重组PCR的应用是非常广泛的，原理：两个基因或者说一个启动子和一个基因，将他们连接到一起，首先想到的方法当然是借助于酶切的方法，但有时我们并不一定能构找到合适的酶切位点，难道没有别的办法了吗？那就是重组PCR技术。举个例子可能更容易说明。比如两个基因，一个命名为A，一个命名为B。A的序列为5-atgcatgctagctagaacgctacgctgactaccccctgatc-3，B的序列为5-atgctagtagctagccccccccaggggataattttttaaaacg-3。首先我们要设计引物，假设引物的序列为：

A1:5-ATGCATGCTAGCTAGAACGCT-3
A2:5-ggggggctagctactagcatgatcagggggtagtcagcgt-3
B1:5-acgctgactaccccctgatcatgctagtagctagcccccc-3
B2:5-cgttttaaaaaattatcccct-3
仔细的观察上面的引物A2和B1，会发现这两条引物要比另外两条引物长很多，在设计引物的时候在A2的3端加入了20个B基因5端的序列，在B1的5端加入了20个A基因3端的序列。重组PCR的步骤：
（1）以A1,A2扩增A基因，B1，B2扩增B基因
（2）回收A，B基因
（3）以A，B为共同的模板，A1和B2为引物，扩增A+B。

引自：http://bbs.genecool.com/thread-19024-1-1.html