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置顶 · 升级版|16srRNA微生物多样性测序报告解读
2021-4-1 17:29
微生物多样性测序(扩增子测序)是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测,获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。 相信关注我们的小伙伴对此并不陌生。 这次我们整合了大家平时会遇到的一些问题,在原有的基础上对报告进一步完善。 ...
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置顶 · [转载]多快好省的宏基因组研究技巧 — 资深专家分享
2020-4-27 13:34
谷禾健康 原创 近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体,而大量复杂的微生物群体存在培养困难,构成复杂(包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物)。因此 如何用高通量精准的了解这些群体的构成,基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况 成为首要问题。 高通量测序技术 ...
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置顶 · [转载]微生物多样性测序结果如何看?
隐藏 2019-11-18 14:37
原文 如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果? 谷禾健康 原创 做过16s测序的小伙伴们都知道 测完之后会拿到一份结果报告 但这并不代表可以开始写文章了 看似一大堆数据图表却不知如何下手 这是很多人头疼的地方 那么怎样给报告中的数据赋予灵魂 让它真正成为对你有帮助的分析呢? 今天我们来详细解 ...
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[转载]细菌如何交流和占地盘——细菌的群体感应和生物膜
牛耀芳 2022-5-20 12:19
有人在的地方就有江湖,这也同样适用于细菌。 单个细菌的行动往往只是徒劳,然而当它们在一起的时候,集体行动的能力令人刮目相看。 细菌使用化学物质作为它们的“语言” ,使用化学通讯来区分自己的物种和其他物种。 实际上它们看不到,并不知道彼此在那里,但它们可以测量化学物质的浓度。 当这些化 ...
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[转载]微生物学的发展——我们在哪里,我们要去哪里?
牛耀芳 2022-5-20 10:04
写在前面 本文是谷禾健康微生物团队参考自英国大不列颠国家图书馆,美国微生物学会于 2003 年 在南卡罗来纳州查尔斯顿举办的一次微生物学 座谈会, 以及哈佛医学院微生物学系教授 罗伯托·科尔特 (Roberto Kolter)给Annual Review 期刊成立75 周撰写的微生物特刊等 综合 整理的,我们不是历史学家,更称不上微生 ...
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[转载]肠道核心菌属——巨单胞菌属,不同人群差异大
牛耀芳 2022-5-12 17:34
巨单胞菌属 (Megamonas) 巨单胞菌属 (Megamonas), 厚壁菌门,梭状芽孢杆菌目的革兰氏阴性菌,发酵各种碳水化合物, 终产物是乙酸、丙酸和乳酸 。分离于人、动物和家禽的肠道。 巨单胞菌作为肠道核心种,可能是 亚洲人种 的特征。与炎症性肠病、结直肠癌、强制性脊柱炎(AS)、自闭症谱系障碍(ASD)、肥 ...
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[转载]认识变形菌门,变形菌门扩张的原因和健康风险
牛耀芳 2022-5-12 13:07
微生物群代表宿主肠道中存在的 整个 微生物群 。肠道内细菌界的“贫富差距”非常大,和人类社会创造的大部分的财富都流向少部分人口的现实类似,只有少数 几十种的细菌分布在近乎90%的人群中 。换句话说,大部分细菌都只能在特定的环境中生存,只有少数细菌适应能力超强, 这可能也是我们需要重点关注的对象 。 ...
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[转载]肠道核心菌属——粪球菌属(Coprococcus)
牛耀芳 2022-4-28 12:01
粪球菌属(Coprococcus) 是厚壁菌门毛螺菌科重要成员,是肠道重要的菌属,菌种大部分从粪便中分离出来,积极发酵碳水化合物,是和Faecalibacterium prausnitzii一样, 丁酸的重要生产者之一 。粪球菌可用作评估人体胃肠道健康状况的微生物生物标志物,Coprococcus属的细菌可能有助于 抑制免疫反应 , 降低过 ...
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[转载]如果你要补充益生菌 ——益生菌补充、个体化、定植指南
牛耀芳 2022-4-28 10:50
最近关于“益生菌”的风很大,我们越来越容易从各种渠道听到关于补充益生菌的科普,但依然一知半解。 我们每个人都需要补充益生菌吗? 不同益生菌有什么不同,如何选择? 为什么有的人补充有效,有的人无效? 益生菌真的能定植吗?与什么因素有关? ..... 本文我们来逐一解答这些问题。 01 每个人 ...
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[转载]肠道核心菌属——毛螺菌属(Lachnospira)
牛耀芳 2022-4-19 15:44
毛螺菌属 (Lachnospira),属于厚壁菌门, 毛螺菌科 (Lachnospiraceae),该菌属存在于大多数 健康人的肠道里 ,可能是一种潜在的 有益菌 ,参与多种碳水化合物的代谢, 尤其水果蔬菜中的果胶 (一种复杂的膳食纤维和益生元)的能力很强,发酵导致 乙酸和丁酸 的产生为宿主提供能量的主要来源。 图片来源:micro ...
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[转载]菌群多样性是如何形成的,与健康的关系,如何改善?
牛耀芳 2022-4-18 11:37
菌群多样性 ✦ 关于菌群多样性,小伙伴们常会问到: 菌群多样性是如何形成的? 菌群多样性越高越好吗? 它与健康的关系如何? 该怎么去改善呢? ...... ✦ ✦ 本期推文就为大家统一解答这类问题。 本文要点 1. 菌群多样性很重要,维持菌群稳定和有效抵御致病菌入侵 ...
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[转载]梭杆菌属Fusobacterium——共生菌、机会致病菌、致癌菌
牛耀芳 2022-4-12 13:34
梭杆菌属 (Fusobacterium),是梭菌门最主要的菌属, 厌氧革兰氏阴性 细菌,与拟杆菌属、普氏菌属、卟啉单胞菌属一样都是 医学上重要 的厌氧革兰氏阴性 杆菌 。 CNRI/SCIENCE PHOTO LIBRARY 梭杆菌属是人类和动物的身体 共生菌 之一,主要定植在人类和动物的 粘膜 中,两个最主要的聚集地是 口 ...
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[转载]饮食-肠道微生物群对心血管疾病的相互作用
牛耀芳 2022-4-8 15:05
如果说 前一篇文章《 微生物组-神经免疫轴:心血管疾病的预防和治疗希望 》 更多的是借助心血管疾病(CVD),来 宏观地阐述肠道-神经免疫-菌群之间的关联 ,那么 这篇文章 更多地是具体讨论肠道菌群及其代谢产物参与CVD疾病的发生发展,以及饮食和微生物群的串扰机制,基于上述理论,从 更实际具体的角度来了解饮食相关的 ...
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