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关于OBItools

已有 5081 次阅读 2015-5-24 20:01 |系统分类:科研笔记

最近参与了metabarcode workshop, 有幸得到Eric的亲自指点,在庆幸与感激之余,将点滴细节记录下来。


主要是关于Eric开发的OBItools,个人学习心得,用于分析metabarding marker的设计与测序结果分析。


OBItools 下载:https://pypi.python.org/pypi/OBITools 

数据分析样本以及教程:http://pythonhosted.org/OBITools/tutorials.html


一些更新与可能到来的Forum:https://git.metabarcoding.org/obitools/obitools 

在安装过程中,遇到了两个bug:


1. ValueError: unknown locale: UTF-8


解决方案:


$ vim ~/.bash_profile

添加如下两行代码(注意引号):


export  LC_ALL="en_US.UTF-8"

export  LANG="en_US.UTF-8"


保存退出到terminal


重复安装步骤。


2.

./obitools: line 9: /Users/JiayiQin/Documents/obitools/OBITools-1.1.16/bin/pidname: No such file or directory


下载:

pidname.c


$ mv ~/Downloads/pidname.c .

$ gcc -o pidname pidname.c (暂时不太理解这行代码的作用)

$ ./pidname 888

$ cp pidname OBITools-1.1.16/bin/

$ rm pidname.c

$ ./obitools


无比喜欢开发者在程序中埋藏的小小彩蛋,

诸如:

You can now use OBITools!!!

再诸如:



       ___

     ,'._,`.

    (-.___.-)

    (-.___.-)

    `-.___.-'

     ((  @ @|              .            __

        ` |         ,   |`.    @|   |  |      _.-._

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向开发者致敬。本文仅为个人学习笔记,若有涉及版权问题请联系本博,会在第一时间移除相关内容。转载请注明出处。


 






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