足这个条件呢,就需要覆盖全基因组的标记,需要计算群体LD的衰减距离,进而计算进行GWAS分析时所需要的最少SNP的个数。 公式 所需最小标记量基因组大小衰减距离 举例 现在求出 ...
个人分类: 农学统计|5416 次阅读|没有评论
BLUP育种值如何计算准确性
邓飞 2022-2-7 20:38
大家好,我是飞哥。 「育种值的准确性是什么呢?为何要计算育种值的准确性呢?」 育种值的准确性的大小可以反应育种值计算的准确性如何,如果准确性高,就说明计算育种值时依赖的信息多(比如亲子关系、同胞关系等),结果就可靠。 ❝ 育种值也可以计算可靠性,它是准确性的平方 ❞ 另外,对于不 ...
个人分类: 农学统计|7767 次阅读|没有评论
GCTA学习4 | GCTA说明文档--功能分类及常见问题
邓飞 2022-1-11 20:52
1. GCTA 说明文档 最新版是2021-06-01更新,共有98页: GCTA说明文档 :https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/static/gcta_doc_latest.pdf 2. GCTA功能分类 2.1 遗传力、遗传相关、表型预测 GRM:构建亲缘关系矩阵 Inbreeding:计算近交系数 Heritability:估算方差组分和遗 ...
个人分类: 农学统计|3833 次阅读|没有评论
GCTA学习3 | GCTA的两篇NG:fast-LMM和fast-GLMM
邓飞 2022-1-11 20:51
本节,介绍一下官网上面GCTA的功能描述。 1. 最新功能 GCTA在2010年首次释放,现在的版本是1.94.0beta,2021年到现在更新了3次,重要的更新时增加了 fastGWA 、 fastGWA-GLMM ,相关文章发表在NG上。 2. 2019 NG:fast-LMM模型 「2019年的NG,介绍了fast-LMM模型,分析45万个个体,2048个性状,无压力! ...
个人分类: 农学统计|2402 次阅读|没有评论
TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵相关知识
邓飞 2021-12-15 19:25
今天,看一下TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵是如何计算的? 1. 导入基因型数据 「数据及代码下载,请关注公众号:育种数据分析之放飞自我,进入知识星球进行相关下载和学习」 这里导入vcf格式的数据: 2. 导入表型数据和协变量 「表型数据:」 「协变量文件:」 3. 构建kinship矩阵 ...
个人分类: 农学统计|2466 次阅读|没有评论
GWAS计算BLUE值4--联合方差分析演示
邓飞 2021-12-14 21:47
本篇,用书籍中的数据和结论,用R语言的一般线性模型和混合线性模型,做一下一年多点的联合方差分析的演示。 1. 参考书籍《农业试验设计与统计分析》 这本书是压箱底的好书,里面是用最原始的方式(公式推导和分解)介绍农业试验设计与统计分析相关的知识点,这次使用第九章 多点试验结果的联合分析,第一节,一 ...
个人分类: 农学统计|2040 次阅读|没有评论
GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异质计算BLUE值
邓飞 2021-12-13 20:29
本节,介绍如何使用R语言的asreml包拟合混合线性模型,定义残差异质,计算最佳线性无偏估计(blue) 1. 试验数据 ❝ 数据来源: Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017. ❞ 「数据及 ...
个人分类: 农学统计|1533 次阅读|没有评论
关于Linux的grep命令总结笔记
邓飞 2021-8-5 20:41
❝ 今天,我以为我发现了Linux的grep的bug,最后竟然发现是windows和linux系统的换行符不一样,知道真相的我留下了不学无术的眼泪。 ❞ 事情是这个样子的: 今天,我像往常一样提取基因组的样本,我有一堆样本的ID,需要从所有的基因型的文件中提取出来。 以前我都是使用R语言,将基因型数据读进去, ...
个人分类: 农学统计|5522 次阅读|没有评论
R语言操作文件与文件夹总结笔记
邓飞 2021-7-27 20:48
有时候,编写代码时,需要查看一下当前文件夹的内容,有时候需要创建文件或者文件夹,之前都是在windows系统或者Linux系统下创建好,但总不够原滋原味。这里,总结一下常用的文件创建,文件夹创建,判断是否存在,文件复制,文件删除等操作。 「太长不看版:」 ##浏览功能 dir#浏览整体文件及文件 ...
个人分类: 农学统计|6214 次阅读|没有评论

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