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最近参与了metabarcode workshop, 有幸得到Eric的亲自指点,在庆幸与感激之余,将点滴细节记录下来。
主要是关于Eric开发的OBItools,个人学习心得,用于分析metabarding marker的设计与测序结果分析。
OBItools 下载:https://pypi.python.org/pypi/OBITools
数据分析样本以及教程:http://pythonhosted.org/OBITools/tutorials.html
一些更新与可能到来的Forum:https://git.metabarcoding.org/obitools/obitools
在安装过程中,遇到了两个bug:
1. ValueError: unknown locale: UTF-8
解决方案:
$ vim ~/.bash_profile
添加如下两行代码(注意引号):
export LC_ALL="en_US.UTF-8"
export LANG="en_US.UTF-8"
保存退出到terminal
重复安装步骤。
2.
./obitools: line 9: /Users/JiayiQin/Documents/obitools/OBITools-1.1.16/bin/pidname: No such file or directory
下载:
$ mv ~/Downloads/pidname.c .
$ gcc -o pidname pidname.c (暂时不太理解这行代码的作用)
$ ./pidname 888
$ cp pidname OBITools-1.1.16/bin/
$ rm pidname.c
$ ./obitools
无比喜欢开发者在程序中埋藏的小小彩蛋,
诸如:
You can now use OBITools!!!
再诸如:
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向开发者致敬。本文仅为个人学习笔记,若有涉及版权问题请联系本博,会在第一时间移除相关内容。转载请注明出处。
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