科学网—QHDXZJW的博文

Materials Studio官方教程：Forcite——聚合物与金属氧化物表面之间的相互作用【1】

赵建伟 2022-1-14 10:13

目的：介绍与聚合物和金属氧化物表面之间相互作用计算相关的概念。其中包括无定形聚合物和金属氧化物表面的构建以及计算相互作用能所需的分子动力学模拟。所用模块： Materials Visualizer、Amorphous Cell、Forcite Plus、COMPASS 背景聚合物表面和界面的相互作用对产品性能及应用研究至关重要 ...

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Materials Studio官方教程：Forcite——气体在聚合物中的扩散率【3】

赵建伟 2022-1-12 10:01

Materials Studio官方教程：Forcite——气体在聚合物中的扩散率【1】 Materials Studio官方教程：Forcite——气体在聚合物中的扩散率【2】 5、运行和分析分子动力学计算当平衡体系结构时，只对最终的构型感兴趣。但是，要计算晶胞中甲烷分子的均方位移，需要有许多帧构型，以便可以分析甲烷分子 ...

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Materials Studio官方教程：Forcite——气体在聚合物中的扩散率【2】

赵建伟 2022-1-10 16:46

Materials Studio官方教程：Forcite——气体在聚合物中的扩散率【1】 3、构建无定形晶胞当两个模型已经构建完成后，即可使用Amorphous Cell模块在晶胞中构建它们的多个副本。单击 Modules 工具条上的 Amorphous Cell 按钮，在下拉列表中选择 Calculation 。打开Amorphous Cell Calcul ...

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Materials Studio官方教程：Forcite——气体在聚合物中的扩散率【1】

赵建伟 2022-1-10 09:54

目的：介绍如何使用力场方法计算气体在致密材料中的扩散系数。所用模块： Materials Visualizer、Forcite Plus、Amorphous Cell、COMPASS、可选Pipeline Pilot Connector 背景气体在有机溶剂、聚合物或分子筛中的扩散率可以通过运行分子动力学模拟和确定气体在材料中的均方位移来计算。同时可以 ...

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Materials Studio官方教程：Forcite——编辑力场【3】

赵建伟 2022-1-6 11:33

Materials Studio官方教程：Forcite——编辑力场【1】 Materials Studio官方教程：Forcite——编辑力场【2】 4、分析非键项影响从前面的计算中，观察到纯二面角的能量贡献与观察到的扭矩旋转时的能量变化显著不同。可以使用力场编辑器关闭体系中不同类型相互作用的贡献，以查看它们的效果。因为只改变了 ...

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Materials Studio官方教程：Forcite——编辑力场【2】

赵建伟 2022-1-5 10:17

Materials Studio官方教程：Forcite——编辑力场【1】 3、监测扭转角现在已经确定了要更改的扭转角，可以开始更详细地查看该扭转角的能量分布。通过计算扭矩旋转360°时的单点能，Conformers计算将提供该能量分布。右键单击 TATNBZ_molecule.xsd ，从弹出的快捷菜单中选择 Label ，打开Label对 ...

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Materials Studio官方教程：Forcite——编辑力场【1】

赵建伟 2022-1-4 10:42

目的：说明了在Dreiding中编辑力场参数的工作流程，以改进计算和实验晶体结构数据之间的拟合情况。所用模块： Materials Visualizer、Conformers、Forcite Plus， DMol 3 可选前提条件：使用Conformers研究结构-能量之间的关系（Using Conformers to probe geometry-energy relationships）教程 ...

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Materials Studio官方教程：Forcite——寻找分子在表面上的低能构型【2】

赵建伟 2022-1-4 10:18

Materials Studio官方教程：Forcite——寻找分子在表面上的低能构型【1】 4、表面上的分子的平衡位置计算下一步是在表面上放置分子，并优化结构。在工程根目录文件夹中创建一个新文件，并将其用于计算。使得优化好的表面结构为当前文档，从菜单栏中选择 File | Save As... ，打开Save As对话框。导航 ...

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Discovery Studio 的扩展性

赵建伟 2021-12-31 10:15

DS软件在生命科学领域和药物设计领域集成了功能强大的药物筛选和设计软件，并且拥有强大的图形交互界面，使用方便，操作便捷。但需要进行批量和流程化大数据处理的时候，如何将现有的DS Protocol进行串联和改动，就需要引入DS软件后台的流程化处理程序Pipeline Pilot（简称PP）。Pipeline Pilot是强大的信息整合和流 ...

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Discovery Studio | 生物大分子X-ray 晶体结构解析模块

赵建伟 2021-12-30 16:19

目前蛋白质结构的解析 X-ray 晶体衍射方法是主流手段，X 射线晶体学是一门利用 X 射线来研究晶体中原子排列的学科。更准确地说，利用电子对X射线的散射作用，X 射线晶体学可以获得晶体中电子密度的分布情况，再从中分析获得关于原子位置和化学键的信息，即蛋白质晶体结构。DS 中辅助 X-ray 电子密度分子主要有以 ...

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